Quando la squadra Fringe esplora un incidente misterioso che riguarda un uomo i cui sogni strani e raccapriccianti proiettano eventi spaventosi, l’Agente Broyles incontra Nina Sharp.

A seguito di un attacco inspiegabile, la squadra Fringe si reca in una piccola cittadina dove la popolazione sfigurata si è nascosta, e fa di tutto per non essere trovata.

Mentre cerca di spiegare a Olivia le origini fuori dal mondo di Peter, Walter torna indietro negli anni al 1985 e ricorda la madre di Peter.

Ritorna Thomas Jerome Newton, e con lui le prove dei mutaforma del mondo alternativo. Peter rivela un segreto di famiglia mentre Walter si sforza di capire le motivazioni di Newton.

Vengono rivelate informazioni essenziali sul futuro, quando Walter e Nina si incontrano al Massive Dynamic per la toccante lettura del testamento di William Bell.

I Fringe dell’universo alternativo indagano su una violazione della sicurezza; un gemello fa uscire il fratello da una zona Ambra sottoposta a quarantena.

Quando la Squadra Fringe visita la Massive Dynamic durante l’assemblaggio di un dispositivo universale, Walter si preoccupa della sorte di Peter e si rivolge a Nina per ottenere aiuto.

La Squadra Fringe indaga su un gruppo di ladri in grado di violare la legge di gravità. Intanto, Walter cerca di ritardare i danni che ha causato al tessuto dell’universo.

L’inizio della fine viene scatenato quando il Walter alternativo trova il modo di provocare distruzione e caos nell’altra dimensione, mettendo a rischio entrambi gli universi.