Günther Maria Halmers Vater war ein Bauernsohn, der den Aufstieg zum Anwalt schaffte. Er erzog ihn hart und mit körperlichen Strafen.

Nach dem Schulabschluss ging Günther Halmer nach Kanada und arbeitete dort in einem Asbest-Bergwerk mit Menschen aus 27 Nationen. 1967 ging er an die Otto-Falckenberg-Schule für Schauspielerei in München und gab bereits während seiner Ausbildung sein Debüt am Bayerischen Staatsschauspiel München. Nach dem Abschluss der Schauspielschule hatte er von 1969 bis 1974 sein erstes Engagement bei den Münchner Kammerspielen. Auch war er am Theater Oberhausen. Mit der Rolle des Tscharlie in der Serie Münchner Geschichten des Bayerischen Rundfunks von Regisseur Helmut Dietl gelang ihm 1974 an der Seite von Therese Giehse ein Fernseherfolg. 1979 drehte er seine erste Kinoproduktion Lucky Star. 1980 folgte eine Rolle als Falkland in der deutsch-englischen Filmproduktion Tödliches Geheimnis und 1982 eine Nebenrolle in Richard Attenboroughs Oscar-gekröntem Film Gandhi. Neben seinen Kinoproduktionen ging Halmer auch auf Theatertournee. 1982 bis 1983 war er mit dem Stück Die Todesfalle in deutschen Theatern unterwegs. Seine Rolle als Tatort-Kommissar Siggi Riedmüller 1986 blieb hingegen einmalig. Bei diesen Dreharbeiten lief ihm ein 80-jähriger Fußgänger vor das Auto, der bei diesem Unfall tödlich verletzt wurde. In dem Vierteiler Peter der Große spielte er 1986 neben internationalen Größen wie Maximilian Schell, Omar Sharif und Laurence Olivier den russischen Außenminister Tolstoi. 1988 übernahm er in der italienisch-deutschen Coproduktion Der Zug eine Rolle neben Ben Kingsley. 1988 startete das ZDF die erfolgreiche Justizserie Anwalt Abel nach den Büchern des Juristen und Schriftstellers Fred Breinersdorfer mit Halmer in der Hauptrolle. Insgesamt spielte der Schauspieler in mehr als 150 Fernseh- und Kinofilmen mit. 2017 veröffentlichte Halmer seine Autobiografie Fliegen kann jeder.