Als eine schreckliche fledermausähnliche Kreatur Gotham terrorisiert, nehmen die Behörden in Gotham an, daß es sich dabei um Batman handelt und stellen einen Haftbefehl auf den Dunklen Ritter aus. Währenddessen führen seine Ermittlungen Batman zu dem Labor von Kirk Langstrom, einem berühmten Zoologen, der mit einer Formel experimentierte, die ihn in ManBat verwandelte. Batman muß ManBat nicht nur fangen, um Langstrom zu retten, sondern auch um seinen eigenen Namen zu rehabilitieren. 

Der Krieg zwischen den rivalisierenden Banden der Anführer Rupert Thorne und Arnold Stromwell spitzt sich dramatisch zu. Thorne plant, Stromwell bei einer Explosion in einem Restaurant zu töten, doch Batman kann ihn in letzter Sekunde retten. Mit Hilfe von Stromwells Bruder versucht er, den Mafiachef davon zu überzeugen, bei der Polizei gegen Thorne auszusagen.

Der Angestellte Charlie Collins beschimpft auf der Straße Joker, weil der rücksichtslos durch die Gegend rast. Das lässt sich der Verbrecherclown nicht gefallen. Er schnappt sich Charlie und erklärt ihm, dass er ihm für sein Verhalten einen Gefallen schuldig ist. Zwei Jahre später ist es soweit. Charlie soll eine Bombe auf eine Veranstaltung schmuggeln, auf der Commissioner Gordon eine Rede hält.

Als Staatsanwalt Harvey Dent nach einem Date vergiftet wird, macht Batman eine schockierende Entdeckung: Die Frau, mit der sein bester Freund ausgeht, ist die pflanzenbesessene Schurkin Poison Ivy.

Der furchteinflößende Schurke Scarecrow will die Gotham State University zerstören. Um seinen Plan umzusetzen, versprüht er Angstgas, das die Leute aufhält. Als Batman Scarecrows Plan durchkreuzen will, bekommt auch er etwas von dem Angstgas ab – und muss sich seinen schlimmsten Gedanken stellen, die er sonst verdrängt.

Bei einem Undercovereinsatz in Gotham City geht so viel schief, dass die beteiligten Polizisten – Officer Wilkes, Officer Montoya und Detective Bullock – im Anschluss vom Dienst suspendiert werden. Die Beamten müssen ihren Vorgesetzten nach der katastrophalen Polizeiaktion haargenau erklären, was in der Nacht passiert ist. Interessanterweise erzählt jeder eine andere Version der Ereignisse.

Detective Bullock wird wegen Entführung festgenommen. Batman, der Bullock eigentlich nie ausstehen konnte, ist dennoch überzeugt davon, dass der Polizist unschuldig ist. Sofort beginnt der Superheld mit seinen Nachforschungen und weiß bald, wer der wahre Verbrecher ist: Killer Croc. Der führt einen erbitterten Rachefeldzug gegen Bullock, da der ihn einmal ins Gefängnis gebracht hat.

Am Jahrestag des Todes von Bruces Eltern begleitet Batman Leslie, die Rosen an die Stelle legen will, an der die zwei erschossen wurden. Gordon ist indes unterwegs, um Jimmy „The Jazzman“ Peake beim Drogenschmuggel zu ertappen. Batman wollte zwar helfen, kommt aber zu spät. Im Anschluss stellt sich der Superheld die Frage, ob es nicht besser wäre, seinen Rachefeldzug als Einzelkämpfer aufzugeben.

Batman untersucht das Auftreten einer werwolfartigen Kreatur in Gotham City. Doch er ahnt nicht, dass es sich bei dem vermeintlichen Monster um einen von Bruce Waynes Bekannten handelt, den ehemaligen Olympia-Sieger Anthony Romulus. Hinter dem Ganzen steckt der verrückte Chemiker Professor Milo, der Romulus ein Serum gespritzt hat, das ihn in einen Wolf verwandelt.

Dem Joker gelingt es an Weihnachten, aus der Psychiatrie auszubrechen. Kurze Zeit später hat er das Fernsehen von Gotham City unter seine Kontrolle gebracht. Er fordert Batman und Robin heraus, sein Fernsehstudio zu finden, das gut versteckt ist. Dort hält er drei Geiseln gefangen: Commissioner Gordon, Detective Bullock und Summer Gleeson. Die beiden Superhelden haben Zeit bis Mitternacht.

