青年精英队，是由民间综合科学研究机构SRC的精英组成的，从事救援活动、怪兽的捕获和保护外加调查超常现象。某晚，人们看到了美丽的光，经过分析，这光不仅是活的，而且每颗粒子都是独立的生命体，换而言之就是光病毒。精英队来到光消失的地方——宇宙开发中心探测，遇到了实习飞行员武藏，这时利多利阿斯被光病毒附身，向他们展开了攻击。

受晴光队长的邀请，武藏加入了青年精英队。武藏表示自己会积极地保护怪兽，副队长水木告诉他，精英队也不想毁灭怪兽，但现实中常常保护不了，圭介说让武藏参加一次实战就可以了解了。话音刚落，武藏的首次任务来临了，一心保护怪兽高尔美第的他勇敢挑战现实，而为了对付混沌病毒威胁的能力，高斯奥特曼变成了如太阳燃烧的火焰般的红色巨人。

基地探测到异常反应，青年精英队全体出动。找到目标后，队长没有下达作战命令，武藏就擅自飞到怪兽史比多鲁后方，他说怪兽的中枢神经在后脑，只要使用麻醉弹射中就行，不料怪兽突然攻击，武藏射偏了，怪兽受到刺激后暴走，击中了将土井垣、绫乃驾驶的飞船。夜行性怪兽史比多鲁为什么出现在大白天，为了了解怪兽真正的心意，武藏驾驶泰克雷霆4号飞上了天空。

某天巨型机器人伊高玛斯突然造访地球，因为不带有攻击性，小朋友们觉得地球并不漂亮时，伊高玛斯托起他们从高处展望地球，让他们发现了地球却很美，于是他们跟伊高玛斯成为了好朋友，关系融洽，这时贴在伊高玛斯后面的封条掉在了它的眼前，它看后顿时失去了控制，原来那是废品处理的封条。

群马县萤火虫村发生怪事，汽车被萤火虫吃了，武藏和风吹驾驶谢巴德前去调查。他们在隧道发现了萤火虫，风吹抓到一只发现不是萤火虫，俩人迅速躲进车里，发光体将车围住，幸好武藏反应及时俩人才躲过一劫。土井垣在武藏、风吹遭受袭击时探测到了混沌病毒，为了保护风吹生长的地方，高斯奥特曼与怪兽混沌巴格展开了激战。

某地区发生地震，而且震源在不断移动，SRC迅速赶往地震区。经过扫描系统确认，地底存在着怪兽，而怪兽受到扫描微波的影响，向他们发起了攻击。土井垣向大家介绍了自己的钓怪兽作战计划，得到了大家的认可，但没想到的是队长却让他负责驾驶他最不擅长的泰克雷霆3号。怪兽莫古尔顿再次出现，精英队开始了钓怪兽作战计划。

三颗流星划过天际，从遥远的宇宙降落到地球上。青年精英队接到报告后前去调查，带回来一只箱子。与此同时，小学生聪介发现了陨石，并将其带回了家，被父母发现后将陨石带去了儿童中心。土井垣打开箱子后发现了上面的字，队长命令他停止工作，但为时已晚。小怪兽米宁从其中一颗陨石里蹦出，成为了孩子欢迎的红人，同时和米宁想像的大怪兽加莫兰也出现了。

绫乃看到了美丽的极光，困意袭来后一睡不起，而随后市民中也有看到极光的人，后续症状跟绫乃一样。科学分析中心的大森来到基地，用梦境电影院将绫乃睡梦中的景象重现于屏幕上，大家看到了一只羊，大森分析这只羊很可能是导致他们沉睡的原因。武藏决心闯入绫乃梦里的世界，那是连高斯奥特曼都不了解的神秘世界。

风吹驾驶着泰克雷霆1号，在山童山上空发现了疑似混沌病毒的光点，追踪时却发现不见了。从确认混沌病毒以来，接连有人报案称目击到不可思议的生物，武藏和忍赶赴调查。祐一告诉武藏他亲眼目睹了山童，父亲隐藏了自己曾认识山童一事，骗佑一说那是他出现的幻觉，而武藏却相信祐一看到了山童这件事。

