Alla vigilia del suo sedicesimo compleanno Aya Mikage, mentre rincorre uno scippatore, cade da un attraversamento pedonale sopraelevato. La ragazza non precipita al suolo, ma giunge sulla strada sottostante fluttuando; un misterioso ragazzo la salva da un'autovettura che stava per investirla. Il giorno seguente Aya e il gemello Aki festeggiano il loro compleanno a casa del nonno; qui si accorgono che tutta la famiglia è riunita per quella che sembra essere una cerimonia solenne. Aya vede entrare nel salone dove tutti sono riuniti il ragazzo che l'ha salvata il giorno prima, con un pacchetto per lei: il suo regalo da parte del nonno. Il pacco contiene una mano mummificata; appena viene aperto la mano si dissolve, un potere magico si sprigiona da Aya e Aki subisce numerose ferite. Aya è sconvolta e chiede l'aiuto dei parenti; il nonno le dice di non preoccuparsi e che Aki si salverà, ma lei dovrà morire perché è un pericolo per la famiglia Mikage.

Suzumi, racconta ad Aya la leggenda della Dea, spiegando che sulla Terra esistono ancora delle discendenti della Dea celeste. Suzumi ha poteri di telecinesi, perché in lei i tratti della Tennyo sono labili, Aya, invece, è una discendente diretta e la forza del suo potere è maggiore. Aya è in pericolo, la famiglia Mikage — che ha avuto molte discendenti della Dea — ha sempre ucciso le ragazze che mostravano la discendenza divina. La famiglia Mikage ingaggia Toya per proteggere Aki, lasciando Aya incolume: Suzumi ordina a Yuhi di proteggere Aya; la ragazza intanto si dirige all'ospedale dove è ricoverato Aki per visitarlo, dove l'aspetta una trappola. Nella stanza di Aki ,Aya trova la madre che, dopo averla accusata di aver ucciso il padre, la ferisce con un coltello. Il potere della Dea prende il sopravvento su Aya: Toya e Yuhi, giunti all'ospedale, vedono che Aya sta fluttuando nell'aria e ha assunto l'aspetto di un'altra donna.La donna dice di essere la Dea, e che il suo nome è Ceres.

Toya, dopo aver salvato Aki, lo accompagna a casa Aogiri perché possa stare con Aya. I fratelli, dopo essersi ritrovati, dormono nella stessa camera; durante la notte Aya si trasforma in Ceres, la Dea tenta di uccidere Aki. Mentre Toya mette in salvo Aki, Yuhi riesce a placare Ceres baciandola come aveva già fatto in ospedale; Aya, una volta tornata in sé, parte alla ricerca di Toya per avere informazioni sul fratello. Quando lo incontra Toya, vedendola in stato confusionale, la porta nel suo appartamento perché possa farsi una doccia e tranquillizzarsi. Il ragazzo confida ad Aya che ha perso la memoria: l'unica cosa che ricorda è il nome e che Kagami, dopo avergli messo a disposizione l'appartamento dove si trovano, gli ha promesso di aiutarlo a recuperare la memoria. Aya, dopo aver visto che Aki ha consegnato a Toya quello che doveva essere il suo regalo di compleanno, scoppia a piangere; Toya abbraccia la ragazza dicendole che, se vuole, può scacciarlo.

Il progetto della famiglia Mikage è quello di riunire tutte le discendenti delle Tennyo — del Giappone; Aki è una delle guide elette — il discendente dell'uomo che rubò l'hagaromo — e il suo matrimonio con una delle C-Genomer darà prestigio e ricchezza alla famiglia. Aya inizia il primo giorno di scuola in un nuovo istituto. Mentre Yuki è in infermeria Aya e Yuhi scoprono che Toya lavora come medico in quella scuola. Mentre Aya parla con Toya, un'infermiera che assisteva Yuki viene avvolta dalle fiamme e muore carbonizzata. Aya scopre che Yuki ha una relazione con il professor Ayama; l'indomani Yuki chiede ad Aya di mantenere il segreto su quanto ha visto. Dopo le lezioni Yuki si incontra con Ayama; il professore le dice che Aya ha reso pubblica la loro relazione e vuole lasciarla. Le parole di Ayama sono false, ma Yuki, una C-Genomer, diventa furibonda: il suo potere incendiario si scatena, distruggendo buona parte della scuola.

Toya, dopo aver consegnato ad Aya la lettera di Aki, vorrebbe tornare dai Mikage per portare il ragazzo con se; le sue condizioni sono gravi, e solo l'insistenza di Yuhi lo convince ad andare dagli Aogiri per riprendersi. Aya, dopo aver fatto un bagno, vede che la sua immagine nello specchio è sostituita da quella di Ceres: la Tennyo dice di odiare esclusivamente l'uomo che rubò il suo hagaromo, non tutta la famiglia Mikage. Aya, temendo per la vita di Aki, propone a Ceres di portarle la sua veste sacra lasciando incolume il fratello; Ceres accetta, ma le dice che il destino di Aki dipenderà solo da lui. Aki è sempre dai Mikage, ma non è più intenzionato a collaborare al C-Project; Kagami porta il ragazzo dal nonno. Il capofamiglia dei Mikage — malato gravemente — nomina Aki come suo successore e conduce il ragazzo nei sotterranei della villa.

