Un día, de camino a la escuela, Tomoya Okazaki se encuentra con una extraña chica que habla sola llamada Nagisa Furukawa ...

Nagisa admite querer reiniciar el club de teatro y Tomoya ayuda a Nagisa a crear carteles publicitarios que colocan en la escuela. Ese día en la escuela, Tomoya conoce a otras dos chicas .....

Después de los eventos de la noche anterior, Tomoya va a ver si Nagisa está bien y descubre que ha sido físicamente débil toda su vida. Mientras regresaba de la panadería ...

Tomoya se encuentra nuevamente con Fuko en la escuela y ella trata de invitarlo a la próxima ceremonia de matrimonio de su hermana mayor, pero Tomoya no está interesada...

Para ayudar a Fuko, Tomoya y Nagisa la llevan a quedarse en la casa de Nagisa por el momento. La familia de Nagisa ayuda a tallar más estrellas de mar en madera ....

Tomoya y Nagisa invitan a la hermana mayor de Fuko, Kouko, al Festival del Fundador. Mientras tanto, Fuko reparte más estrellas de mar talladas a los estudiantes en el festival...

Tomoya y Nagisa convencen a Kouko de que Fuko desearía que ella se casara a pesar de la condición de Fuko. Hablan con la administración de la escuela después de descubrir que a Kouko le gustaría casarse en los terrenos de la escuela...

Más personas de la escuela ya no pueden ver a Fuko y ahora incluso aquellos cercanos a Fuko en el pasado están comenzando a olvidarse de ella....

Tomoya, Nagisa y Fuko pasan la noche en la escuela con una celebración previa a la boda de Youko. Por la mañana, Tomoya y Nagisa se han olvidado de Fuko y no pueden verla. Tanto Tomoya como Nagisa luego sienten que hay algo importante que están olvidando ....

Como no se han unido nuevos miembros al club de teatro, Tomoya va a hablar con Kotomi una vez más sobre unirse. Tomoya la lleva por la escuela y la ayuda a presentarse a la gente para hacer más amigos.....

Kotomi todavía intenta tocar el violín, pero no ha mejorado en absoluto; en resumen, su forma de tocar es dolorosa para cualquiera que la escuche.....

Kotomi le devuelve el violín a Rie Nishina y se hace amiga de ella. Kotomi cambia su rutina habitual y comienza a asistir a sus clases. Debido a la idea de Kyou, ella, Ryou, Kotomi, Nagisa y Tomoya salen juntos en grupo y se divierten en la ciudad ...

Tomoya se da cuenta de que conoció a Kotomi cuando era niño, aunque solo ella lo recordaba. En ese entonces, Tomoya había visitado a menudo a Kotomi y era su única amiga ....

Kotomi finalmente sale de la casa y descubre que Tomoya trabajó en el jardín toda la noche y se había quedado dormido. Cuando regresa a la escuela, Tomoya, Kyou, Ryou y Nagisa la están esperando.....

Para ayudar a Nagisa a reformar el club de teatro, sus amigos ofrecen sus nombres para conseguir suficientes miembros para calificar, pero aún necesitan un maestro que los aconseje con el club, lo que los lleva a preguntarle a Toshio Koumura ....

Cuando aparece Mei, limpia la habitación sucia de su hermano, pero no puede quedarse en el dormitorio de hombres de Youhei, por lo que Nagisa se ofrece a quedarse en su casa mientras está en la ciudad.......

Después de ver el partido de baloncesto, el club del coro decide compartir Koumura con el club de teatro, pero el consejo estudiantil no lo permite. Nagisa colapsa en la escuela y no puede venir a la escuela por unos días .....

Durante el tiempo que Tomoya está suspendido de la escuela, Tomoyo continúa viniendo a su casa, lo despierta y le prepara el desayuno, aunque cuando ella intenta preguntarle sobre la relación con su padre, él no le responde .....

El club de teatro finalmente se restablece y Koumura se comparte con el club de coro. El maestro del salón de clases de Tomoya va a la casa de Tomoya para preguntarle a su padre sobre su futuro ......