城南大学考古研究室从古代遗迹中发掘出来了保存在玻璃箱里的青铜像，吉井因为要解读碑文，就拜托土井垣帮忙调查青铜像的事情。土井垣、武藏将东西带回了基地，发现这尊青铜像可以吸收压力。绫乃独自在基地工作，突然发现青铜像出现在了她面前。土井垣看到吉井解读的碑文后，推测这尊青铜像或许就是青铜魔神盖休特。

在施工的隧道里，发现了古代恐龙姆东，鉴于其温顺的性格，高层会议决定把它送往镝矢岛保护。为了让姆东从隧道里出来，精英队队员们各自使出浑身解数，但是姆东还是一动不动。入夜后武藏独自一人去隧道跟姆东谈心，突然想到姆东独自一人在此的可能性。就在大家准备充足时，施工方擅自用炸药将姆东的巢穴炸毁，引起了姆东的怒火。

怪兽伊非美拉出现并破坏城市，风吹想要展开攻击时突然听到了妹妹的声音，出神间遭到了伊非美拉的袭击。伊非美拉袭击了泰克雷霆后显得很开心，随后睡着了。绫乃查到了室町时代、平安时代关于大怪兽出现一天后便消失的信息，而资料中的怪兽正是伊非美拉。了解了伊非美拉的特性后，青年精英队拼命地保护它，但防卫军却无情地开始了攻击。

人类第一个居住型宇宙空间站杰露米娜3号竣工，当晚武藏救下了被宇宙生命体追杀的女子，但她因为受到猛烈刺激丧失了记忆，唯一记得的只有时间的女儿这几个字。青年精英队查到了女子的真实身份，她是四年前参加杰露米娜的施工队组员蕾妮，但在那次事故中已经死亡了，现在是因为有人在她额头植入了生物芯片，从芯片中发出的脉冲和追杀她的宇宙生命体性质相同。

蕾妮回忆起一切后失去了踪影，青年精英队捕捉古代怪兽卡尔巴斯失败，被禁止行动，而对卡尔巴斯的行动也移交给防卫军了。期间卡尔巴斯愈加横行，企图破坏城市中心的能量工厂，乌罗加的阴谋即将被揭晓。犹豫是否变身成为高斯奥特曼的武藏，在与蕾妮再度邂逅后，蕾妮的一番话让武藏的内心发生动摇。

青年精英队从SRC接到海底保护网不正常的报告，为了检查海底保护网，精英队出动了万能探查机泰克探查机。武藏和风吹驾驶着探查机向着浩瀚的海洋起航了，在俩人的操作下修理工作顺利进行，不料混沌病毒的魔爪已悄悄地伸向了海底。温顺的海兽杰尔加变得凶暴，猛烈攻击了探查机，由于氧气瓶破损，武藏和风吹陷入了无法逃脱的危机。

巨大的鲸鱼在天空中飞翔，接到报告后青年精英队赶赴现场，经过扫描后后发现那条鲸鱼是没有实体的幻影，而队长突然想起昨晚疑似混沌病毒能量反应的地方也在这个地区。为了预防混沌病毒依附在幻影上，武藏留在了现场，但依然没能阻止，鲸鱼变成了恐怖的精神寄生兽混沌吉拉克，吸收了少女的身体，奥特曼不能草率地攻击。

青年精英队正和SRC研究机构通过电视会议共同研讨开发出的新装备，不料通讯突然中断，伊田，田中去检查线路问题，却意外遇到了异次元侵略者，被异次元攻击后发生了怪事，身体竟然缩小了。日浦队长跟武藏驾车前往研究室，想要跟泽口女士面谈，结果也遭遇到异次元人将他们缩小了，这伙人的目的到底是什么？

休假中的忍副队长前往二人山旅游，这里流传着因不能结合的一对恋人，死后变成怨灵鬼恋鬼，被封印在地底的悲惨传说。此刻村民与建造水坝的负责人展开了激烈的交锋，工程负责人不相信传说，命令属下趁夜炸毁封印恋鬼的刀石，因此引发了不寻常的地震，忍立马与精英队联络，精英队赶赴现场，风吹驾驶着泰克探查机潜地机潜入地下，不幸遭到袭击，传说中的恋鬼复活了！

被弃置在宇宙中的地球浮游军事卫星安吉丽卡，瞄准攻击了飞行物，变成了无法控制的军事卫星。绫乃险遇车祸，幸得神秘青年相救，从此陷入了单相思中。设施参观日中绫乃出任招待员，意外的遇到了搭救自己的神秘男子雷达，雷达利用绫乃对自己倾心，在基地内制造混乱，并且迷惑绫带他去了基地的控制室。

