Después de quedar campeona en el torneo de kárate Ran, junto con Conan y Sonoko, se encuentran de camino al hotel fantasma, donde conocen a una persona practicante de Jeet Kune Do, que evita que a Sonoko le roben el bolso. Todos se dirigen al hotel y allí ocurre un asesinato. ¡¡La sorpresa de Conan es mayúscula cuando descubre que esa persona es detective! Su nombre es "Sera".

Después de investigar en la escena del crimen, Sera y Conan encuentran una deducción. Sera se adelantará al detective y desvelará el truco escondido en el hotel fantasma… ¿De verdad podrá el intelecto de Sera ganar en deducciones a Shinichi?

¡Heiji y Kazuha han llegado a Tokio para comunicarles algo a Conan y a los demás! Mientras Kazuha se detiene para comprar curry en un restaurante, Heiji llega a la oficina de Kogoro y se encuentra con Sera cara a cara… En ese momento, Kazuha llama a Heiji alarmada porque han asesinado a alguien en ese restaurante, y la policía no la deja irse. Entonces Sera aprovecha para tentar a Heiji y a Shinichi (Conan con el móvil) a competir utilizando ese nuevo caso para saber cuál de los dos es el mejor detective… ¿Quién ganará? ¿Qué quería decirles Heiji a los demás? ¡Comienza la batalla de deducciones!

Continuamos en el mismo día en el que Sera se presentó como una nueva estudiante en el Instituto Teitan, en el mismo grado que Ran y Sonoko. Esta busca a Conan y le pide permiso a Ran para ir a su casa, sin embargo Conan en ese momento no se encuentra allí. Poco después llegan tres novelistas que querían pedirle un favor a Kogoro, y tras ellas un hombre que al final secuestra la Agencia de Detectives Mouri con la condición de que quiere que resuelva un caso relacionado con las tres novelistas de antes. ¿Podrán Ran, Kogoro y Sera resolver el misterio y salir vivos de la oficina? ¿Por qué busca Sera a Conan y dónde se ha metido este?

Isao está más que seguro de que la Rata es una de las tres novelistas, y no piensa detenerse hasta que Shinichi lo resuelva, sin embargo si le desvela la identidad de la culpable, si es que la hay realmente, la matará y luego se suicidará. Por otro lado la policía ha rodeado a la agencia y se prepara para actuar. ¿Podrá Shinichi detener a Isao o tendrá que dejárselo a la policía?

¡Shinichi acaba de delatar a Mitsui como la "Rata" que busca Isao y la ha puesto en peligro de muerte! ¿¡En qué debe de estar pensando Shinichi!?

Sonoko ha sido invitada a la inauguración de una tienda de chocolates llamada "Le Trésor de fruits", en la cual los chocolates son creados por el señor Tsujimoto. A la inauguración le acompañan Conan y Ran. Estas se ilusionan mucho ya que se dice que quién coma estos chocolates, hará posible el amor entre la persona que lo come y su amado. Una vez allí, la señora Mayuko, la cual invitó a Sonoko por todo el apoyo que le dio el grupo financiero Suzuki, les dice que la tienda abrirá mañana las puertas a todo el público, pero eso no podrá ocurrir, ya que cuando el señor Tsujimoto va a presentarles su obra maestra, se produce un extraño incendio con unas extrañas circunstancias.

Después del caso en el restaurante, Heiji y Kazuha les han explicado a los demás la verdadera razón de por qué han venido a Tokyo… Ahora todos se dirigen hacia un caso lleno de misterio.

¿”S”? ¿Qué significará el misterioso mensaje de la escena del crimen? Conan y Heiji tratan de obtener alguna pista para poder averiguarlo, llegando al punto de ponerse en contacto con el inspetor Yamato. Por otro lado, la ama de llaves parece estar preocupada por algo… ¿Conseguirán sacar algo en claro de todo esto? ¿Qué le sucederá a la ama de llaves?

Tras descubrir cuál fue el mensaje póstumo del Presidente, la investigación continúa y nuestros detectives tratarán de hallar de una vez al culpable del asesinato de Ikurou Wakamatsu. Por otro lado, tras hablar con Ran, Kazuha decide tratar de una vez por todas cierto asunto con Heiji.

El asesino siempre deja pistas. Y esta vez no será distinta. Nuestros agudos detectives llegarán a la verdad de este caso lleno de efectos ópticos y Kazuha tendrá la oportunidad de declararse… ¿Cuál será la reacción de Hattori?

La liga juvenil de detectives van a comer curry. Mientras tanto Agasa descubre en el depósito un jarrón y subirá un vídeo a internet para que algún tasador pueda darle un precio adecuado. Pronto se descubrirá que en ese mismo vídeo sale reflajada Haibara en los anteojos de Agasa. El secuestro de Ayumi hace avivar la sombra de la organización de los hombres de negro. ¿Serán ellos los que estén detrás de todo esto? El misterio está acompañado con Sera y Okiya.

