A második szezon négy hónappal később veszi fel az első évad végén elejtett szálakat. Új hősöket ismerhetünk meg, köztük a hányattatott sorsú dél-amerikai testvérpárt, Alejandrót és Mayát. Van olyan hős, akitől el kell búcsúznunk, ám akad olyan is, akiről csak azt hisszük. Hiro még mindig a múltban keresi a kiutat, s megpróbálja megmenteni Takezo Kensei-t, de rájön, hogy ő nem az, akinek hitte. Maya és Alejandro a rendőrség elől menekülnek és az Egyesült Államok felé tartanak. A Bennet család eközben inkognitóban új életet kezd Kaliforniában. Matt nyomozóvá válik, ám Molly továbbra is rémálmokkal küzd. Mohinder pedig beépül a Társaságba.

Hiro - Takezo Kensei képét magára öltve - megmenti Yaeko-t és ráveszi Kensei-t, hogy továbbra is segítsen. Kaito gyilkosa Angela Petrelli-re is lecsap, ám ezúttal sikertelenül. Claire újra meg újra tágítja képessége határait, amit azonban West is meglát. Peter eközben kénytelen alkuba bocsátkozni, az őt megtaláló írekkel. Mohinder Suresh a terv részeként meggyógyítja a Haitit, aki később csatlakozik Bennet- hez.

Hiro-nak végre sikerül hőst faragnia Takezo Kensei-ből. Claire eközben megtudja, hogy egykor West is kapcsolatba került a Társasággal. Maya szerencsésen kiszabadítja a börtönbe került Alejandro-t. Mohinder pedig megtalálja Isaac végső képsorozatának utolsó darabját, ami baljós jövőt fest Bennet-nek. Kiderül, hogy ugyan Sylar még él, de kénytelen rádöbbenni, hogy nem működnek a képességei...

Peter-t nagy erőkkel keresi a Társaság, és úgy tűnik, hogy rá is bukkannak Írországban. Peter viszont nem akarja felfedni a múltját, még saját maga előtt sem. Eközben Brooklynban Suresh és Parkman, Molly segítségével rájönnek, hogy a rendőr apja is benne van a dolgokban, akivel Parkman már 25 éve nem találkozott. Molly azonban majdnem az életét veszti a segítségnyújtásban...Monica rájön, hogy milyen képességekkel rendelkezik, és megpróbálja feltérképezni, hogy mennyit is tud...