Durante una serie de ataques que involucran el virus Cogito, Re-l es asignada como investigadora; ahí es donde encuentra un monstruo humanoide y es atacada por uno de ellos en su casa.

Re-l intenta entender qué son en realidad los monstruos que la atacaron a los que llaman Proxy. Es removida de la investigación mientras su AutoReiv Iggy es reseteado de sus memorias recientes. Mientras tanto, Vincent escapa de un misterioso Proxy y de las autoridades de la ciudad.

Romdeau ya no es un lugar seguro para Vincent, quien intenta ser capturado por las autoridades. Se encuentra con un AutoReiv infectado que responde al nombre de Pino, quien le enseña la manera de escapar del domo. Re-l intenta contactar con Vicent y averiguar su relación con el Proxy.

Ya recuperada en el domo de Romdeau, Re-l habla con Daedalus sobre la relevacia de la ciudad. Mientras tanto Vincent escapa a su ciudad natal junto con Pino y pocos sobrevivientes de la comunidad, quienes van muriendo rápidamente por el cansansio. El joven doctor Daedalus y Re-l hablan sobre los proxies y su relevancia en la creación de la humanidad y su supervivencia, comparándolos con los dioses.

Con los eventos de disturbios recientes, Raul se cuestiona el futuro del domo. Entonces convence a Deadalus de continuar con la investigación del Proxy Monad. Sin embargo, el médico tiene sus propios planes y se revela que no fue Raul quien intentó asesinar a Re-l, sino el propio regente. Por otro lado, Re-l e Iggy exploran un domo viejo sin humanos y varios AutoReivs funcionando en el lugar.

Vincent y Re-l se encuentran y éste le confiesa que es un Proxy, ella no le cree. Vincent y Pino continúan su viaje, esta vez Re-l les sigue, dejando atrás a su AutoReiv Iggy, quien presenta síntomas del virus Cogito.

Solos en la nada, un AutoReiv abandonado e Iggy se encuentran lidiando con sus pensamientos. Iggy ahora infectado, reflexiona sobre su deber y decide secuestrar a Re-l y asesinar a Vincent. Frente a frente, el AutoReiv abandonado confronta a Re-l pero Iggy se sacrifica para salvarla.

Esta vez un domo abandonado con un gran centro comercial el trío de viajeros se encuentra con situaciones extrañas, como dobles Re-l o clones de Vincent, lidiando con sus pensamientos internos, Vincent reconoce la verdadera Re-l y salen del lugar.