长白三禽听闻「武林至尊，宝刀屠龙，号令天下，莫敢不从。」四句传言，千辛万苦从海沙派中偷出屠龙刀，以为从此可独霸武林。谁料一直被海沙派跟踪追杀，以毒盐逼三禽交回宝刀。 三禽不敌之时，武当派弟子俞岱岩与张翠山仗义相救，将其中一禽救出，旋即遇上天鹰教殷野王与常金鹏袭击，一轮混战下三禽被害。屠龙刀辗转落在岱、山手上，惟将宝刀交予师父张三处理。 岱岩上路途中，发现一队元兵在拉壮丁，令其亲人悲痛欲绝，路见不平将蒙古兵一网打尽，并以屠龙刀替汉人砍断铁链，发现其刀削铁如泥，禁不住感讶异。 岱岩不虞有诈，被殷野王引至海中央后，以「蚊鬓针」所伤，逼他交出屠龙刀，终不敌被弃船上。殷素素顿起怜心，乘岱岩伤重未发前，令龙门镖局都大锦将他押送回武当山，并沿途暗中保护。 张三丰九十大寿当日，武当六侠齐集到贺，惟岱岩仍未见影踪。翠山心知不妙，下山寻找其下落时，从都大鹏口中发现岱岩落在海沙派手中，令他更表焦虑。

当翠山找到岱岩时，发现他已奄奄一息，立将他抱回武当山向师父求助。后经三丰诊断后，怀疑岱岩被人以少林派上乘武功「大力金刚指」震断全身经脉，遂勾起他连幕记忆。 原来三丰自幼被送入少林寺内，助觉远大师看守经书。一日，郭襄童心未泯，在少林寺内大摇大摆乱撞乱碰，无意中与三丰结识，二人一见如故。后首座无色禅师认出她为郭靖与黄蓉爱女，立对她热烈款待。 「昆仑三圣」何足道藉词透露被偷「楞枷位」下落，在寺中故意捣乱。三丰一时冲动，以日常在藏经阁晒经书时，无意中吸收的「罗汉拳」运用出来，众人露出难以置信神色。 天鸣禅师误以为三丰私自偷学少林派武功，要将他手脚筋挑断。郭襄义忿填胸，千辛万苦与觉远、丰离寺，觉远亦因虚脱圆寂，而三丰从此只身走入派山潜心修炼，继而创立武当派。

翠山目睹三师兄伤重昏迷，内心心如刀割，下山寻找凶手。途中遇上汉民因水灾闹至民不聊生，而都大锦等则在 饮饱食醉，遂要镖局中人将全部酬金献出救济灾民。都大锦心深不忿，派人往少林求助。

张翠山明查暗访凶手下落不果，重临镖局时，发现被人冒充身分，将龙门镖局一夜之间灭门。少林派圆音、圆业赶至时，一口咬定翠山为凶手，令他一世英明一朝丧。 翠山满腹疑团之时，偶然间结识了殷素素，从而揭发她自岱岩被劫走后，欲施计将他抢回，不慎被人施少林派「梅花镖」所伤，一怒之下杀镖局中人赎罪，并暗向少林派报仇。 翠山感素素虽处事过于心狠手辣，但内里却富正义感，不惜舍命救出岱岩，遂以内力替她迫出剧毒。终发现她为天鹰教中人，大感诧异之余，二人却已产生感情。 少林派圆音、圆业以为翠山枉杀其弟子，亲到武当山找晦气，并诬告武当派包庇罪犯。殷梨亭等以岱岩被少林派所伤，误会其恶人先告状，更火上加油。终得张三丰平息纠纷，保证秉公办理。 素素等应邀参加「王盘山扬刀大会」，翠山亦乘机跟随，欲在会中查出真凶。怎料到大会开始时，各派纷纷为争取屠龙刀尔虞我诈，令场面混乱不堪。

当各门派欲施展看家本领争夺屠龙刀时，金毛狮王突然出现，力指海沙派与巨鲸帮等恶行后，不分青红皂白滥杀一番。翠山理直气壮直斥其非，金毛狮王以「狮子吼」令各派中人失忆，并将山、素带走，以防其向外泄露屠龙刀去向，只有天鹰派之白龟寿幸免于难。 昆仑派何太冲赶至现场时，发现各派弟子痴痴呆呆，对宝刀去向一无所知，大感疑惑。后发现翠山留下惯用兵器，以为是他持刀远走高飞，连往武当山问罪，令武当弟子对翠山安危更表焦虑。 金毛狮王声言要离开中原这是非之地，远赴荒岛清静地钻研屠龙刀秘密。原来金毛狮王年前因过于信任别人，被一最敬爱的人害至家破人亡，故欲求助于屠龙刀，以报此血海深仇。但声言当找到刀中奥秘后，会将素、山置诸死地，令二人大为担心。 何太冲等对寻回宝刀束手无策，从蛛丝马迹发现宝刀被金毛狮王夺去，欲四处追寻白龟寿以图查出下落，边与崆峒派等争相追寻。

