Aufgestachelt durch die Medien, wendet sich die breite Öffentlichkeit immer mehr gegen die 4400. Man fordert ihre Internierung, und tätliche Übergriffe und sogar Bombenanschläge werden immer häufiger. Tom, der das seltsame, distanzierte Verhalten seines Sohnes zu verstehen versucht, und Diana, die sich um die kleine Maia kümmern muss, werden an den Rand ihrer Belastbarkeit gebracht, als sie mit dem Schutz der 4400 beauftragt werden. Der Millionär Collier kümmert sich auf seine Weise um die Rückkehrer und versucht, möglichst viele von ihnen in einer bewachten Siedlung unterzubringen. Zwar schenkt er ihnen ein Haus und gibt Lilys Freund Richard einen Job, wird dabei Lily gegenüber aber immer aufdringlicher.

Lytell, ein rücksichtsloser Karrierebürokrat, versucht, die Kontrolle über die Homeland Security an sich zu reißen. Er entführt Toms Sohn Kyle als Forschungsobjekt. Obwohl Diana um die Sicherheit der kleinen Maia fürchtet, beschließt sie, Tom bei der Befreiung seines Sohns zu helfen. Collier provoziert Richard so sehr, dass er und Lily beschließen, die Wohnanlage zu verlassen - ein schwerer Schritt für die hochschwangere Lily, die um die Gesundheit ihres Babys bangen muss. Shawn fühlt sich von seinen Mitmenschen weder verstanden noch akzeptiert und sucht Colliers Hilfe. Nach seiner Befreiung führt Kyle Tom und Diana an die Stelle zurück, an der er drei Jahre zuvor ins Koma gefallen war, und eröffnet Tom die Wahrheit über die 4400 – eine beunruhigende Enthüllung, die der Homeland Security erst die eigentliche Tragweite des Rätsels deutlich macht.