Sydney sufre un shock al ver como la fábrica de Badenweiler es destruida y Dixon ha de tirar de ella para huir de la zona, ya que se encuentra totalmente bloqueada.

De vuelta en Los Angeles, Sydney decide investigar por su cuenta la conexión entre el FBI y su padre y sus pesquisas la llevan a conocer a la viuda de un agente del FBI. De su conversación se desprende una sospecha horrible: la muerte de la madre de Sydney podría ser consecuencia de las actividades ilegales de Jack.

Y siguen las malas noticias. La CIA, a través del troyano cargado en los servidores del SD-6, estaba obteniendo mucha información sobre el SD-6 pero Marshall descubre la puerta trasera y decide cerrarla, avisando a Sloane, el cual inicia una investigació para desenmascarar al agente traidor.

Los amigos de Sydney continúan ambos con sus investigaciones. Francie descubre que Charlie no la estaba engañando sino que en realidad se estaba preparando para debutar como cantante y toda la pandilla va al local a presenciar su debut. Will localiza a la mujer que se hace llamar Kate Jones, cuyo verdadero nombre es Eloise Kurtz, y cuando va a verla, encuentra su apartamento completamente vacío y ningún rastro de la mujer.

La nueva misión de Sydney y Dixon tiene una serie de ramificaciones que implican el hecho de que Sydney deba infiltrarse en un manicomio de Rumanía donde Sydney ha de localizar a un paciente que debería indicar la sepultura de Gareth Parkashoff, para obtener su huella digital, necesaria para activar un artefacto anteriormente recuperado. Pero cuando el contacto en el interior del manicomio es asesinado, Sydney se ve atrapada como un paciente y sin posibilidades de escapar...

Doblemente en peligro, Sydney ha de tratar de escapar del manicomio rumano además de evitar a su médico jefe, un agente del Directorio K que busca la misma información que Sydney y no dudará en utilizar todos los medios posibles para hacer que la agente Bristow se la facilite. Así que llegan a un acuerdo: Sydney les facilitará la información que consiga extraer a cambio de un mejor trato. Ellos le dicen que pospondrán su ejecución pero no mucho tiempo.

Pero Syd no espera a que se cumpla el plazo y consigue escapar junto a Shepard a un refugio de la CIA donde consigue extraerle información útil, a pesar del lavado de cerebro al que ha sido sometido. Y al final revela una información tan chocante como inesperada: que fue él quien asesinó a Danny, el prometido de Syd.

Mientras tanto, Jack y Vaughn tienen un encuentro, y dejan claro lo poco que se gustan el uno al otro, especialmente Jack, muy molesto porque Vaughn haya filtrado documentos clasificados a Sydney, en los que su padre no queda bien parado.

En el SD-6, Sloane despista a Marshall diciéndole que el virus encontrado era una prueba de la sección de seguridad y que se olvide del asunto pero acto seguido, se reúne con Christophe (un pez gordo de la Alianza y del SD-6) y le informa de que sospecha la presencia de uno o incluso dos infiltrados en el seno del SD-6. De este modo, la sección de seguridad ha puesto una serie de trampas para cazarlos.

Will decide dejar de investigar la muerte de Danny y tras una pelea con la editora del periódico, le avisa que ha encontrado algo gordo y que si él no la escribe, otro lo hará. Mientras, en una cena en casa de Sydney, Charly propone matrimonio a Francie delante de todos.