El equipo espera eliminar a los replicantes de una vez por todas, reclutando una flota de Naves Colmena para luchar junto al Dedalo y al Apollo. Desafortunadamente, no muchas naves se unen a la causa, y la expedición podría causar una cadena de eventos que no serán capaces de contener.

Una inexplicable falla en un SaltaCharcos, parece luego extenderse a la misma Atlantis. La expedición pronto descubre que esto puede tener que ver con la Doctora Weir y un grupo de Replicadores, que han estado intentando "ascender", pero que deben ser detenidos antes de que la ciudad se vea comprometida.