宇宙开发中心的研究顾问点名要武藏，让他去做泰克推进机的最终调试。来到宇宙开发中心后，武藏发现征召他的是儿时的恩人大本博士，与此同时，连镭射网都能吸收的怪兽玻尔吉尔斯出现了，土井垣查出玻尔吉尔斯的目标是泰克等离子，急忙联络宇宙开发中心停止调试。到底是追寻飞向宇宙的梦想，还是作为青年精英队保护怪兽，武藏抉择的时刻到来了。

SRC在行星朱朗上捕捉到生命了反应，宇宙开发中心探查部为了调查宇宙生态系统，发射了探查船华尔兹号前去调查。华尔兹号宇航员三矢通过视频，给精英队队员看了他在调查途中拍下来的照片，双方探讨时华尔兹号突然发生异常，失去了音信。绫乃发现朱朗改变了轨道，冲着地球而来，青年精英队乘坐泰克推进机飞向宇宙，然而在哪里迎接他们的，是拥有强大力量的怪兽帕拉斯坦。

为了掩护高斯奥特曼，日浦队长下令泰克推进机擒拿臂启动，将帕拉斯坦逼退了。武藏在华尔兹号里面搜索一番，只找到了三矢的项链，武藏不放弃，终于在像是遗迹的地方找到了三矢，他讲述了自己遭遇到的一切。在帕拉斯坦的攻击下，高斯奥特曼释放出月神净化，倾注浑身之力的内巴斯塔光线；另一方面，防卫军爆破朱朗的时限也在无情地逼近。

SRC的探查卫星从某所大学院内波捉到了微弱的未知怪电波，青年精英队为了查清怪电波之谜，派武藏、风吹潜入大学内调查。在这里流传着有和自己长得一模一样的分身出现的流言，而且看到分身的本人也会很快死去。武藏、风吹追着怪电波来到了研究室，发现了一块来历不明的陨石，从研究室出来后，风吹不凑巧的看到了自己的分身，而更令人吃惊的是竟然出现了两个高斯！

吸聚城里电磁波的怪兽古拉加斯，承受恐怖的高压电流日冕形态面临大危机，为了防止事故发生，青年精英队决定分散电磁波集合体，绫乃、武藏驾驶泰克雷霆对怪兽照射非晶质波，少年突然出现在飞船内，让绫乃立刻停止动作，否则会刺激到怪兽。日浦队长发觉无处可逃的电磁波会逆流到电器制品里，命令武藏立即停止作战。

不明飞行物飞来地球，遭到防卫军战斗机的袭击，飞行物受重创后留下斯莱约星人拉米亚后突然消失了，青年精英队和防卫军部队拼命搜索却一无所获。武藏来到特殊意料基地，要求见河野医生，询问逃生舱之事，结果发现前几天遇到的大叔竟然就是河野。苏醒后的拉米亚对河野医生讲述了令人惊奇的事实，以及机械生命体葛温杰的进攻。

混沌病毒开始对人类产生兴趣，从目睹怪光的人纷纷失踪的神秘事件中，青年精英队感觉到了混沌病毒的阴影。一户住在关东北部小镇上狩野家的人也被卷入了这起事件中，为了拯救被卷入事件的父子，武藏拼命地进行调查。完成实体化的混沌病毒伊布利斯出现，让高斯高特曼面临危机。

某天，宇宙怪兽萨蓝加从天而降，青年精英队前去查探时发现怪兽下半身卡在了地底，最后高斯奥特曼出面才将它拽了出来。经过绫乃的分析，得知萨蓝加怀孕了，它来到地球的目的竟然是为了生孩子。萨蓝加越是临近临盆之际，温度就越是直线上升，为了把它引到海里去安全生产，高斯奥特曼与青年精英队并肩作战。

风吹虽然被武藏打败，但他的内心却另有担忧，武藏一味的追求力量却失去了自己本该有的温柔。电视台来人对青年精英队进行采访，质疑他们保护怪兽的态度，这让武藏感到无比愤怒。青年精英队曾经捕获失败的怪兽艾力加尔出现了，大家迅速出击，用粘黏着弹封住了怪兽的喷出腺，对怪兽进行麻醉后不料却被混沌病毒趁虚而入了。

