1998年9月15日。驹木咲代子在日本帝国军佐渡基地的战术机部队任职。被成为僚机的草野带到基地中，窥见了生活在这片土地上的人们的生活状态，叹息没能给国民指明道路。此时，大规模的BETA群接近佐渡岛。

2001年10月22日。白银武一醒来就在自己的房间里。走出家门，眼前是一片似曾相识的废墟和荒野。确信自己回到了“那一天”，武去找某个人。这次是为了拯救人类。

2001年10月24日。再次成为训练兵的白银武，活用刻在身体上的记忆，促进了不认识自己、曾经的朋友成长。但是，那太过缓慢的进展并没有消除武心中的焦虑。除非有什么改变，否则世界就不会改变。白银武摸索着自己的记忆，向香月夕呼预言。在那一天，许多人丧命。

2001年11月24日。白银武他们以优异成绩完成综合战斗技术评价演习，终于开始了战术机操纵训练。武在第一次的模拟器中取得了前所未有的成绩。高度评价的武被分配到训练用的战术机。在参观机库时，武看到了这个国家唯一的将军专用战术机。

2001年11月28日。珠濑壬姬的父亲珠濑玄丞斋联合国副秘书长访问了横滨基地。但是，为了让很少见到的父亲高兴，壬姬寄了一封因为撒了小谎而写的信。为了拯救被自我厌恶折磨的壬姬，白银武启动了绝密计划。

2001年12月1日。从白银武的“问原来世界的自己”这句话中得到启发的香月夕呼，为了获得Alternative4计划关键的公式，进行了将武送回原来世界的实验。实验中还包括武和社霞住在同一个房间里。

回到原来世界的白银武与鉴纯夏重逢，为了回到“原来的世界”，他坚定了拯救“这个世界”的未来的决心。2001年12月4日。帝国军在不允许居住的地区强行将人们从家中疏散，武看到新闻报道高兴地说又缩短了时间。对于这样的武，冥夜愤怒地表示，这个国家把负担强加给了没有力量的人。

2001年12月5日。帝都发生政变，以千鹤的父亲榊是亲首相为首的几名内阁成员被沙雾尚哉上尉率领的政变部队暗杀。武他们的207B分队也接到了实战设想的出击待命命令。出击前慧告诉武，自己收到的信是沙雾上尉寄来的。

以神宫司教官为队长临时编成的武他们第207小队，作为后方警卫任务被部署到箱根的塔岛离宫。在离宫，有和冥夜容貌一模一样的政威大将军煌武院悠阳从成为战场的帝都逃了出来。第207小队开始将悠阳护送到横滨基地的作战。

追捕者和被追捕者——随着时间逐渐缩小的包围网。反复的加减速侵蚀着煌武院悠阳的肉体。为了突破这个难关，必须向她注射有窒息危险的药剂。当白银武意识到她的将军身份所赋予的沉重责任时，他犹豫了。

短暂的停战——白银武为伙伴们诉说着想法和感受。然后，煌武院悠阳听了这些立场不同的人的命运，决定亲自说服叛军。但是，御剑冥夜出现在了她的面前。幼时被分开的姐妹的命运再次交错，战场出现了新的变化。

一颗炮弹摧毁了一切。追求和平的愿望也变得虚无，战场再次被火焰包围。杀人者和被杀者——同胞们的斗争迎来了结局。有什么值得为之流血的东西吗？

为了拯救“这个世界”，白银武再次前往“原来的世界”，从香月夕呼那里取回了Alternative4关键的公式。然后回到“这个世界”的第二天，第207B分队被召集。在那里被告知的是，第207卫士训练小队的解散——那意味着武他们从训练兵变成了正规军。

如愿以偿成为正规军的第207小队，为了证实白银武自己设计的新型OS·XM3的实用性而参加了试验。面对身经百战的卫士们，武他们充分展示了XM3的性能。在这个过程中，BETA出现在训练场上。在战斗中，武向BETA发起了突击，但遭到了失败，痛感自己的无力。

白银武想要改变的未来，以神宫司麻理茉之死的形式展开了。对自己想要改变的未来的结果绝望的武向“原来的世界”寻求逃避的地方。武对活在原来的世界里的麻理茉感到安心。但是，成为因果导体的武的存在会影响到原来的世界。

以白银武为基点，“原来的世界”开始扭曲。武的记忆逐渐从周围的人们那里消失了，只有鉴纯夏为了保持他的记忆，一直在写着日记。但是白银武的存在，终于影响了纯夏的命运。武为了消除自己所带来的灾难，决心回到另一个世界。

Takeru回到了被BETA蹂躏的世界，当Kouzuki教授向他介绍00单元时，他感到震惊。

当Takeru与关于00单元的真相作斗争时，让它发挥作用的最后期限迫在眉睫。

a -01小队发现他们将成为联合国和日本联合行动的一部分，攻击位于岛岛的BETA蜂巢。

重夺岛岛的任务正在进行中，女武神们走上了战场。

Susano-O抵达，第21次行动的结果将取决于飞行堡垒的表现。

随着Susano-O无法操作，女武神们开始行动，在BETA继续涌入岛岛的情况下恢复00-Unit。

大量的贝塔从岛下浮出水面，将A-01特遣队和21号行动的成功置于危险之中。

在岛岛任务结束后，有一个纪念阵亡士兵的仪式。不久之后，船长IsumiMichiru也倒下了……