Batman kann sich aus den Fängen seiner Bathöhle befreien und den Ort wieder unter seine Kontrolle bringen. Allerdings wird ihm bald klar, dass Detective Bullock und James Gordon verschwunden sind und an ihrer Stelle Roboter auf der Erde wandeln. Schnell weiß der Superheld, wer hinter dem Ganzen steckt: H.A.R.D.A.C.

Während Batman den Spuren von Graf Vertigo folgt, lernt er Talia kennen, die Tochter des Anführers der Schattengesellschaft. Talia wurde von ihrem Vater Ra’s Al Ghul nach Gotham geschickt, da Graf Vertigo gerade einen akustischen Bohrer von Wayne Enterprises gestohlen hat. Als Talia erfährt, wer Batman in Wahrheit ist, gerät der Superheld ein wenig aus dem Konzept.

Sidney „The Squid“ Debris ist ein unbedeutender Kleinganove, dem eines Tages mehr Aufmerksamkeit geschenkt wird als ihm lieb sein kann. Bei seinem jüngsten Coup ging allerhand schief und am Ende scheint es so, als hätte er Batman getötet. Die anderen Superschurken sind hiervon wenig begeistert, schließlich ist es ihnen jahrelang nicht gelungen, Batman zu vernichten.

Der Pinguin kann bei einer Flugshow einen neuen Polizeihelikopter stehlen, der von WayneTech entwickelt wurde. Durch die Explosion, die der Pinguin ausgelöst hat, erblindet Bruce Wayne kurzzeitig. Batman weiß, dass er auf keinen Fall so lange warten kann, bis sein Sehvermögen zurückgekehrt ist, um den Pinguin zu fassen.

Commissioner Gordon wird verdächtigt, von Rupert Thorne Bestechungsgelder anzunehmen. Als Gordons Tochter das hört, will sie unbedingt beweisen, dass ihr Vater unschuldig ist, und bittet Batman um Hilfe. Der wird aber von Two-Faces Schlägertypen aufgehalten. Und so beschließt sie, die Sache in die eigene Hand zu nehmen und als Batgirl zurückzukehren, um den Namen ihres Vaters reinzuwaschen.

Robin entdeckt, dass Gil Mason mit der Unterwelt zusammenarbeitet und nimmt ihn genauer unter die Lupe. Bei seinen Nachforschungen stößt Robin auf Batgirl, die es ebenfalls auf Mason abgesehen hat. Schließlich erfahren die beiden, dass Mason gemeinsam mit Two-Face versucht, Commissioner Gordon in Verruf zu bringen – und dass die zwei Batman gefangen halten.

Mary Dahl war früher ein Kinderstar und leidet nun an einer seltenen Krankheit, die ihren Körper am Altern hindert. Während ihre ehemaligen Schauspielkollegen älter wurden und Karriere machten, hatte Mary weniger Glück und wurde verbittert und verrückt. In ihrem Hass entführt sie die Mitglieder ihrer Fernsehfamilie und zwingt sie, sich die alten Folgen anzuschauen. Robin muss etwas unternehmen.

Harley Quinn wurde im Arkham Asylum für geheilt erklärt und wird in die Freiheit entlassen. Lange dauert es allerdings nicht, bis Harley wieder in Schwierigkeiten steckt. Sie stiehlt nicht nur Bruce Waynes Auto, sondern entführt auch dessen Freundin. Klar, dass Batman sofort in Aktion tritt.

Lyle Bolton, der neue Chef des Arkham Asylum, wird wegen der schlechten Haftbedingungen der Gefangenen entlassen. Sechs Monate später ist Bolton zurück und verfolgt ein großes Ziel: Er will all jene hinter Gitter bringen, die er für den Verfall der Stadt verantwortlich macht. Bald schon hat er einige hochrangige Bürger der Stadt entführt. Batman und Robin müssen eingreifen.

Irgendjemand scheint ein Kopfgeld auf Harvey Bullock, den härtesten Polizisten Gothams, ausgesetzt zu haben. Nachdem Bullock mehrere Male nur knapp dem Tod entkommen ist, sieht er ein, dass er seinen Erzfeind Batman um Hilfe bitten muss. Der Superheld soll herausfinden, wer hinter den Anschlägen steckt. Bei den Nachforschungen wird Bullock klar, dass er sich viele Feinde gemacht hat.