剑心一行人终於回到东京，在路上遇见胜海舟的弟子大五郎，大五郎是个喜爱好科学的人，当时日本的科学并不发达，於是他每天沈浸在西洋科学的翻译书籍里。这天，大五郎跟老师胜海舟外出遇见歹徒袭击，正巧剑心等人路过出手相救，事後胜海舟假装嫌大五郎没出息保护不了老师，於是叫他跟小薰习剑，学不好剑术就不准他回来。

剑心在探访胜海舟的归途上遇见歹徒埋伏，这名歹徒是「红葵」的人名叫柴田，以为剑心是胜海舟雇来来对付他们的，想把剑心除掉，事後知道剑心只是一个浪人剑客，也就没有再为难他。

明治十一年，东京下町流传「拔刀千人斩」杀手，连续於夜间出没，滥杀无辜，并自称师出神谷活心流，使得神谷道场的代理师父「神谷薰」急得四处搜寻。在误打误撞之下，神谷薰认识了浪人绯村剑心，并在其帮助下找到凶手原是当年被薰父逐出师门的比留间伍卫。「假拔刀斋事件」落幕，薰感激之馀，诚心留下浪人，央求他协助重振神谷道场。

剑心等人赶到两源寺救逸子，不料大五郎却被「红葵」首领柴田一剑刺中，当场倒地，剑心等人一气之下出手制服了所有红葵份子。之後警察居然出现了，说是有人写信去通报，有个年轻女孩被挟持在这里，而且通报信还有两封。剑心马上察觉到一封是胜海舟写的，而且胜老至今尚未前来救女儿，必定身陷险境，立刻赶往胜府一瞧究竟。