Después de ganar una lotería especial, Makoto Naegi, un estudiante promedio, se inscribe en la prestigiosa Hope's Peak Academy para estudiantes talentosos de secundaria. Sin embargo, en el momento en que Makoto entra al interior de la escuela, cae inconsciente y luego se despierta en un salón de clases lleno de cámaras de seguridad y placas de acero. Siguiendo las instrucciones de una nota para reunirse en el gimnasio, Makoto encuentra catorce otros estudiantes únicos en una situación similar, incluyendo un ídolo escolar de su antigua escuela secundaria, Sayaka Maizono. Es en este punto que el autoproclamado director, un oso de control remoto llamado Monokuma, aparece ante ellos, anunciando que los estudiantes permanecerán en la escuela por el resto de sus vidas y que solo pueden "graduarse" matando a otro estudiante. . Rechazando esta idea, los estudiantes pasan los siguientes días buscando en los terrenos de la escuela para tratar de encontrar una salida alternativa. Decidiendo que todos necesitan un motivo para matar, Monokuma muestra a cada alumno un DVD personalizado que los motiva a escapar a toda costa; en el caso de Makoto, se puso en peligro un video de su familia. Como Sayaka también está desconcertada por el contenido de su video, Makoto intenta calmarla, prometiéndole que encontrará la manera de sacarlos a los dos.

Después de aprender de Monokuma sobre la puerta defectuosa en el baño de su habitación, Sayaka se acerca a Makoto, quien le dice que teme que alguien la persiga y le ofrece cambiar de habitación para tranquilizarla. Al día siguiente, sin embargo, Makoto se horroriza al descubrir que Sayaka estaba muerta en su cuarto de baño, apuñalada en el estómago con un cuchillo de cocina. Mientras Makoto se enoja por este trágico cambio de acontecimientos, Monokuma explica que uno de los estudiantes es responsable de su asesinato y deben juzgar por sí mismos quién es el asesino en un "juicio de clase". Si la clase puede determinar con éxito al culpable, esa sola persona será ejecutada, pero si adivinan mal, el asesino será liberado y todos los demás serán ejecutados. Cuando la fashionista Junko Enoshima expresa su objeción y asalta a Monokuma, ella es empalada a muerte con lanzas como castigo, advirtiendo a los otros estudiantes lo que sucederá si no siguen las reglas. Después de que los manuales electrónicos de los estudiantes se actualizan con detalles sobre el asesinato, Makoto se convierte de inmediato en el principal sospechoso cuando se muestra que Sayaka había muerto en su habitación. Los estudiantes comienzan su investigación, tomando notas de todas las pruebas que encuentran, incluido un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri. advirtiendo a los otros estudiantes qué pasará si no siguen las reglas. Después de que los manuales electrónicos de los estudiantes se actualizan con detalles sobre el asesinato, Makoto se convierte de inmediato en el principal sospechoso cuando se muestra que Sayaka había muerto en su habitación. Los estudiantes comienzan su investigación, tomando notas de todas las pruebas que encuentran, incluido un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri. advirtiendo a los otros estudiantes qué pasará si no siguen las reglas. Después de que los manuales electrónicos de los estudiantes se actualizan con detalles sobre el asesinato, Makoto se convierte de inmediato en el principal sospechoso cuando se muestra que Sayaka había muerto en su habitación. Los estudiantes comienzan su investigación, tomando notas de todas las pruebas que encuentran, incluido un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri. los manuales electrónicos se actualizan con detalles sobre el asesinato, Makoto se convierte de inmediato en el principal sospechoso cuando se muestra que Sayaka había muerto en su habitación. Los estudiantes comienzan su investigación, tomando notas de todas las pruebas que encuentran, incluido un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri. los manuales electrónicos se actualizan con detalles sobre el asesinato, Makoto se convierte de inmediato en el principal sospechoso cuando se muestra que Sayaka había muerto en su habitación. Los estudiantes comienzan su investigación, tomando notas de todas las pruebas que encuentran, incluido un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri. incluyendo un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri. incluyendo un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri.