Alors que Re-I se rend à l'appartement pour mieux connaître Vincent Law, ce dernier entre en contact avec une petite fille androïde, qui semble infecté du virus et qui prétend pouvoir le faire sortir du dôme s'il le désire. C'est là que l'agent Re-I et Vincent Law se rencontre pour la première fois.

Le voyage sans but de Vincent l'ammène dans une étrange librairie. Lorsque le libraire, un vieil homme l'accueuil, Vincent lui demande son chemin. Après une brève conversation, Vincent consulte quelques livres de la bibliothèque et s'aperçoit que les titres des livres sont à son nom. Il est ensuite replongé dans son passé, à chaque fois ponctué du discours du proxy, remmettant à chaque fois Vincent en question. Après diverses visites de sa vie, Vincent Law fini par accepter sa nature d'Ergo Proxy. Le bibliothéquaire, aussi nommé "gardien des souvenirs" le reconduit alors à son navire, quand il reçoit une visite surprenante...

Chacun des personnages se retrouvent en proie au désespoir, à la peur et à la tristesse. Pino cherche son père, Re-l voit tout ce qu'elle aime disparaître et Vincent s'est abandonné à Ergo Proxy.