Meses después de renunciar al cargo de líder del Comando Stargate, la Dra. Elizabeth Weir ha estado trabajando en el puesto de avanzada en la Antártica, reuniendo miembros para una expedición que se embarca a la ciudad perdida de Atlantis. Cuando parece que son capaces de determinar la dirección del Stargate, una nueva aventura comienza.

Después de que el Mayor John Sheppard regresa con los refugiados del ataque, la ciudad esta a punto de ser aplastada por el agua. Cuando toda esperanza parece perdida, Atlantis se suelta del fondo del océano, elevándose a la luz del día. Sheppard planea rescatar a sus compañeros.

El Dr. Beckett ha desarrollado una terapia genética experimental para darle el gen de los Antiguos a aquellos que nacieron sin él. La primera persona en someterse a la terapia es el Dr. McKay, quien prueba el gen con un escudo personal de los Antiguos. El problema comienza cuando no puede desactivarlo. Mientras tanto, una misteriosa entidad comienza a rondar por la ciudad después de que uno de los niños Athosianos se extravía.