메이지 11년 도쿄의 변두리."카미야 활심류" 사범인 카미야 카오루는, 그 유파의 이름을 속이는 "살인마 발도재"를 쫓고 있었다. 어느 날 밤 카오루는 폐도령을 무시하고 칼을 들고 돌 다니는 한 남자를 만나, 지체없이 남자에게 덤비지만 전혀 싸우는 기색이 없다."이게 그 칼잡이 발도재?" 의아한 기색의 카오루에게 남자는 스스로를 "유랑인" 이라고 자칭한다.

카미야 활심류의 이름을 사칭한 칼부림 소동을 해결한 지 일주일. 카미야 도장의 오명은 씻었지만 카오루의 문하생은 늘어날 기미를 보이지 않았다. 그러던 중 길에서 마주친 소년 묘진 야히코가 켄신의 지갑을 훔친다. 도둑맞은 자신이 나쁘다며 지갑을 주는 켄신. 어린아이 취급에 반발하는 야히코였지만 그에게는 돈을 모아야 하는 이유가 있었는데.

켄신을 보고 소매치기에서 손을 씻기로 결심한 야히코. 관동 슈에이구미에게 하던 상납을 거절하고 저항했지만 구타당하며 절체절명의 위기에 처한다. 그때 켄신이 난입해 그 자리를 정리했다. 자신의 힘으로 해결하지 못한 것을 분하게 여기며 강해지기를 바라는 야히코. 그 모습을 본 켄신은 야히코를 카미야 도장으로 데리고 가는데.

켄신, 카오루, 야히코가 방문한 소고기 전골 가게 '빨간 소'에서 켄신은 술에 취한 자유민권 운동가들이 언쟁을 벌이다가 던진 술병에 머리를 맞는다. 그리고 가게에 있었던 남자인 사가라 사노스케가 보다 못해 일어나 딱밤 한 대로 민권 운동가를 날려버렸다. 사노스케는 켄신의 실력을 간파하고 흥미를 보였다. '나랑 한번 붙어볼래?'

참마도를 가볍게 휘두르는 사노스케와 대결하는 켄신. 일격으로는 끄떡도 하지 않는 엄청난 맷집을 자랑하는 사노스케에게 켄신은 연격을 퍼붓는다. 지면에 쓰러진 사노스케. 승부는 이미 결정된 것처럼 보였다. 하지만 사노스케는 의식이 몽롱한 가운데 승리에 집착하게 된 계기가 되었던 10년 전 적보대에서의 과거를 떠올렸는데.

켄신에게 경찰서장이 의뢰를 갖고 찾아온다. 의뢰 내용은 전 유신지사들을 노리는 살인귀 '검은 삿갓'을 쓰러뜨려 달라는 것이었다. 켄신과 사노스케는 참간장을 통해 살해 예고를 받은 타니 쥬산로를 호위하기로 한다. 오전 한 시 예고된 시각에 나타난 검은 삿갓. 그의 정체는 막부 말기부터 암살 임무로 이름을 떨친 부랑자 칼잡이?우도 진에였는데.

칼잡이 발도재였던 시절의 켄신의 강함을 알고 있던 진에는 카오루를 인질로 잡아서 켄신의 분노를 부추긴다. 처절한 싸움을 벌이는 두 사람. 하지만 아직 켄신이 예전의 힘을 발휘하고 있지 않다고 생각한 진에는 카오루에게 니카이도 평법 '심중일방'을 걸어 호흡을 정지시킨다. 카오루가 질식사 하기까지 앞으로 3분, 켄신의 분노는 정점에 도달했는데.

사노스케의 친구가 아편 과다 흡입으로 목숨을 잃는다. 하지만 아편은 금지된 마약인 이상 구입하려고 해도 높은 가격에 거래되어 일반인은 쉽게 손에 넣을 수 없는 물건이었다. 이를 의아해하던 켄신과 사노스케의 앞에 수수께끼의 여성 타카니 메구미가 나타난다. 메구미를 붙잡으려고 하는 타케다 칸류의 사병을 격퇴하는 켄신 일행. 하지만 메구미는 아편을 소지하고 있었는데.

