Les restes d’un couple sont retrouvés dans une grotte située dans un parc national. Une fois les victimes identifiées par l’équipe du docteur Brennan, Booth dispose de très peu de suspects à interroger. Durant l’enquête, l’agent reçoit la visite surprise de sa petite amie Hannah, qui a demandé son affectation à Washington. L’arrivée de la journaliste laisse Brennan incertaine quant à ses relations avec Booth.

Le corps sans vie d’un jeune homme de 23 ans a été retrouvé sur une plage du New Jersey, près d’une boîte de nuit. Contrairement à l’agent Booth, Brennan est à l’aise dans l’univers très looké des guidos auquel appartenait la victime et au sein duquel ils mènent l’enquête. Pendant ce temps, Booth propose à Hannah d’emménager avec lui et Angela tente de garder secret l’heureux événement qu’elle attend.

Un morceau de crâne est retrouvé dans une dalle de béton, mais il semblerait que le reste du squelette ait disparu. L'équipe de l'institut Jefferson découvre qu'il s'agit d'un danseur classique reconverti dans le hip-hop de rue.

Une affaire s'annonce étrange pour Bones : un squelette est retrouvé dans un pick-up qui a explosé et les os auraient fondu, une impossibilité pour l'anthropologue. Il identifie néanmoins la victime, ce qui les mène vers un ferrailleur et un lycée où des jeunes rebelles se distinguent. Sweets se charge de leur interrogatoire.

Alors que Bones organise un dîner chez elle avec Booth, Hannah, Angela et Hodgins, ils sont appelés pour une affaire : une femme chirurgien dont le squelette est retrouvé entre les racines d'un arbre. Mais au fur et à mesure qu'elle se découvre des points communs avec la victime, Bones va de plus en plus s'identifier à elle.

Un corps est retrouvé en décomposition sous l'eau de la douche d'un appartement. La propriétaire est une jeune fille riche superficielle, qui a disparu depuis plusieurs jours. L'atmosphère devient un peu tendue depuis les confessions du Dr Brennan à Booth, mais l'enquête doit être menée.

Le corps d'un homme est retrouvé sur le toit d'un bâtiment de la Navy, recouvert d'une moisissure jaune. Un examen plus poussé montre qu'il a subi une multitude de fractures. Pendant ce temps, Sweets et Booth envisagent le mariage avec leurs compagnes.