霊媒体質で引きこもっていた螢多朗。幼馴染の詠子に励まされ、社会復帰を決意し、家庭教師のバイトを始める。そこで受け持つ事になった生徒が、螢多朗を超える霊媒体質の天才少女・夜宵だった。

霊障を抑えるため、螢多朗、夜宵、詠子の3人で『淡宮神社』へお祓いに行く事に。お祓いを終えて疲れきった螢多朗は、曰く付きの人形達が祀られている宝物殿へ導かれてしまう──。

夜宵と出会ってからの心霊体験や、夜宵の言動に恐怖を感じた螢多朗は、心霊スポットへの同行を拒絶する。曰く付きの人形を集め、爪を要求してくる夜宵の真意とは…。

元凶の霊を殺せば呪いは消える。かつて霊障に巻き込んでしまった詠子を救えると知った螢多朗。オカルトから離れ社会復帰に努めるのか、あるいは── 。

螢多朗は旅行サークルの新歓に参加するも、友達を作れずにいた。より深く交流できるようにと、長山会長の誘いを受けて二次会へ向かうが──旅行サークルには、恐るべき真実が隠されていた。

夜宵と詠子に誘われ、螢多朗は気分転換にキャンプ場を訪れていた。いつも螢多朗を支えてくれていた詠子は、左手の呪いをどう感じているのか。初めて語られる詠子の夢とは…。決断の刻、迫る。

想いを伝え合った螢多朗と詠子。螢多朗は大切な詠子を守るため、夜宵と一緒に悪霊集めを始める事を決意する。その後、最初に訪れたのは、心霊スポットの定番。都内最恐の『Sトンネル』だった。

家庭教師のバイト先で、螢多朗は新しい生徒・神代愛依を受け持つ事になった。愛依は昔から不幸体質で、霊に憑かれやすいと話す。それはとある因縁によって引き起こされていて…。

〝神の花嫁〟として死ぬ運命にある愛依。その呪縛は重く、夜宵が捕縛したはずの神は再び愛依の体へ…。復活した神の力により引き寄せられた霊達は、霊媒体質である螢多朗に襲い掛かり──。

愛依に憑く神を捕獲するため、螢多朗達は１から作戦を練り直すことに。圧倒的な力を持つ神に対抗するには、それ以上の戦力が必要。夜宵の提案により、日本全国を巡る悪霊狩りが始まる──。

危険度ランクＳの心霊スポット『Ｈ城址』を訪れた夜宵と螢多朗。最も霊感の強い滝へ向かう途中、螢多朗は夜宵とはぐれてしまい…。恐るべき光景を目の当たりにするのだった。

『Ｈ城址』に棲みついていた霊が螢多朗達に襲い掛かる。死者の怨念を無差別に刻み付ける圧倒的な恐怖…。それに対抗できるのは、夜宵の部屋で生まれた卒業生のみ――。

次の目的地を『旧Ｆトンネル』に決めた螢多朗達。その道中、夜宵が育てていた別の卒業生の回収を試みるが、螢多朗の霊媒体質が悪霊達を呼び寄せてしまい…。さらなる恐怖が３人に襲いかかる。

卒業生を無事回収し、いよいよ危険度ランクＳの心霊スポット『旧Ｆトンネル』へ。そこに棲みついていたのは、大量殺人を繰り返す悪霊だった。夜宵と螢多朗は、囚われた詠子の救出に向かうが…。

詠子を救った螢多朗達は、卒業生『殉国禁獄鬼軍曹』で反撃に出る。死を祈らざるを得ないほどの『衰弱』を味わわせる鬼軍曹の霊現象。螢多朗も巻き込まれる中、霊同士の一騎打ちの行方は──。

『旧旧Ｆトンネル』で霊を捕縛するも螢多朗は衰弱。詠子は恐怖に慄き自分を見失っていた。そんな詠子は夜宵を連れ『平将門の首塚』へ。そこで語られた詠子の本音に夜宵は共感を覚えるのだった。

呪物や卒業生の保管場所として、曰く付きの格安一軒家を買う事にした詠子と夜宵。早速、内見へと向かった家は『妊娠の呪い』をかける悪霊の棲家で…。詠子の身に、魔の手が迫る。

事故物件の内見中、危険を感じた夜宵と詠子は一旦外へ。しかし詠子のお腹から聞こえてきたのは、悪霊『天使様』の産声だった。夜宵は呪いの発生源を喰い殺すべく再び空き家へ足を踏み入れる。

次の目的地を危険度ランクＳ『旧Ｉ水門』に決めた螢多朗達。そこへ向かう準備として卒業生の回収を試み、『廃ラブホテル』へ足を踏み入れる。すると螢多朗だけが幽世に迷い込んでしまい…。

危険度ランクＳ『旧Ｉ水門』を訪れた螢多朗達。そこで出会った心霊研究家・闍彌巫子と行動を共にしていると、一人絵を描く少年の姿が。そのスケッチブックには、悍ましい真実が隠されていた…。

母親への恨みの念から悪霊化した『旧I水門』の少年。螢多朗達はその強固な力に悪戦苦闘するも呪いの起点であるスケッチブックを奪い、卒業生『魄啜繚乱弟切花魁』で反撃に転じるのであった。

卒業生『魄啜繚乱弟切花魁』の怨念の劫火により、活路を断たれた少年霊。しかしその呪いは強烈で、螢多朗達にも火の粉が降りかかる…。窮地に立たされた夜宵がとった行動は──。

『旧Ｉ水門』から帰宅後、夜宵は新幹線事故の報道で神様と『空亡』、気絶状態の愛依を発見する。愛依の様子を見に京都へ行く方法を模索している所、夜宵の前に謎の少女・ドロシーが現れて…。

ドロシーによって開かずの間が開かれ、学内にいた全員が昏睡状態に陥ってしまう。夢の中では、先生の霊との恐怖の鬼ごっこが始まっていた。夜宵はみんなを救い出す方法を見出そうとするが…。

条件が揃った螢多朗達は、ついに京都行きを決行する。出発に備え、夜宵の口から語られたのは、街一つを覆う超大規模の呪いで神様を討伐するという『弑逆桔梗作戦』だった。