메구미를 숨겨주던 카미야 도장을 어정번중의 일원인 불뚝이가 습격한다. 입에서 불을 토하는 필살 '화염 날숨'으로 켄신과 사노스케를 공격했다. 강력한 중간 간부 격의 은밀이 등장해 켄신 일행의 패배를 예상한 메구미는 그 자리에서 도망치려고 한다. 그런 메구미를 만류하는 카오루. 카오루는 메구미에게 '당신을 위해 싸우고 있어'라고 말하며, 켄신의 강함을 믿는다고 이야기했는데.

어정번중의 추격자는 일주일 동안 나타나지 않았고, 메구미도 카미야 도장의 사람들과 친해지기 시작했다. 하지만 사노스케는 친구를 죽게 만든 아편을 만든 게 메구미였다는 사실을 알고 납득하지 못해 화가 나 있었다. 그러던 어느 날, 메구미가 갑자기 사라졌다. 자신의 의지로 떠난다는 내용이 두고 간 편지에 적혀 있었지만 부자연스럽다고 생각한 켄신은 메구미를 노리던 타케다 칸류의 저택으로 향하는데.

칸류의 저택에서 메구미를 되찾기 위해 분투하는 켄신, 사노스케, 야히코. 그들의 앞을 막아선 것은 어정번중 밀정 담당 한냐. 권법가로서의 실력과 '신완의 술법'으로 켄신을 농락했지만 싸움 속에서 술법의 비밀을 간파한 켄신은 술법을 공략하는 데 성공했다. 승부가 났다고 생각한 순간 한냐는 자신의 가면을 벗고 경악스러운 맨얼굴을 보였는데.

켄신은 드디어 어정번중의 두령 시노모리 아오시와 대치하게 된다. 막부 말기 무혈 개성으로 싸워보지도 못한 채 끝나 존재의의를 잃어버린 이형의 전투광들인 어정번중. 그 원통함을 잊지 못하고, 끊임없이 최강의 칭호를 추구하는 아오시. 유신지사로서 대의 없는 싸움을 용납할 수 없는 켄신. 막부 말기에 살인을 생업으로 삼았던 두 사람이 자존심을 걸고 격돌하는데.

칸류는 켄신을 죽이기 위해 부하였던 어정번중까지 노리고 개틀링 건으로 총탄의 비를 퍼붓는다. 그 끔찍한 행위 앞에 어정번중은 각자의 능력을 구사해서 개틀링 건에 대항했다. 이 한순간만큼은 그들과 켄신의 목적이 일치했다. 켄신과 어정번중은 손을 잡고 압도적인 힘을 지닌 근대 병기에 도전했는데.

카미야 도장의 유일한 문하생인 야히코가 때때로 훈련을 빼먹게 되었다. 본인은 ′그냥 산책′이라고 말했지만. 검술 수련에는 진지하게 임해서 땡땡이친 걸로는 생각되지 않았다. 신경이 쓰인 켄신, 카오루, 사노스케는 몰래 야히코를 미행해서 이유를 알아보기로 했다. 야히코의 진짜 목적은 무엇일까?

출장 훈련으로 마에카와 도장에 온 카오루와, 켄신, 야히코. 카오루의 훈련은 다른 유파의 문하생들에게도 인기가 많아서 도장은 활기를 띠고 있었다. 그러던 중 이스루기 라이쥬타라는 검객이 도장에 난입했다. 검술의 앞날을 걱정한다고 말하며, 진검만 가지고 다닌다는 그 남자는 죽도로 하는 검술 대결은 말 같지도 않다며 조롱했다. 도장을 파괴하게 둘 수 없다며 사범인 마에카와가 라이쥬타를 상대하게 됐지만......