土井垣想知道艾力加尔为何能够暂时抑制混沌病毒的影响，去调查了怪兽的血液和细胞，他告诉武藏艾力加尔可能拥有针对混沌病毒的抗体，不过现在还没有能证明这点的线索。SRC宇宙开发中心在为日全食手机数据做准备时，在太阳系内异常重力场发现了异常的能量波，得到消息武藏、土井垣赶往查看，发现异常的能量波是混沌病毒反应。

高斯高特曼被打败后，为了防止实体混沌病毒再次出现，防卫部邀请青年精英队与他们合作；另一方面，数千年一遇的日全食也即将来临。武藏得知联合作战已是板上钉钉的事，他明白即便这样也没可能打败实体混沌病毒，除非唤醒高斯奥特曼，他到处寻找着高斯高特曼。当武藏寻得的温柔、刚强和勇气集结之时，金灿灿的高斯奥特曼也迎来了新形态诞生。

混沌病毒一路追踪武藏而至，巴贡为了保护武藏将他一把推开。武藏被送往SRC医疗中心，为确定是否被混沌病毒附身做了各种检查。河野医生告诉武藏混沌巴格是附着在垃圾上的病毒，武藏听后精神紧绷，四处寻找巴贡，可当找到时发现巴贡已经变成了凶恶的机器人。巴贡体内的微型芯片被病毒入侵，只要对周遭回路造成一丁点的影响，就会要了巴贡的命，武藏究竟会释放克兹缪姆光线吗？

武藏怀着复杂的情绪造访镝矢群岛，他所驾驶的泰克雷霆3号上面承载着新型强力麻醉弹睡梦，这次来的目的是要在以前保护起来的怪兽身上进行实验。就在武藏打算向池山说出来此的目的时，狂性大发的高尔美第贝塔出现了，精英队对高尔美第贝塔发射镭射网，不料却被它吸收了，它吸收能量不断强化的秘密究竟是什么？

受伤的怪兽尼尔德蓝特想回到出生地龙严山，青年精英队为了帮助它进行着保护活动，没想到防卫军怪兽歼灭队队长流淳也袭击了尼尔德蓝特。防卫队和青年精英队，虽然同样期盼和平，但防卫队总是使用武力解决问题。流淳也突然造访了青年精英队基地，与队员们展开了激烈的争吵，原来他的妹妹被怪兽杀害，造就了他现在对怪兽的态度。

研究员们针对受频发地震影响而被发现的古代遗迹展开了调查，其中就有吉井由香里的身影，与此同时，在海地调查的青年精英队，发现巨大石像。接到吉井的电话，土井垣推掉了休假赶回了基地，与武藏一同去城南大学帮吉井解析石板上的文字。当美丽的海洋因为受到污染而悲叹之时，伟大的海的看守将会复活，消灭掉将大海弄脏的罪人。

受奇怪的神秘陨石引诱，人们集中在一栋奇特的建房子里。河野受邀进入房子，不料拉古斯东拒绝接受他，与精英队商量后忍决定潜入搜查却身陷险境。根据所得信息，河野医生分析道，如果被古拉斯东放射出来的光线照射到，大脑就会受刺激，唤醒沉睡的潜能，但所付出的的代价，则是人类控制感情部分的脑电波，会被古拉斯东吸收。

奥日高村出现巨猿，警察打电话到青年精英队求助，但精英队此刻正被怪兽马哈格诺姆弄得手忙脚乱，防卫军虎王坦克出动，马哈格诺姆受到惊吓往山脉方向逃去。日浦队长派绫乃单独去奥日高村调查出现的巨猿。巨猿的真面目其实是山童，山童一面被大人追赶，一面和孩子交流感情，但马哈格诺姆突然向村子袭来，为了保护孩子，山童挺身而出。

一年前怪兽太尔达斯出现，在队长没有允许的情况下风吹向怪兽发射了NX弹，不过是一枚哑弹。绫乃探测到有怪兽出现，青年精英队出动，发现竟是太尔达斯，而它的背上那枚哑弹还存在着！风吹情急之下动了在此解决掉怪兽的念头，事后他回想起来，觉得很自责，便向日浦队长提出辞去青年精英队的工作。