Toya, ancora debilitato, lascia casa Aogiri. Aya è preoccupata e inizia a cercarlo per la città insieme a Yuhi e Chidori, ma non sa che Suzumi ha un accordo con lui: Toya è stato assunto alle loro dipendenze per proteggerla, ma ha chiesto di non essere obbligato a rimanere sempre con Aya. Dopo una disperata ricerca Aya incontra Toya in un parco pubblico; l'uomo le spiega la situazione e, dopo averle detto che farà di tutto per proteggerla, la bacia appassionatamente sul collo lasciandole un succhiotto. Nello stesso momento Aki sente la presenza di Aya e obbliga Kagami — che lo accompagnava al laboratorio dei Mikage — a dirigersi verso il parco. Quando Aya lo vede corre ad abbracciarlo; Aki — che è posseduto dallo spirito del capostipite dei Mikage — vede in lei Ceres e la bacia appassionatamente.

Aya, Yuhi e Kyu si trasferiscono a Miho; con loro c'è anche Toya, che continua ad avere ricordi confusi su quei luoghi. Aya fa amicizia con Miori Sahara, una compagna della nuova scuola che frequenta che le somiglia molto fisicamente; Miori le confida che da un anno ha perso le tracce del fidanzato — che conosce dall'infanzia e che l'amava molto. Aya si incontra con Toya sulla spiaggia; mentre i due sono insieme Toya si sente a disagio e cerca di andarsene. Appena Toya arriva sul ciglio della strada incontra Miori: la vista della ragazza gli procura un forte turbamento e non si accorge di un'auto che sopraggiunge. Toya viene investito, le sue condizioni non sono gravi ma non riconosce più Aya; una volta a casa di Toya, Miori spiega ad Aya che lui è il fidanzato di cui aveva perso le tracce.

Molte delle C-Genomer al laboratorio dei Mikage sono in condizioni di salute critiche, diverse di loro sono già morte; Kagami subisce la pressione dei membri del Ragnarǫk[4] — un gruppo di ricercatori che sostiene il C-Project — che minaccia di revocare i finanziamenti concessi. Intanto Suzumi contatta Shuro Tsukasa, un cantante che sta per tenere un concerto al Tokyo Dome. Suzumi ha scoperto che Shuro, nonostante l'aspetto da uomo, è in realtà una discendente della Tennyo di Okinawa. Shuro racconta che il cugino Kei — con il quale aveva fondato il gruppo GeSANG — fu ucciso dai Mikage; per questo vuole fare il possibile per salvare le Tennyo. Durante il concerto Shuro, al momento dell'ultimo brano, si trasforma in Juno — la Tennyo che è in lei — e canta con notevole trasporto. Il potere di Juno fa in modo che la forza del suo canto si abbatta sul laboratorio dei Mikage che viene gravemente danneggiato;

Ceres, appena vede Toya, riassume le sembianze di Aya. Toya ha recuperato completamente la memoria e racconta la sua storia; il mana che Mikagi prese a Ceres e gettò in mare, nel corso degli anni, ha catturato i microorganismi presenti nell'acqua e con un processo di evoluzione ha creato un individuo perfetto: lui. Quando Howell gettò il corpo di Toya in mare il mana riuscì a curarlo e a rendergli le funzioni vitali; questo ha permesso a Toya di riemergere per restituire il mana a Ceres. Aya confida a Toya di attendere un figlio da lui, e rifiuta la sua offerta: questo vorrebbe dire che solo lei avrebbe una vita eterna. Al laboratorio le C-Genomer, circondate dalle guardie inviate dal Ragnarǫk, decidono di unire i loro poteri e suicidarsi; il laboratorio viene distrutto da una potentissima esplosione, avvertita anche sulla nave.

Yuhi, grazie alla fascia con il potere delle Tennyo che Suzumi e Chidori hanno preparato per lui, colpisce Mikagi che si allontana da Aya; Toya salva la ragazza e il figlio che attende donandole il mana che gli ha dato la vita. Aya si fonde con il mana e, immediatamente, assume le sembianze di una Ceres dotata di un potere molto superiore rispetto a quello già mostrato. Mikagi si ripresenta davanti a Ceres e tenta nuovamente di ucciderla; il capostipite, però, è un umano e su di lui il mana non consente una rigenerazione perfetta: alla lunga è destinato a morire. Mentre Mikagi tenta di avvicinarsi a Ceres, la coscienza di Aki si risveglia: il ragazzo si materializza e inizia a trattenere Mikagi, implorando Aya di uccidere entrambi. Ceres, vincendo le remore della coscienza di Aya, scaglia il suo potere contro Mikagi uccidendolo: a terra rimane solo il corpo inerte di Aki, e Aya — appena riprese le sue sembianze — corre disperata ad abbracciare il fratello.