Quando uma infecção mortal faz membros chaves de Atlantis perderem a memória, resta a Teyla e Ronon encontrarem a cura. Mas quando os fuzileiros começam a caçar todos e ninguém lembra o motivo, o trabalho fica ainda mais difícil.

A equipe conhece um homem com poderes proféticos extraordinários e que faz uma previsão sombria sobre o futuro de Atlantis. Enquanto isso, eles se unem a um Wraith na tentativa de consertar um vírus que Rodney criou para deter os replicantes e que não funcionou corretamente. E Woolsey chega em Atlantis para realizar uma avaliação do comando de Carter.

A equipe consegue uma nave-colmeia Wraith após uma batalha com os Replicantes e descobre algo novo sobre seu inimigo.

Após encontrar Athosianos desaparecidos, Teyla planeja fugir da instalação secreta de Michael

The Atlantis expedition mysteriously finds the Daedalus, abandoned and drifting in space. When Lt. Colonel John Sheppard's team come to investigate, the ship mysteriously disappears. They soon discover that the ship is actually an alternate Daedalus from a Alternate reality, and the team must find a way back to their Universe or risk being stranded forever in an unfamiliar reality.

The Atlantis expedition has a plan to remove the Wraith's dependence on feeding to use an experimental gene therapy from Michael's database. However, in order to convince the Primary, the Wraith leader, Teyla Emmagan must pose as a Hive Queen.

Dr. Carson Beckett, now a traveling doctor in Pegasus comes across a planet, where some of the villagers are refugees from Balar, a planet infected with the Hoffan drug, and destroyed by the Wraith. However, the Wraith arrive on the planet and gives the village an ultimatum, hand over the Balarians, or face destruction of the entire civilization.

After a Wraith Hive Ship shows up over Atlantis transmitting a distress call, Lt. Colonel John Sheppard's team discovers that its crew has been stricken with a disease they helped create.