某天，从宇宙彼端飞来一只奇怪物体，坠落在SRC研究中心，在这之前，青年精英队探测到了微弱的怪电波，他们开始调查两者的关联性。奇怪物体开始移动，并且对泰克雷霆号发起了攻击。精英队研究设施地下有高纯度能源储藏工厂，奇怪物体将里面的能量被吸收光了。绫乃确定了诱导电波的发信源，武藏前去调查时结果遭到了袭击。

今天是泰克回旋者的试航日，绫乃突然探测到混沌病毒，就在泰克回旋者前面不远处，风吹躲过了病毒的袭击，但武藏却没能幸免。混沌病毒出现在了EYES基地，它要夺取高斯奥特曼的能量。武藏被混沌病毒包围，危难中变身奥特曼，混沌病毒趁机复制了高斯奥特曼的身体，制造出了冒牌奥特战士——混沌奥特曼。

武藏被抓走了，风吹四处搜寻后发现了被混沌病毒包围着的武藏,。尼尔德蓝特突然从从地底出现，包围武藏的混沌球体射出大量的光，混沌奥特曼出现在了尼尔德蓝特前面，将混沌病毒打入怪兽体内后消失了，绫乃追踪混沌奥特曼，发现他朝着镝矢岛的怪兽保护区移动，他想让被收容在镝矢岛的怪兽们混沌化。高斯与泰克回旋者2号并肩作战，释放出勇气的证明——日蚀之刃！

SRC探查卫星探测到不明物体，青年精英队员紧急赶赴现场调查。小霞拍到了外星人之间厮杀的照片，外星人临死前把小霞的手抓破了。小霞出现异常反应，经过河野医生的检查，发现宇宙人在小霞体内种植了种子，不过人类是受不了这种突然异变的。小霞从昏迷中醒来，告诉风吹一旦机器人被打倒，赛德巴克特就会自动启动，小霞不想让城市被破坏，请求风吹带自己离开城市。

位于宇宙开发中心的武藏打来电话，日浦队长与他通话时突然受到干扰，虽然通信障碍很快就恢复了，但和大气层外的通信状态依然断绝。彗星所释放的特殊基本粒子是故障的原因，这颗不可思议的彗星引发了一个小奇迹，堀村收到了菩提瓦尔的索尔发来的电波，索尔告诉堀村，他的爸爸被德鲁戈郎打死了。德鲁戈郎本是温顺的怪兽，被什么附身后变得很凶暴，并朝着某个星球飞去。

武藏、风吹巡逻时遭遇怪兽，随后怪兽突然暴毙，河野医生验尸后发现怪兽是因为拒绝反应而引发的猝死。怪兽体内被安装了无数的装置，使它变成了机器人。武藏梦到一名自称是诺瓦尔星人的神秘黑衣男子，他表示自己想跟武藏谈谈，于是约武藏去K区的工业区。武藏来到约定的地点，看到一群唱着歌的孩子，而黑衣人也出现在了这里。

泽口研究的量子次元移送系统成功了，却意外将吉吉人移送到了研究室。日浦队长发现很久没有泽口的消息，让武藏顺道去探访下，结果武藏遭遇到了吉吉人的攻击。日浦队长跟忍也来了，三人进入屋子后看到了泽口，但日浦发现她手上的戒指并不是以前的那个了。吉吉人制定了新的侵略计划，当高斯奥特曼陷入穷途末路的危机之际，强力帮手巴贡登场了。

广大的家在幻想游乐园里，这让小朋友们很羡慕，但幻想游乐园即将闭园，这里流传着的木格拉的传说，绫乃突然想起小时候曾遇到的怪异事件，她担心要是游乐园闭园木格拉将何去何从。青年精英队去宇宙空间调查虫洞，却发现虫洞的波形和质量跟混沌病毒来临时完全不同。广大一家在吃饭时感到剧烈摇晃，出门查看发现了天空中的异常。

吉井在雾隐村附近的遗迹做调查，突然出现了外星人，土井垣听后冲了出去，随后在日浦队长的授意下，其余人也都前去支援。外星人是奇里亚星人，跟高斯一样热爱地球，他跟村民们和平相处，此次暴走是因为吸收了对人类有害的花粉，他告诉高斯，自己吸收花粉已经到了极限，为了村民的安全，再次暴走时让高斯杀掉自己。