翠山等人之船被狂风暴雨打沉，在海中漂流。金毛狮王狂性大发，素素乘机以毒针刺瞎其双眼，与翠山逃出其魔掌。 怎料山、素无意中重遇金毛狮王，发现其伤重垂危，不理后果挽回其性命。金毛狮王见二人恩怨分明，大为感动，决将以往恩仇一笔勾销。 各派等人遍寻白龟寿不获，遂联合少林派逼天鹰教。原来白龟寿冒死向天鹰教教主殷天正回报「扬刀大会」情况，殷天正见势成骑虎，着白龟寿在众人面前装死，以示清白，并声言爱女素素亦音讯全无，令众人哑口无言。 山、素患难中互相扶持，渐生情愫，本应及早共谐连理，可是翠山固执成性，认为无师父之命而苟合，有损礼教，令素素大感气结，后经金毛狮王从中撮合，二人有情人终成眷属。

金毛狮王眼见山、素夫妻恩爱，乐也融融，一时有所感触，狂性大发。当素素产下儿子时，金毛狮王恐自己失去理智，而令小生命无辜受害，遂强抑情绪，故意逃避与翠山夫妇见面。 原来当年金毛狮王为其子无忌摆满月酒当晚，其师父成昆亦为座上客。当二人喝至酩酊大醉时，成昆乘几分酒意将金妻污辱后，屠杀金家灭口而去。 金毛狮王大受刺激之余，不惜到处假冒成昆滥杀无辜，以图迫武林中人找出成昆下落，不果。后成昆欲藉少林空见大师借刀杀人歼灭金毛狮王，空见被狮王施计所伤，临终知自己一直被成昆利用，劝金毛狮王勿只顾报复而杀生，应从屠龙刀中得到其真理后向成昆较量。 山、素对金毛狮王遭遇大表同情，顿消除对他的结蒂，决三人结义金兰，并将其子改名为无忌，希望藉此继承金毛狮王之卓绝武艺。 殷梨亭与峨嵋派纪晓芙相思多时，宋远桥遂往向灭绝师太提亲。怎料灭绝要晓芙在成亲前，与师姐敏君追寻屠龙刀下落，晓芙不敢违命。

晓芙上路途中与敏君失散，无意中遇上杨逍，被他苦苦痴缠。后晓芙与元兵对抗受伤，被杨逍所救，迫于在杨家养伤，二人意乱情迷下发生关系，杨逍立允与晓芙成亲，令她内心矛盾不堪。 正当晓芙立下决定跟随杨逍时，发现他为魔教左使，顿晴天霹雳，认为正邪不两立，暗中离开杨逍。但当她返回峨媚山后，虽轻易瞒过灭绝师太，却遭敏君冷嘲热讽，令她难受非常。 杨逍见明教自教主失踪后，众弟子各自为政，对教务一概不理，遂联络各人商量再选教主一事，但四大护法不甘受制于杨逍，坚拒参与选举。杨逍恼羞成怒下与众大打出手，不敌，众投白眼而去。 远桥为梨亭送聘礼上峨嵋山时，晓芙发现自己已怀杨逍骨肉，藉词其母患急病，故意将婚事诸多推搪，下山藏身产下一女，取名杨不悔，交托五婶代为照顾。

岁月如流，转瞬间已过了八、九年。无忌一直接受双亲与义父的教诲，渐培育其正义与善恶分明的性格。素、山大表安慰之余，感到返回中原之日越来越渺茫，对无忌前途大表忧虑。 这几年来，武当弟子见翠山生死未卜，不断轮流寻找其下落，而晓芙将梨亭婚事一再拖延，令他感情上受尽折磨。 其实晓芙多年来藉词下山探母病，暗与爱女团聚，毕竟内心大受创伤。另一方面，梨亭感到婚事已无可再拖，要求灭绝师太确定婚期。晓芙心存内疚，立退回梨亭所赠定情信物，令他悲痛不已。 翠山为求返回中原，不惜自制一木筏。金毛狮王则欲长居岛上练武，以死相迫张家三口离开，四人顿感依依不舍。 翠山一家经历数十日艰苦漂流后，体力不支晕倒海上，幸被渔民救起，三人重获新生。当无忌生活在渔民群中，一切生活习惯与前不同，令他大感新鲜。

