Un homme mystérieux est retrouvé dans un cratère. Son corps est en purée, comme s'il était tombé du ciel. Booth et Brennan tentent de découvrir son identité tandis que Hodgins échafaude des théories de conspirations à propos d'aliens.

Toute l'équipe du Jeffersonian est convoquée à la barre lors du procès de Max Keenan pour le meurtre de Kirby, un agent du FBI. Seule Angela refuse de s'y rendre, par amitié pour Brennan et risque de devoir faire face à de lourdes conséquences... Brennan est nommée conseillère scientifique à la défense et s'efforce de prouver l'innocence de son père, ou du moins semer suffisamment le doute dans l'esprit des jurés.

Des morceaux de corps sont découverts dans une bassin d'évaporation, seule la tête manque à l'appel. Booth et Brennan commencent leur enquête mais cet élément clé leur fait cruellement défaut.

Brennan et Booth enquêtent sur un mystérieux cadavre qui se révèle être une momie égyptienne autrefois prêtée à l’Institut Jefferson. Le mystère redouble lorsque le conservateur de l’institut trouve la mort en préparant l’antique défunt pour une exposition. En parallèle, Daisy, l’ex petite amie de Sweets, revient à l’institut et Brennan sort avec un collègue de Booth.

Un morceau de crâne est retrouvé dans une dalle de béton, mais il semblerait que le reste du squelette ait disparu. L'équipe de l'institut Jefferson découvre qu'il s'agit d'un danseur classique reconverti dans le hip-hop de rue.

L'équipe découvre les restes d'un homme qui semble avoir péri après une tornade. Pendant ce temps, Billy Gibbons, vient faire une visite à sa fille, Angela, et à son petit-fils, et Booth devient surprotecteur envers Brennan.

Un corps est retrouvé dans une décharge, rongé par les animaux des environs mais ceux-ci meurent intoxiqués par la substance bleue qui recouvrait le corps. La victime était un coiffeur en vogue qui avait de nombreuses aventures avec ses clientes. Bones et Booth ont quelques problèmes de communication, et Sweets a une idée pour régler le problème.

Le corps d'un archéologue est découvert dans un cocon géant perché dans les arbres. Les indices montrent qu'il est mort poignardé et son meurtre maquillé en accident. Mais avant sa mort, il aurait une découverte d'importance historique en République tchétchène, à laquelle Bones s'intéresse grandement.

Les restes d'une femme sont retrouvés dans un bâtiment abandonné sous un terreau qui commençait à donner des champignons. La victime travaillait pour une émission de télévision faisant des procès à sensation. Hodgins découvre grâce à Finn un moyen de regagner de l'argent.

Alors que Booth et Brennan s'opposent sur le rituel de la petite souris pour leur fille, tous deux enquêtent sur le meurtre d'une magicienne, experte en tours d'évasion. À l'institut Jefferson, Camille craint que le photographe et mentor d'Angela, Sebastian Kohl, n'ait pas que des motivations professionnelles envers la jeune femme mariée…