El equipo descubre a víctimas con glifos alienígenas en ellos parecidos a los que Coulson ha estado dibujando. Todos los secretos y mentiras de Coulson vienen a la cabeza.

Gordon lleva a Skye al "Más Allá", el refugio para gente con habilidades, Gonzales les pide ayuda a Fitz-Simmons para abrir la caja de herramientas de Fury, mientras Coulson y Hunter roban un quinjet con la ayuda de Mike Peterson, quien ha estado trabajando secretamente bajo las órdenes de Coulson y vigilando al Dr. List, uno de los líderes de HYDRA, con lo que ha descubierto que éste está realizando experimentos con gente que posee "dones".

Después de su dramático rescate de otro planeta, Simmons todavía se está recuperando de su terrible experiencia y revela cómo tuvo que luchar por su vida en un duro nuevo mundo.

Coulson y el General Talbot se ven forzados a unirse y asistir a un simposio mundial sobre los Inhumanos, donde se sospecha que Malick tiene un hombre dentro. A medida que el equipo S.H.I.E.L.D. se acerca más a la verdad, se revela un traidor inesperado.

Como consecuencia de los eventos de “Capitán América: Civil War”, S.H.I.E.L.D. se siente presionada a revelar su implicación con Inhumanos. Pero con las apuestas más altas que nunca y Hive haciéndose cada vez más fuerte, el equipo es puesto a prueba de formas a las que nunca se hubieran anticipado.

Un grupo que afirma ser la Resistencia de los Inhumanos lanza una serie de apagones en todo el mundo. Jeffrey sospecha que se trata de algo más y envía a Coulson, Mack y Fitz a investigar. Mientras tanto, Daisy descubre más sobre Robbie y su hermano Gabe, y Jemma y Holden luchan por salvar la vida de Melinda.

Los Agentes Sam y Billy Koenig están siendo perseguidos para llegar al libro Darkhold, y solo Coulson y el equipo pueden salvarlos antes de que el tiempo se acabe.

Con la sorprendente ayuda de Lance Hunter, nada impedirá que Fitz encuentre al equipo perdido mientras se revela su increíble viaje.

El equipo va en busca del Gravitonium para salvar el mundo.

El futuro de Daisy como la destructora de mundos podría cambiar drásticamente.

Es noche libre para los agentes en el planeta Kitson. Mientras Fitz y Enoch prueban suerte en el casino cercano, Daisy y Simmons se encuentran en una situación mucho mejor.

Para enfrentar a la bestia de odio que salta por la galaxia y come planetas, el equipo en la Tierra pide ayuda en todos los lugares equivocados. De vuelta en el Lazy Cometo, algo extraño ocurre con la tripulación de Izel.

Con la identidad del "hilo" que desvela la línea de tiempo, la misión del equipo de protegerlo a toda costa lleva a cada agente a cuestionar sus propios valores.