殷野王因偏爱二娘美色而冷落了殷夫人，令殷离母女饱受欺凌。殷离内心不忿，终沉不住气以匕首刺死二娘，殷野王一怒之下命人追杀殷离，慌乱中被金花婆婆救走。 各派中人一直以为天鹰派对「扬刀大会」之事有所隐瞒，合力跟踪其弟子，迫其说出金毛狮王的下落。刚巧翠山三人赶至，欲挺身澄清当年误会，并讹称金毛狮王已被其夫妇二人杀死。 各派大表称奇之时，无忌不甘义父无故被称死去，大声疾呼直斥其非。各派获悉真相后，以为武当派串通魔教中人，以图独霸屠龙刀，令翠山含冤莫白。莲舟为息事宁人，向众人保证，对此事是非曲直有待调查，三月后择日有所交代。 殷天正获悉翠山知道金毛狮王下落，逼他说出。翠山为存道义，宁死不肯透露。殷天正顿对其硬朗性格大为赏识，极力要求他加入天鹰教，奈何翠山身为武当弟子，令他大为失望。

翠山等上武当山途中，成为众矢之的，先后被丐帮与峨媚派弟子袭击，迫其透露金毛狮王下落，原来灭绝师太俗家姓方，其兄方详向隐居河南，与世无争，不料被金毛狮王冒充成昆无辜杀死，令她悲忿难平，誓死向金毛狮王报仇。

翠山不慎被鹤笔翁抢去无忌，迫他道出金毛狮王下落。幸无忌不畏威迫，宁受皮肉之苦坚持不肯就范，令鹤笔翁无法可施。 素、山几番遭受袭击，幸遇上张松溪与殷梨亭相救，数人久别重逢仿如隔世。另一方面，素素虽然被众武当弟子欣然接受而暗喜，但毕竟惦念爱子，令她忐忑不安。 翠山眼见岱岩多年来虽保性命，但却变成终身残废， 禁不住内心悲痛。 三大镖局头目结队上武当，为龙门镖局灭门一事雪冤。正当两派斗得难分难解之际，张松溪陈述当年有恩于三派，致令其免遭灭门之祸，三派头目知难而退。 张三丰百岁大寿之日，各大派借拜寿为名，暗藏兵器乘机刺探有关金毛狮王消息。少林派空闻更藉当年两弟子被枉杀之事，迫张三丰交出翠山。 张松溪内心不忿，反指岱岩当年被少林派「金刚指」所伤，并力指少林派中具有空闻等三僧达此登峯造极境界，众人大表扰攘。

武当弟子惊闻岱岩被少林上乘武功所害，合力围攻空闻等三少林神僧复仇，可惜技不如人，欲临时着岱岩向素素口述武功口诀，摆出「真武七截阵」对抗少林僧。 怎料当岱岩见到素素时，即触起当年被害回忆。素素自知罪孽深重，坦言承认当年曾暗以「蚊须针」伤岱岩，要翠山成全她一死以谢武当。翠山碍于夫妻情重，当众羞愧自尽。 当素素为其失之死呼天抢地之时，鹤笔翁胁持无忌而至。素素故意在空闻耳边喃喃细语，令各派以为她向其泄露金毛狮王下落后，忍痛遗下无忌自尽身亡。 张三丰发现无忌惨中险毒无比的「玄冥神掌」，欲联合武当弟子轮流替其吸出体内寒毒，可惜他已剧毒攻心，除非靠无忌自己修练「九阳真经」所载内功，始能将寒毒尽清。 三丰知道「九阳真经」早已失传，幸其师父觉远大师圆寂前，将经文念予峨媚派郭襄、少林无色大师与他听，变成各派得到其一部份，于是求灭绝师太借出其中部份，但灭绝师太坚拒交出，令三丰大失失望。 三丰救徒孙心切，不惜亲赴少林寺，愿将其所学经文告之，以图双方参悟补足。空闻声称三丰为少林叛徒，拒将武功传予无忌。后经圆真苦苦哀求，空闻顿回心转意，允许无忌留下，亲自以「九阳真经」替他疗伤。 少林一和尚乘空闻等外出时，以武力逼无忌道出金毛狮王下落，无忌宁死不屈，被三丰撞至，以为空闻串同弟子存心不轨，立带无忌拂袖而去。 梨亭多年来对晓芙余情末了，对其无故退婚之事耿耿于怀，苦缠她道出真正原因，但晓芙既有难言之隐，内心苦不堪言。

