Suite aux événements de l'an passé, tous nos Heroes commencent une nouvelle vie : Claire fait sa rentrée à l'université. Ando et Hiro sont de retour à Tokyo et montent leur entreprise « Appelez un héros » et Peter, à nouveau infirmier, utilise son pouvoir pour sauver des vies, pendant ce temps, un cirque mystérieux dirigé par Samuel arrive en ville…

Une mort mystérieuse sur le campus a attiré l’attention sur Claire. Matt est hanté par l’esprit de Sylar et Hiro tente, avec Samuel, de réparer une erreur du passé. De son côté, Noah apprend la mort de Danko par le biais de Tracy et demande de l’aide auprès de Peter.

À Tokyo, Hiro refuse de faire face à sa maladie et tente par tous les moyens d’empêcher un homme de se suicider. Tracy souhaite retrouver son ancien travail et Nathan, poussé par Angela, se remémore un douloureux souvenir…

Sylar refait surface et se fait arrêter pour les crimes qu'il a commis dans le passé; mais sa mémoire lui joue des tours. Samuel se prépare à agrandir sa famille, mais Lydia s’inquiète des répercussions que cela pourrait avoir. Quant à Emma, elle croise à nouveau le chemin de Peter.

La véritable identité de Sylar commence à ressurgir et il découvre avec horreur toutes les atrocités qu’il a commises. Peter et Noah, partent à la recherche de quelqu’un capable de sauver Hiro, mais leur mission s’avère difficile…

C’est Thanksgiving, de nombreux évènements se produisent : la famille Bennet se réunit autour d’un grand repas qui se termine en dispute ; les Petrelli reçoivent une visite inattendue et questionnent Angela ; quant à Sylar, il refait surface et joue les trouble-fête…

Peter doit accepter la mort de son frère et Angela demande à Claire de veiller sur lui. De son côté, Sylar va au cirque pour tuer Samuel. Mais il semble qu’une partie de ses pouvoirs ait disparu. Enfin, Edgar se rend chez Noah…

Alors qu’au cirque les choses dégénèrent pour Samuel, Claire, Noah et Lauren s’y rendent très rapidement. De son côté, Sylar va voir Matt pour qu’il lui vienne en aide, tandis que Peter continue à faire des rêves étranges concernant Emma et Sylar.

Hiro doit faire face aux conséquences de ses actes et est appelé à agir pour empêcher un désastre. Claire et Noah se retrouvent piégés sous terre et manquent rapidement d’oxygène. Enfin, les Heroes se retrouvent à New York pour affronter Samuel… ce sera le choc des titans !