嵐が去った後、観光客が3メートル以上もあるサメを釣り上げた。すると、何とそのサメの腹から男性の上半身が出てきた。しかも遺体には銃創があったためホレイショたちは“事件”とみて捜査を開始した。遺体には刺青があり、その刺青から見てその人物はアメリカへ亡命を図った元政治犯ではないかと推測された。またその亡命者が乗ってきたと思われる船も見つかった。そんな時、死亡した女性が浮き輪で海を漂流しているのが発見される。遺留品からその女性はアメリカへ亡命しようとしていたキューバ人エレナであることが判明。エレナは銃撃による失血死であった。さっそく彼女の家を捜査に行ったホレイショたちは、そこで甥のペドロを見かけ、しかもその部屋からはコルト銃が発見された。 サメの中から出てきた男性の死体、浮き輪に乗った女性の死体。2人とも亡命者でしかも銃創があった。この2つの事件に繋がりはあるのか？それとも偶然の一致なのか？ホレイショたちの捜査は進む･･･。

マイアミ・ビーチで喉を切られ、顔にヤケドを負った男の死体が発見された。その横で女性がレイプされ頭を殴られ倒れていた。その女性は殴られたショックで当時の記憶がなくなっていたが、ホレイショたちの尋問に応じた彼女が話すボーイフレンドの特徴と死体の特徴とは一致しなかった。そこでホレイショたちは彼女のボーイフレンド・ポールに会うためにホテルを訪ねた。ポールの証言から、事件のあった夜はマイアミでも有名な名家ハミルトン家のパーティーがあった夜で、ポールたちはそのパーティーに招待者として出席していたという。事件の舞台が名家のパーティーに絡んでいることから、ホレイショたちは慎重かつ難しい捜査を強いられることになる･･･。

教会の司祭室で残忍なまでに銃で撃たれた神父の死体が発見される。現場に残されていた足跡やライフルの弾痕から、待者のキャメロンに嫌疑がかけられる。そしてメーガン、スピードル、カリーの三人がキャメロンの家に捜査に向かうと、そこからは思いもかけない物が･･･。一体、キャメロンという少年の回りでは何が起こっているのか！？一方、ホレイショとデルコは、崖から転落した車を捜査。その車は盗難車で中には身元不明の焼け焦げた女性の死体のみが残っていた。解剖の結果、彼女は妊婦で、しかも彼女の胃の中からダイアモンドの指輪が出てきた。一体、彼女の身に何が起こったのか･･･。

親子で遊園地を訪れ遊んでいた5歳の少女が突然いなくなった。必死に探す親の努力も空しく、少女は遊園地のトイレで死体となって発見された。即座に園内外への出入りを指し止め、犯人も遊園地に遊びに来ていた人たちも皆、缶詰状態でCSIの捜査が開始された。当初は幼児を狙った性犯罪目的の誘拐の線で捜査を開始。園内にいた幼児暴行の前科のある男が容疑者として浮かぶが、彼には決定的なアリバイがあった。捜査が振り出しに戻ろうとしたその時、メーガンとデルコが見つけたものとは･･･。

大金持ちのメリッサの家でのプライベート・パーティーの翌朝、庭で男の死体が発見された。男はパーティーの余興のためによばれたダンサーの1人だった。ハンサムで人気者だった彼は、その晩何人もの女性と関係をもったらしく、殺人現場にはコンドームも落ちていた。そして男に言い寄った女性達が残した様々な証拠が、かえって捜査を困難なものにした。検死の結果は自然死と出たが、納得できないホレイショは粘り強く捜査を続けた。その結果、男の死体からあるものが検出され、事件は意外な展開に･･･。一方、停泊中のクルーザーのデッキに男が這い上がって来て死亡した。クルーザーの持ち主は、急に現れた男に驚き懐中電灯で頭を殴ったと告白。しかし、その死体には別の傷があった。はたして男は、どこで、誰に殺されたのか･･･。

ある閑静な住宅街に、突然血まみれのパジャマを着た2歳くらいの女児がフラフラと歩いてきた。しかしその子に外傷はない。女児の足取りを頼りに行き当たったのはその子の家で、そこは目も覆いたくなるほどの残忍な殺害現場となっていた。両親と2人の息子、そして生まれたばかりの赤ん坊が家のあちらこちらで血まみれになって倒れていた。犯人の目的は一体何だったのか！？そして何故その女児は無傷で助かったのか？