Sydney verlässt die CIA und schließt sich einer Gruppe namens „Authorized Personnel Only“ an. Zur APO gehören auch Jack, Vaughn, Dixon und Sloane. Nachdem Sydney in Wittenberg bestimmte Informationen herausgefunden hat, verschlechtert sich ihr Verhältnis zu Jack. Nach einigem Zögern entscheidet sich die Agentin, Vaughn den Grund dafür zu nennen.

Nur widerwillig arbeitet Sydney mit ihrem Vater Jack zusammen. Doch dies ist die einzige Möglichkeit, um den modernen Samurai Kazu Tamazaki zu fassen. Währenddessen will Nadia ihren Job als Spionin endgültig aufgeben. Da wird Sydney von Tamazaki gefangen genommen und schwebt in Lebensgefahr. Nadia bleibt nichts anderes übrig, als ihre Entscheidung noch einmal zu überdenken.