Nach sechs Wochen in der Delphic-Ausdehnung erfahren Captain Archer und seine Crew von einem Xindi, der in einer Minenkolonie arbeitet. Sie beschließen, ihn zu finden um Informationen über die mysteriöse antagonistische Spezies der Xindi zu erhalten.

Der Xindi-Rat diskutiert darüber, was mit der Enterprise geschehen soll. Die Humanoiden drängen darauf Geduld zu haben, während die Reptilien und Insektoiden die Waffe vollenden wollen. Unterdessen leidet Archer noch an den Nachwirkungen der Transformation in ein fremdes Wesen. Er führt ein Außenteam auf einen Basar in der Hoffnung einen Wissenschaftler zu finden, der ihnen helfen kann Trellium-D zu synthetisieren.

Der Andorianer Shran ist mit seinem Schiff der Enterprise in die Delphic-Ausdehnung gefolgt und bietet Archer seine Hilfe bei der Bekämpfung der Xindi an. Mit vereinten Kräften gelingt es den beiden Crews die Waffe der Xindi aus dem Testgelände zu stehlen. Jedoch haben die Andorianer eigene Pläne mit der Waffe.

Die Enterprise erreicht Azati Prime und entdeckt dort die fertige Waffe, mit der die Erde angegriffen werden soll. Archer fliegt alleine mit dem Insektoiden-Shuttle, um die Waffe zu zerstören. Inzwischen wird die Enterprise von Xindi-Schiffen angegriffen.

Die Enterprise erholt sich langsam von dem Angriff der Xindi. Inzwischen herrscht unter den Xindi bezüglich des Angriffs auf die Erde keine Einigkeit mehr. Unterdessen findet Hoshi in der Datenbank der Xindi-Fähre eine verschlüsselte Nachricht von Degra die Koordinaten und eine Sternzeit enthalten. Offenbar hat Degra die Absicht sich mit Archer treffen.

Um zum Xindi-Rat zu gelangen muss die Enterprise einen Subraum-Korridor der Xindi durchfliegen. Kurz vor dem Versuch den Subraum-Korridor der Xindi zu passieren trifft die Enterprise auf eine zweite Version der Enterprise, welche über 100 Jahre in die Vergangenheit zurück katapultiert wurde, nachdem sie den Subraum-Korridor versuchte zu passieren.

Captain Archer und Hoshi Sato versuchen den Xindi-Rat davon zu überzeugen, dass die Menschheit keine Bedrohung für ihr Volk darstellt. Mit Hilfe von Jannar und Degra erkennt Archer, dass es nicht nur Worte braucht, um den Rat zu überzeugen. Er versucht zu beweisen, dass die Erbauer der Spähren die Xindi bedrohen und nicht die Erde.

Die Verhandlungen Archers mit dem Rat der Xindi führten zu dessen Spaltung. Während die humanoiden Spezies und die Aquanics von der Zerstörung der Erde absehen wollen, zeigen sich die Insekten und die Reptilien in keinster weise bereit von diesem Plan abzurücken. Desweiteren lassen die "Beschützer" erkennen, dass es ihnen nicht allein um den Schutz der Xindi geht, sondern sie ganz im Gegenteil, ihre eigenen Interessen verfolgen.

Auf Degra's Schiff versuchen Archer, Reed und Hoshi mit Hilfe der neuen Xindi-Verbündeten die Waffe zu stoppen. Archer will das Energiesystem der Waffe überladen. Die Enterprise versucht zeitgleich die Sphären zu deaktivieren und nimmt daher Kurs auf Sphäre 41. Unterdessen werden die Auswirkungen der Veränderungen des Weltraums auf die Crew immer stärker.