三年前在最终测试中，风吹遇到意外，美崎爱前去支援后遇险至今下落不明。今天EYES基地进行简单的测试，风吹驾驶机体升空，又遭遇到了积云，危难之际一名女子出现在云中，指点方向使他安全降落。落地后吹风四处搜寻，发现了三年前消失的美崎爱，爱告诉风吹自己会在约定好的地方等他。

防卫军的电波望远镜捕捉到了疑似乌罗加发出的宇宙电波，预告了今晚半夜12点将会出现的地点，特务将此事告诉了武藏，他认为乌罗加发出预告的用意是想让他们转告给高斯奥特曼。防卫军请求青年精英队出动，一起协同作战。乌罗加如约而至，防卫军损失惨重，而忍也受伤，武藏野重伤昏迷不醒。

接到怪兽出现的消息，青年精英队急忙赶赴现场。怪兽身中麻醉弹后倒地，但根据怪兽扫描的数据，怪兽的意志竟然是清醒的，之所以会倒下，是因为怪兽的寿命所剩不多了。日浦队长下令保持警戒状态，但不攻击，也不捕获怪兽，目的是为了不令怪兽更加痛苦。土井垣监测到怪兽生命反应消失后，却又突然发现生命反应没有消失，反而更强了。

青年精英队接到警察电话，他们抓住了走私怪兽的人，得到一只未知生物，让他们去查看。武藏、风吹将未知生物带回，土井垣经过扫描，确定这是怪兽巴德塔。另外的一只被走私怪兽的其中一人携带潜逃，青年精英队展开了搜索。从宠物店老板的口中，武藏、风吹找到了山井，但他已经给巴德塔注射了HKP，巴德塔加速成长，变成了巨大的怪兽。

陨石从天而降，经过探测发现这是一个名为马萨尔加斯的生命体，它体内有着能够对抗混沌病毒的特殊酵素——混沌嵌合体。为了完成捕获作战，青年精英队请求防卫军不要伤害怪兽。怪兽在混沌病毒的引诱下一步步逼近防卫军的弹药库，青年精英队虽奋力作战但仍阻止不了，西条下令发射特比地斯909，破坏了怪兽体内的混沌嵌合体，怪兽被混沌病毒附身了。

宇宙怪兽扎格尔出现在地球，青年精英队紧急出动，疏散人群时在房顶发现了女孩的身影，武藏奉命去救助，不料竟被女孩攻击，并夺走了勇气之棒。为了夺回勇气之棒，武藏到处找寻女孩，在他耐心的劝说下，女孩打开心扉，原来她跟扎格尔在返回母星的途中遭遇意外，只能暂时居住在地球。

怪阿拉多斯跨越时空来到了现代，它有着可以让时间停顿的特殊能力。经过检测发现阿拉多斯身体很虚弱，虽然青年精英队对它进行了详细检查和治疗，但由于适应不了现代的地球环境，生命垂为。这时诺瓦尔星人让精英队将阿拉多斯交给他们，并保证可以医治好它，精英队不假思索的拒绝了，但诺瓦尔星人却派出了经过强化的拉古斯东，抢夺阿拉多斯。

朋友岛是镝矢群岛最远的岛屿，怪兽塔布里斯居住在那里，一直等待着对它来说很重要的一个人。青年精英队接到塔布里斯出现在梦川町的消息，赶赴现场后发现那是塔布里斯制造出来的分身。青年精英队将佳奈的复制品传送到朋友岛，这一举动使塔布里斯暴怒，在梦川町的分身也能实际接触到周围事物，但对高斯而言，塔布里斯却只是个幻影。

武藏接到新的任务，去镝矢群岛寻找人类与怪兽的共存之道。光球入侵镝矢群岛却没有被探测出来，发现利多利阿斯出现异常，武藏与池山赶到现场后发现了光球，光球朝着米宁的居住区快速移动。从光球中出现一名少女，她将米宁及武藏吸入光球后消失了。少女使米宁巨大化变成了生物兵器加莫兰，人类所面临的终极考验开始了。

