Para convertirse en samurái, Usagi se dirige a la ciudad de Neo Edo, donde libera por accidente a un villano que ha estado encerrado por mil años.

Usagi, Kitsune, Chizu y Gen van al centro cultural, donde encuentran un yokai que vive dentro de cosas abandonadas y otro que puede cambiar de forma.

Karasu-Tengu acepta ser el sensei de Usagi si logra capturar los tres yokai urbanos. Lady Fuwa comienza su plan para reinar sobre Neo Edo robándose la Piedra del Ki.

Después de que Usagi y Chizu buscan el último yokai urbano en el dojo oculto, Usagi cambia de opinión. Kagehito se acerca más a lo que ha estado buscando.

Usagi se encuentra con el equipo mientras luchan con lady Fuwa y sus ninjas. Kagehito lanza un ataque salvaje para conectar el clavis a la Piedra del Ki.

The Ki-Stone gifts Chizu, Kitsune and Gen with weapons, but they don't know why. Usagi makes himself their sensei and trains them to use their new gear.

Chizu challenges Lady Fuwa for control of the Neko Ninja Crew. Usagi and Gen plan a party for Kitsune when they learn she's never celebrated a birthday,

After Kagehito warns of the coming Makkine invasion, the gang sets out to recruit the ninja and Mogura as allies. Lady Fuwa plots revenge against Chizu.

O-Dokuro leads the team to an ancient battlefield, where Usagi hopes to retrieve his ancestor's sword to cut off the approaching invasion.

Kagehito realizes what Kitsune's pet egg really is. An ill-timed attack by the Bat Squadron leads to disaster, allowing the Makkine to invade.