Han dejado en libertad a Ayumi, pero los motivos acerca de la desaparición no están por el momento claros. Conan tendrá que descubrir quiénes son los secuestradores, con qué fin han actuado, dónde viven... ¡Todo un reto para Conan!

Regresa Miike Naeko el primer amor de Chiba. Casualmente, los dos son involucrados en un caso de vandalismo de autos en el que trabajan juntos por primera vez como oficiales de policía. La liga juvenil de detectives, harán todo lo posible para unirlos. Sin embargo ¿la envidia de Yumi será un obstáculo para la felicidad de ambos?

El caso de una serie de actos vandálicos a coches continúa en el estacionamiento. Además la relación entre Chiba y Miike va muy lento, y aunque los Niños de detectives le dan una mano a Chiba; Yumi es quien se interpone, ya que está celosa por las historias de amor entre Sato y Takagi, y Shiratori y Kobayashi en la estación de policía. Pero al final Chiba le hará a Miike una pregunta inesperada.

En este caso Conan y Ran se encuentran con un imitador de Kogoro Mouri. A diferencia del primer imitador, éste parece tener buenas intenciones así que Conan y Ran le seguirán el juego en su actuación. Sin embargo, en el edificio ocurre un crimen, por lo tanto los detectives Sato y Takagi llegan a la escena, ¿el Kogoro falso, a pesar de su torpeza, podrá mantener su actuación?

El falso Kogoro se encuentra bajo presión, los tres sospechosos obtienen una foto de Internet que muestra al verdadero Kogoro y se dan cuenta de su fraude. Ahora intentarán llevarlo a una conclusión equivocada para salir libres de culpa, pero lo que no saben es que el verdadero Kogoro Durmiente está en la escena y es Conan.

En la clase de Conan un chico está presumiendo que su padre le ha comprado unos magníficos escarabajos. Genta y Mitsuhiko celosos de esto le piden al doctor que quieren tener un ejemplar de estos y el doctor los lleva a Miyama. En Miyama se encuentran con el mejor amigo del Profesor Agasa y por la noche, cuando los chicos se van a atrapar los escarabajos, se produce un robo y un intento de asesinato contra el amigo de Agasa. Lo más misterioso son las últimas palabras que dice "Miyama... ciervo volante".

De nuevo Coeur, el perrito que apareció en el capítulo 434, descubre un cadáver. La liga juvenil de detectives tendrán que descubrir por medio de un mapa que encuentran quién es el culpable y descubrir cómo lo ha hecho. La única pista que tienen son las colillas y el tabaco de los sospechosos. ¿Lograrán los Shonen Tantei descubrir al asesino?

Un chantajista y dos personas que están siendo chantajeadas por el mismo. Cuando la situación se vuelve insostenible, el chantajista muere en su casa y los únicos dos sospechosos son los chantajeados. El caso se complica cuando se revela que los dos tenían la intención de matar a la víctima, así como mótivo y oportunidad. Este será el primer caso para el oficial Tateno, que será dentro de un mes ascendido. ¿Quién de estos dos es el asesino? ¿Podrá el oficial Tateno con la ayuda de Conan y Kogoro resolver este crimen?

Kogoro ruega por un caso, el aburrimiento se apodera de él. Cuando parecía que la tarde seguiría siendo igual de monótona aparece Chiba con un caso. En esa tarde lluviosa sucede un homicidio, supuestamente en defensa propia de Mio, la chica con la que ese mismo día había contactado con el detective Chiba para que le ayudara ya que estaba siendo acosada. El caso parece claramente un caso de defensa propia, pero Conan ve algunos cabos sueltos. ¿Es en realidad un caso en defensa propia?

Un matrimonio que se casará mañana, cuatro detectives privados en la escena del crimen y un caso de homicidio. Toda esa maraña la tendrá que desenredar Conan ante el desconcierto de un nuevo personaje que aparece, Tooru Amuro.

Todas las pruebas apuntan como asesino a Banba, el prometido de Hatsune. Las pruebas extraídas del cepillo y las de la uña postiza de Hatsune revelan que el ADN de Banba coincide en casi el 100%. ¿Realmente ha matado Banba a Hatsune en la víspera de su boda? Una trágica verdad saldrá a la luz en medio de la oscuridad que las nubes negras de lluvia están escondiendo.

Ran queda con su profesora de karate para hablar sobre los acontecimientos que se producen en una extraña torre del gran jardín de la familia. La profesora anima ni más ni menos que a los Shonen Tantei a acompañarles a buscar el gran tesoro que anhela la familia. Trampas, misterio, cristales y espejos cóncavos y convexos que muestran la sistemática deformación de la realidad. ¿Podrán los chicos conseguir el gran tesoro?

