Los manitas Yun y Haberu investigan unos sonidos que provienen de una mansión vacía. Mientras localizan su origen, Mei oye la misma canción.

Yun, Goro y su robot Jet Jaguar se topan con un Rodan: un hostil kaiju similar a un pterosaurio. Mei va a Tokio para reunirse con una investigadora de prestigio mundial.

Una bandada de Rodans se dirige a Nigashio. El equipo de la Fábrica Otaki trata de mantenerlos lejos de la ciudad, pero pronto se ven rodeados.

Yun y Haberu creen que Misakioku podría tener algo que ver con el ataque de los Rodans. Mei asiste a la conferencia de Li en Dubái, donde presenta nuevos materiales.

Sharanga emerge de las profundidades de la estación de investigación de Upala recubierto de polvo rojo. Yun observa una sorprendente habilidad de Anguirus.

Mei descubre un código en la investigación del profesor Ashihara. El equipo de Otaki se enfrenta a Anguirus como parte de las labores de exterminación de la ciudad.

Un kaiju gigante, que sigue a un grupo de Mandas, aterriza en Tokio. Mientras Mei y la profesora Li viajan a Londres, el polvo rojo obliga a desviar su vuelo a Milán.

Las fuerzas terrestres bajo las órdenes de Matsubara responden al ataque de Godzilla en Tokio. Mei trata de descifrar la investigación de Ashihara desde Londres.

Godzilla prosigue su ataque a Tokio y cubre la ciudad de polvo rojo. El equipo de Otaki se apresura a rescatar a alguien atrapado en la red de unos monstruos araña.

Yun y Haberu, de vuelta en la mansión de Ashihara, usan a Jet Jaguar para tratar de descifrar la investigación del profesor. En la India, Lina lleva a Mei a conocer a BB.

Antes de dirigirse a la computadora supratemporal, BB le enseña el Punto Singular a Mei. El equipo de Otaki pone rumbo a Tokio para destruir a Godzilla.

Mei se entera de que la computadora de Ashihara causó una gran explosión hace mucho. Kanoko le da el diagonalizador ortogonal a Matsubara para que lo use contra Godzilla.

Mei, BB y Pelo 2 intentan impedir la Catástrofe, pero Sharanga les tiende una emboscada. Entretanto, el equipo de Otaki hace un último esfuerzo por llegar hasta Godzilla.