Na jarenlange training keert Kate Kane terug naar Gotham om lid te worden van het veiligheidsteam van haar vader Jacob, de Crows. Batman verdween drie jaar geleden en Gotham begint zich nu net aan te passen aan zijn afwezigheid. Wanneer de Wonderland Gang Kate's voormalige geliefde Sophie ontvoert, ontdekt Kate een geheim over haar neef Bruce dat haar leven zal veranderen ... en de levens van iedereen in Gotham.

Meer van Alice's donkere verleden wordt onthuld wanneer Cartwright een verwrongen verhaal met Kate deelt terwijl Jacob op zoek gaat naar zijn eigenzinnige dochter. Mary en Luke volgen de moordenaar van Beth.