Genta y Mitsuhiko han resbalado y el espejo les ha llevado hasta lo más profundo de la torre de la oscuridad. Ayumi y Conan se deciden a ir a buscarlos y la liga juvenil de detectives se las verán con diferentes trampas y trucos con espejos inimaginables. Entre tanto avanza la investigación con Kogoro al mando, por un lado la búsqueda de la liga juvenil de detectives, por otra saber cómo murió a Momoe. ¿Qué pasará con la torre de la oscuridad?

Kogoro, Ran y Conan viajan a la playa de Ohama para tomar clases de surf, sin embargo, mientras daban un paseo por la playa encuentran el cuerpo de una mujer muerta... ¿Podría Ser un trágico accidente como resultado de la tormenta o se esconde algo más?

En esta ocasión Ran, Sonoko y Conan van a visitar a Zenzou Sanada un aficionado a la cría de los cactus. En medio de la visita la alarma de seguridad del invernadero suena y al llegar al lugar Zenzou-san aparece muerto y todo parece indicar a que su hijo Yasuyuki-san es el culpable, pero Conan no está tan seguro de eso. Sonoko la reina de las deducciones hace nuevamente su aparición, ¿podrá Conan escuchar la voz de los cactus y revelar el misterio detrás de ese asesinato?

Después del caso de los dos gemelos, Kogoro acepta a Tooru Amuro, un detective aficionado, como aprendiz de detective. Unos días más tarde, Conan instala una web a Kogoro para que futuros clientes puedan contactarse con el detective durmiente a través de Internet. El primer mensaje que le llega a Kogoro es el de una petición de búsqueda, junto a Amuro se van a un restaurante donde esperan al cliente. La espera hace que vuelvan a la agencia, donde oyen un tiro, alguien se ha suicidado.

Conan y los demás van al departamento de Kei y allí descubren otro cadáver. Cuando quieren preguntarle a ésta sobre el muerto, descubren que ha huido del departamento junto con Conan. La situación no puede ir a peor y no pueden hacer nada hasta la mañana siguiente. Las noticias llegan pronto a oídos de Sera y Subaru, quienes no dudan en ayudar al pequeño.

Kei Kashitsuka ha secuestrado a Conan y se ha quedado dormido cuando le ha dado somníferos. La situación cambia drásticamente cuando Conan le dice a Kei que sabe que ella es la asesina y que había vertido el zumo porque sospechaba de sus malas intenciones. Misteriosamente, Conan se alía con Kei para descubrir la identidad del tercer ladrón. Paralelamente, Kogoro, Ran y Amuro investigan por su cuenta el caso e intentan rescatar a Conan. Además Ai Haibara y el profesor Agasa rastrearán junto con Subaru Okiya la localización de Conan con las gafas de seguimiento. Esto no es todo, ya que Sera también seguirá el coche de Amuro. ¿Chocarán los tres personajes misteriosos?

Finalmente visitan a las tres mujeres sospechosas de ser la tercera ladrona. Conan ya sabe quién es el tercer culpable, lograrán llegar a un acuerdo mutuo. Mientras tanto, los tres objetivos se acercan a la verdad del caso y la vida de Conan está en peligro. ¿Lograrán salvarle?

Un matrimonio invita a Agasa y a los Shonen Tantei a una barbacoa como muestra de agradecimiento por el arroz que le dieron cuando fueron de excursión. El matrimonio no es precisamente uno ejemplar y delante de ellos discuten muy bruscamente. Al marido se le pierde el móvil y juntos van a buscarlo. Todo va bien hasta que Ayumi se asoma a la ventana y ve a la mujer amenazando de muerte a su marido cuchillo en mano. Cuando Ayumi va a avisar a los demás la escena es totalmente diferente. La mujer yace acuchillada enfrente del marido. ¿Cómo sucedieron verdaderamente los hechos?

El estado de la mujer es crítico, se debate entre la vida y la muerte. Conan busca en la mirada y el rostro del hombre, el estado psicológico del hombre para poder atar a cabos. Deberá descubrir cómo fueron verdaderamente los hechos y lograr un desenlace feliz.

Kogoro, Ran y Conan van a Nagasaki, donde hace el rodaje un drama de detectives con la figura histórica Sakamoto Ryoma. El asesino en el drama todavía no se conoce, ya que el guion aún no se ha terminado de escribir. Sin embargo, piden a Kogoro que descubra quién es el asesino, ya que el autor desapareció del hotel.

Al día siguiente, reciben misteriosamente la continuación del guion. Conan descubre un mensaje oculto en el texto, que al parecer contiene indicios de la repentina desaparición del autor.