組織による手術で一命を取り留めたマイケルだったが、仲間から隔離され街から遠く離れた山中の別荘に軟禁される。そこには組織が手配した精神分析医もいて「母上は生きていて組織のために働いている」と聞かされる。

サラのお陰で組織の手から逃れたマイケルは、組織に協力しているリンカーンを止めようとマイアミへ向かう。一方、リンカーンはスキュラの隠し場所と思われる邸宅を探るうち自分の幼い頃の写真を見つける。写真に隠されたメッセージを読み解いて街中のカフェヘいくと、そこには母クリスティーナの姿が。クリスティーナこそが、スキュラを組織の手から騙し取った張本人だったのだ。

スキュラを将軍に返してマイケルと共に自由になろうとするリンカーンと、将軍を消して組織を変えれば自由になれるという母クリスティーナ。マイケルはその両方と対立し、三者三様の戦いとなっていた。

インド首相の息子ナヴィーンが出席するエネルギー会議が開かれた。彼はそこでスキュラの技術について講演をするはずだったが、クリスティーナは彼を暗殺して世界規模の紛争を引き起こそうとしていた。

暗殺犯に仕立て上げられたリンカーンはマイケルと共に警察に包囲されるが、逮捕寸前というところへ将軍の部下がやってきて、将軍のロフトへと連れ戻される。クリスティーナにしてやられたことで怒りが頂点に達した将軍は、マイケルらに「なんとしてもスキュラを手に入れなければ家族の安全はない」と本気の脅しをかける。

クリスティーナは人質に取ったリンカーンの腹を撃ち、スキュラを返さなければこのまま見殺しにするとマイケルを脅す。一方、マイケルが素直に従うはずはないと思っていた将軍は、サラを人質にして一刻も早くスキュラを持ってこなければ殺す、と迫る。