年轻人来到一座恬静的村子露营，打伤了年迈的村民，河童从水中一跃而出，袭击了年轻人。青年精英队得到消息后迅速赶赴现场，但村民、警察对河童之事避而不谈。青年精英队看无法打探到消息，便驾车离开。村民确认他们离开后，跟河童一起野餐，不料青年精英队又回来了，村民请求精英队对河童网开一面，突然敬造先生犯病，武藏急忙驾车将他送往医院，途中却发现河童也一路追随他们而来。

名为晓的少年，偶遇了苫野老人，他从老人那得知了格拉尔凡。老人告诉晓，如果格拉尔凡喜欢自己的音乐，就会通过画中的门出现在他面前。格拉尔凡可以将人们心中陈旧的重要回忆，原封不动地重现在眼前。如果格拉尔凡来临，整个城市就会进入冬天，就在三天后，他们的城市果然进入了冬季。

根据防卫军所说，3架飞行中的充电器战斗机被一头有翅膀的怪兽袭击，要求青年精英队帮忙对付怪兽。青年精英队进行诱捕飞行，风吹击中了吉里巴尼斯。吉里巴尼斯一族来到地球时会以美崎爱的模样出现，武藏等抓住了女外星人，想从她那得知某些信息。夜间男外星人闯入医疗基地，将女外星人救走了。武藏、忍巡逻时发现了站在天桥上的女外星人，忍独身追去，不料被抓了起来。

混沌病毒没有袭来，也没出现凶恶的怪兽，地球已经很久没有过这样平和而安稳的日子了。一阵剧烈的晃动后，绫乃监测到异常强的能量波正向地球袭来，镝矢群岛的怪兽也出现异常。混沌奥特曼出现了！大肆破坏城市，青年精英队紧急出动，赌上性命，雄性的战斗序曲在此刻拉开帷幕。

混沌奥特曼吸收了迷之能量，以强化型再度出现，高斯奥特曼虽坚持战斗但依旧不敌强化型混沌奥特曼，受伤倒地。意识渐行渐远，高斯告诉武藏，他所剩的时间不多，在地球上战斗所消耗的力量已经接近极限了，但即便身体化为宇宙星屑，也会战斗到最后一刻。相互重叠着的灵魂、悲痛以及回忆点燃了队员们的斗志。

虽说混沌破坏酵素的合成成功了，但却不能繁殖，要消灭P87点的混沌病毒，必须拥有强而有力的自我繁殖能力。防卫军请求青年精英队将苏阿古矿石运送到防卫军基地，以便完成防卫军自行开发的对抗混沌病毒的兵器。日浦、武藏、风吹负责运送苏阿古矿石，发现防卫军隐藏的对抗混沌病毒的兵器，竟然是海兹王！

人类的希望混沌破坏酵素终于完成，最终决战迫在眉睫。武藏向日浦申请去了镝矢群岛，由于受到混沌病毒的影响，改变了小岛的环境生态系统，甚至于地球也变质了，人类似乎可以听得见地球的悲鸣声。混沌破坏导弹完成了，青年精英队决定发射奥特信号，将混沌奥特曼引诱出来，不料此举却唤醒了沉睡在地底的怪兽多鲁巴。

在调查外太阳系的宇宙船华尔兹号返回地球的数日后，宇航员水野造访了EYES基地，他带来了在P87点附近的小行星上发现的水晶体，而这水晶体，是记录文字的媒介，或许，其中存在着关于混沌病毒的情报。攻击P87点的作战开始了，怪兽艾力加尔再次出现，并且混沌化，日浦下令让队员去保护艾力加尔，自己则一力承担作战任务。

与防卫军合作的，宇宙坐标P87点的混沌病毒歼灭战开始了，但混沌病毒不断出来干扰，以至于EYES基地也被它封锁了。武藏变身高斯，向包围EYES基地的混度病毒下了挑战书，高斯与混沌强化型奥特曼降落在了月球上，展开了激烈的战斗。吉井解读出来了水晶体上的文字，原来混沌病毒是为了统一纷乱的世界秩序而被制造出来的人工生命体。

高斯终于到了极限，消失了，青年精英队到处都检测不到混沌病毒，难道真的彻底打败混沌病毒了吗？混沌黑暗飞落大地，青年精英队迅速出击，镝矢群岛消失的怪兽也出现在市区。混沌黑暗对怪兽的呼唤声有反应，发现这一点的武藏驾车赶赴现场，他不顾自身安危试图与混沌黑暗交流，感受到他的勇气，高斯奥特曼再度现身！