网代慎平在听闻青梅竹马——小舟潮的死讯后，回到了故乡，和歌山市的日都岛。据说那里流传着一种本土病：看到与自己一样的“影子”的人就会死去。而潮的妹妹澪说，她曾看到过潮的“影子”。

为了查清潮之死的真相，慎平和澪前往蛭子大人处。可出现在那里的，却是澪的“影子”。本来被“影子”开枪杀害的慎平，恢复意识时却发现自己在前往日都岛的渡轮上。

被“影子”澪刺杀的慎平，恢复意识时发现自己站在与澪再次见面时的码头上，这一天是7月22日。为了避免事态出现最坏的结果，慎平思考着对策，前往小早川家。然而，却差点遭到诗织“影子”的杀害……

潮的“影子”出现在慎平面前。从她的言行举止可以看出，她认为自己就是真正的潮。面对困惑的慎平，潮的“影子”却发自内心地为再次见到他而高兴。尽管慎平有些混乱，但也掩饰不住能与潮本人对话的喜悦之情。

日都岛的夏日庆典中，巨大的“影子”正在进行着大屠杀。慎平只能眼睁睁看着他的朋友和其他岛民接连被杀。不久，“影子”吞噬了岛上的人们。

与慎平在渡轮上相遇的女性——南方日鹤，是一名以“南云龙之介”为笔名的作家。为了解开留在手机里的一个神秘信息，她回到了故乡，日都岛。

为了杀掉小早川一家的“影子”，慎平、日鹤以及与日鹤共同行动的猎人根津前往小早川家。三人成功捕获了诗织的“影子”，而诗织的“影子”承认，是自己杀死了潮。

日鹤和根津等待着机会，随时准备杀掉澪的“影子”，可她一直没有现身。没想到她竟然出现在慎平的面前，准备用手中的刀刺杀他，但在潮的“影子”的帮助下，慎平逃过一劫。

在潮遗留下来的手机中有一个视频文件，播放后出现了潮与潮的“影子”一起的画面。视频中讲述了潮与潮的“影子”相遇后，两人所经历的每一天。

慎平认为，潮与潮的“影子”一起去过的鹰巢山上有关于“影子”的线索。那里是窗的老家，有一栋菱形医院的旧医院楼。当天夜里，慎平、窗和潮各自整理好装备，前往旧医院楼。

慎平、潮和窗被“影子”团团围住，但“影子”的目标只有潮一人。与此同时，澪和凸村一起目睹了诗织的“影子”，并跟随上她的脚步，追寻她的踪迹。

窗的妹妹朱鹭子说道，他们一直以来都在给蛭子神提供称为“食物”的死人。所谓的蛭子神，是一个穿着和服的少女，名为“波稻”，她正是被出现在日都岛神社的“巨大影子”称为“妈妈”的存在。

对于慎平来说，这是第五轮的7月22日。当慎平恢复意识时，刚好是日鹤确信他是时间旅行者的时刻。潮用自身的能力，让日鹤体验了至今为止的经历，这一次，日鹤相信了慎平并决定与他们共同行动。

慎平恢复意识时，来到了14年前的世界——日鹤的记忆之中。日鹤与波稻曾经是朋友。可有一天，波稻因难忍“饥饿”而吃掉了龙之介。

与慎平同样进入循环的波稻，发现了慎平每进行一次循环，其起点就会逐渐往后推移，于是打算将慎平完全除掉。当晚，为了消灭四手，慎平等人再次集中于日都岛中小学校。

在与四手所率领的“影子”大军战斗的过程中，澪提议将自身的“影子”变为同伴。潮便使用能力，让澪的“影子”不再对慎平等人抱有敌意。据澪的“影子”所说，菱形医院里有关于“影子”的线索。

慎平等人从窗的父亲，也就是菱形医院的院长菱形青铜的口中，得知了四手的真面目后，决定在医院待到7月23日。正当一行人为对付四手做准备而休息时，根津的身影出现，正准备去往某个地方。

慎平来到日都神社，拜访了神社的宫司，雁切。随后慎平指出，在一张70年前的照片中有雁切的身影，由此追问雁切，其真面目是否为菱形医院的第一任院长——菱形纸垂彦。

慎平等人失去了潮。在绝望的情况之下，纸垂彦与慎平的“影子”却进一步采取行动——分别联系澪与日鹤，制造出慎平只能拯救其中一方的局面。

日鹤与雁切之间展开激烈的战斗，朱鹭子所操控的吉尔与罗兹也前来帮忙，打斗局面越演越烈。与此同时，慎平与澪的“影子”来到另一个雁切的面前。但先过去的澪和窗却不见踪影。

在慎平为日鹤的死陷入绝望时，他透过与影子澪的对话发现在日都岛夏日庆典当天的7月24日潮可能会回来。慎平手持成为复活关键的潮的项链拟定最后的计划。另一边，察觉到此事的波稻与雁切也为了抓住潮而开始行动。

一切正如慎平所计划的那样，潮完全复活了。接着，慎平想到的作战计划是趁四手与波稻不在，轮回到蛭子洞本体所在处，之后和在此处待机的伙伴们一起攻击蛭子的本体。

原本已杀掉的四手，却再次现身在慎平等人面前。四手剖开波稻的腹部，将慎平和潮带往波稻的故乡。之后，慎平与体内的龙之介一起，寻找在途中失散的潮。

潮决心与四手决一死战，但她也知道，要想打赢四手，必须彻底消除他的铠甲才行。经过激烈的战斗后，潮被逼入绝境，于是慎平代替她与四手对峙。最后一战拉开了帷幕。

四手被打倒，身为“影子”的潮也随之消失。在新迎来的7月22日，慎平睽违两年返乡回和歌山市·“日都岛”。他虽然感觉到些许的异样感，但度过了一段和平的时光。而慎平与潮终于在此地重逢。