살인검으로 검술을 재흥시키려는 라이쥬타는 그것을 부정하는 켄신을 적으로 선포한다. 진검으로 승부를 걸어왔지만 켄신의 일격이 라이쥬타의 검을 부러뜨리면서 대결을 일단락됐다. 다음 날, 라이쥬타의 제자인 유타로가 카미야 도장에 찾아왔다. 견원지간인 야히코와 대결하겠다고 말했지만, 유타로는 죽도를 쥐는 법도 엉망이었는데

라이쥬타의 검격을 맞은 유타로는 왼팔에 중상을 입어 두 번 다시 검을 휘두를 수 없게 된다. 유타로와 싸우기만 했던 야히코였지만, 유타로의 검술을 향한 마음은 누구보다도 잘 알고 있었다. 야히코는 유타로의 손을 잡고, 켄신과 라이쥬타의 결투를 보러 진료소에서 뛰쳐나갔다. 밤의 숲길에서 분노한 켄신과 라이쥬타의 대결이 시작되었는데.

사노스케는 언제나 외상을 달아두고 밥을 먹는 소고기 전골 식당 '빨간 소'의 타에로부터 니시키에의 구매를 의뢰받아 그림 가게로 향했다. 그림 자체에는 흥미가 없었지만 사노스케는 가게에서 한 장의 그림을 발견한다. 그것은 적보대 시절 스승으로 모셨던 사가라 대장이 그려진 그림이었다. 사노스케는 눈빛이 바뀌어 그 그림을 그린 화가를 만나러 갔는데.

10년을 기다린 적보대의 원한을 풀려고 하는 츠난. 사노스케는 그 마음에 동조하며 내무성을 공격하는 츠난과 함께 행동한다. 하지만, 건물 안에는 그들을 막기 위해 기다리고 있던 켄신이 있었다. 적보대 시절과 마찬가지로 앞을 막아선 전 유신지사를 향해 투지를 불태우는 츠난. 작렬탄의 공격이 켄신을 덮치는데.

차를 마시며 단란한 시간을 보내는 켄신 일행. 켄신은 재밌는 여행 이야기를 들려 달라는 주변의 재촉에. 모두가 듣고 싶은 이야기를 모아 '진귀하고, 즐겁고, 악인을 혼내준 이야기'로 정리했다. 곰곰이 생각하던 켄신이 이야기하기로 한 것은 외국인 거류지로서 활기가 넘치던 요코하마에서 만난 엘더라는 이름의 항상 가면을 쓰고 다니는 외국인 의사의 이야기였는데.

칼잡이였던 과거를 버리고 평화로운 세상을 바라던 켄신은 사람들이 기이하게 바라보더라도 건강하게 살아가는 세상을 바라는 의사 엘더의 생각에 공감한다. 한편, 무보수로 사람들을 치료하는 엘더를 눈엣가시로 여기던 의사 이시즈 데이안은 서양 검술을 사용하는 에스피랄을 고용한다. 데이안은 그에게 엘더를 처리할 것을 의뢰했지만 에스피랄에게는 의뢰 외에 다른 목적이 있었는데

켄신은 옛날 유신지사로서 적대했던 신선조에 대한 꿈을 꾼다. 칼잡이 발도재였던 그가 결판을 내지 못했을 정도로 실력자들이었던 신선조. 어째서 지금 이런 것을 떠올리게 된 것인지 켄신은 의아해한다. 그러던 중 켄신, 카오루, 야히코가 카미야 도장을 비운 사이 어떤 남자가 찾아온다. 특징적인 눈을 하고 있는 그 남자는, 마침 도장에 있던 사노스케에게 자신을 약장수 후지타 고로라고 소개했는데

아카마츠 아룬도와의 싸움을 끝낸 켄신은 카미야 도장에서 사이토 하지메와 재회한다. 경관 후지타 고로로서 방문한 하지메를 카오루와 야히코는 경계하지 않고 도장 안으로 들였던 것이다. 켄신 일행의 그런 안일함을 규탄하는 하지메. 켄신이 칼잡이를 그만둔 10년 동안 암살자로서 살의와 실력을 갈고닦아온 하지메의 칼이 이빨을 드러내기 시작했는데.

켄신에게 하지메를 보낸 것은 옛 사츠마범 유신지사이자 내무성의 수장 오오쿠보 도시미치였다. 칼잡이 발도재의 실실적인 후계자였던 어떤 남자가 교토에서 암약하고 있다며 그를 막아 달라고 하는데. 그 남자는 10년 전 그를 위험시한 정부로부터-- 즉, 동료의 손에 말살당했을 터였다. 그 암살을 의뢰받은 켄신의 대답은?