Después de escuchar a Nagisa hablar sobre la historia de la obra que quiere realizar, Tomoya intenta preguntarle a los padres de Nagisa al respecto, pero no conocen ninguna historia como esa .....

Nagisa y sus amigos continúan practicando para la obra, como recitar trabalenguas, elegir qué música usar para la obra, iluminación y dirección escénica ....

Después de que Nagisa se entera del pasado secreto de sus padres, no puede dejar de pensar en cómo arruinó sus sueños y se vuelve emocional y deprimida ....

Las vacaciones de verano terminaron y el segundo semestre comenzó en la escuela de Tomoya. El padre de Nagisa, Akio, le pide a Tomoya que forme un equipo de béisbol para un partido local contra el equipo del distrito comercial vecino ...

Mei se ha preocupado por su hermano mayor, ya que todavía no tiene un plan para después de la escuela secundaria, y por el momento viene a quedarse con Nagisa. Basado en un comentario fugaz de Youhei .....

Yohei y Sanae tienen una cita, acompañados por Mei, Tomoya y Nagisa. Durante la cita, el grupo ve a una niña siendo acosada por algunos niños un poco mayores. La escena se resuelve cuando el hermano mayor de la niña se apresura a ayudar a su hermana .....

Youhei no ha estado viniendo a clase últimamente y sus amigos y Mei están preocupados por su situación. Mei, Tomoya y Nagisa visitan el club de fútbol e intentan convencerlos de que permitan que Youhei se reincorpore ....

Tomoya y sus amigos están a punto de graduarse y están discutiendo qué harán después de graduarse. Kyou desea ser maestro de jardín de infantes, Ryou espera ir a una escuela de enfermería, .....

Poco después de su graduación, Tomoya decide ser más independiente y trabaja para lograr este objetivo al comenzar a trabajar en la panadería. Mientras tanto, Nagisa ha comenzado su nuevo año escolar .....

Tomoya intenta convencer a Akio de que hable con él sobre su decisión de casarse con Nagisa. Akio, sin embargo, solo hablará con él si puede conseguir un golpe decente con un partido de béisbol ....

Llega el invierno y Nagisa entra en los últimos meses de su embarazo, pero vuelve a enfermarse. En un día de nieve, Nagisa se pone de parto dos semanas antes y su familia, incapaz de transportarla a tiempo a un hospital, se ve obligada a que dé a luz en casa .....

Unaired 23rd canon episode of Clannad After Story. One year before the events of the beginning of the story, Tomoya is beginning his second year, and Nagisa her first time as a third-year student. Nagisa is having trouble making friends as usual, while Tomoya and Youhei are busy being delinquents and carrying out pranks at Kyou's, and inadvertently Nagisa's, expense. After Nagisa is knocked out by a falling metal pan that Tomoya and Youhei had set up as a prank for first-year students, a classmate of Nagisa's finally finds the chance to talk with her and they become friends. Nagisa keeps the banner from the prank (with a message to instill confidence written by Tomoya), because she feels it attributed her to making a new friend.

Tomoya tells Ushio of the past events that happened from when he first met Nagisa, until after Ushio is born and Nagisa survives. When Ushio falls asleep during the story, he begins to quite clearly recall a more tragic set of circumstances. At the end of this retelling, Tomoya, with Ushio and Fuko who are both asleep, are shown under a tree at the present time having a picnic. Ushio wakes up, just before Nagisa calls the three of them, saying that it is time to head home.

In an alternate timeline, Ryou confesses her love to Tomoya and they both begin dating. However, Tomoya soon notices that Kyou has been acting strange, and confronts her. Kyou admits that she is also in love with him, but never confessed because she was too scared to risk being rejected or hurting Ryou's feelings. This creates an uneasy love triangle among Tomoya, Kyou, and Ryou, leading Tomoya to finally admit that he loves Kyou. Ryou, already knowing that Tomoya loves Kyou more, encourages Kyou to work up the courage to confess. Ryou breaks up with Tomoya with no hard feelings, wanting to cherish both the good and painful memories they had together. Tomoya and Kyou then officially become a couple.