明教常遇春自主人周子旺在袁州起义被斩首后，一直护送少主南下，途中遇上蒙古兵追杀，连累艇家家破人亡，遗下一少女周芷若，遂带她一起逃亡。后少主不幸被害，终得三丰相救，但遇春却身受「截心掌」重伤。 常遇春眼见无忌中毒太深，劝三丰让他向「神医」胡青牛求医，但因神医脾气古怪，遇春宁独白背着无忌上山，将芷若交托给三丰收养。 常遇春带无忌上蝴蝶谷时，青牛坚持非明教中人，一概不救。常遇春顿心急如焚，宁以己命交换，令青牛大为感动，立「以热攻寒」替无忌疗伤。 无忌见遇春伤重危在旦夕，恳求青牛救命，青牛以激将法引无忌参考医书，胡里胡涂下替遇春逼出瘀血。 灭绝师太见各门派自翠山夫妇死去后，对追寻屠龙刀之事冷落下来，遂派晓芙与敏君再度下山打探白龟寿动静。刚巧晓芙接获不悔患病消息，令她进退两难。 梨亭心深不忿，在峨媚山下苦候晓芙，刚巧遇上杨逍，二人同病相怜，激情下互诉被情所困心声。后晓芙至，梨亭顿发现杨逍为夺爱之人，当众发狂向杨逍拳打脚踢。 无忌伤势渐好，武当众人闻讯大表快慰之余，获悉青牛要待他完全康复后将他置诸死地。殷天正闻讯大为焦急，劝青牛收回成命。 敏君发觉晓芙神色有异，暗中跟踪她至不悔家，顿恍然大悟。刚巧白龟寿现身，身陷二人围困，彭玉莹赶至相助。敏君乘机要胁晓芙杀死彭玉莹，白龟寿果以性命护友。敏君袭击不成，立回向灭绝告状。灭绝大发雷霆之下，决下山找寻晓芙清理门户。

事隔多年，无忌已长大成人，不断钻研医术，略通医道。他一直以温泉水疗伤，时好时坏，但内心却恐自己完全康复后，会遭青牛所杀。 年前金花婆婆与夫银叶先生身中剧毒，向青牛求医，但青牛坚拒医治。后银叶先生毒发身亡，金花欲向青牛找晦气，故意将晓芙、崆峒派简捷与华山派薛公远等击伤，要数人向青牛试探。 怎料当事人至胡家时，发现青牛藉词患上天花，拒接见来客，更对众人生死置诸不理。 无忌不忍晓芙等饱受剧毒痛苦，不惜自配解药予众人服用，众人反见中毒更深，无忌以为自己医术不灵，内疚不堪。 原来当年青牛本有妻，为用毒胜手「毒仙」王难姑，每每向人下毒后被青牛医好，难姑一怒之下离开蝴蝶谷，青牛以后决意非明教中人不救。 金花婆婆施诡计后，令难姑念夫心切，不惜重回蝴蝶谷向青牛报讯，但劣性难改，不禁向晓芙等下毒，被无忌及时阻止，反遭晓芙打伤，令无忌啼笑皆非。 难姑知道青牛故意与她作对，将晓芙等病势治疗，一怒之下吃下剧毒。青牛爱妻心切，自知对此剧毒无能为力，宁自尽以伴爱妻于黄泉。

难姑眼见青牛为爱轻生，感动不已，坦言原只为试探其夫之情，顿后悔不已，着无忌喂以解药。金花婆婆赶至，以为「医仙」夫妇殉情，不顾而去。青牛为感谢无忌救命之恩，特将毕生所学传予他，从此埋名归隐。 金花婆婆重临胡家试探青牛之死虚实，遇上无忌，以武逼他归顺其门下，无忌宁死不屈。后灭绝师太撞至，不值她恃强凌弱，立以「倚天剑」示威，金花不敌而去。 灭绝千辛万苦找到晓芙下落后，要她杀杨逍以赎罪孽，始能将峨嵋掌门之位传予她，芙宁死不从，遭灭绝所杀。晓芙临死前将不悔托予无忌，嘱他代送上昆仑山杨逍手上。

忌、悔上路时，遇上青牛夫妇被金花施毒手，遗下「毒经」一本，无忌悲痛之余，拾回毒经以作纪念。后遇上饥荒，简捷、薛公远要生劏二人作食粮，幸明教朱元璋等及时相救，二人终得脱险。 当忌、悔抵昆仑山时，掌门何太冲因其妻王姑被毒蛇咬伤，以为山上名医不力，要将其治罪。无忌挺身替其疗伤，令何太冲钦佩不已。

何太冲发现无忌为翠山之子后，决将他禁锢，逼他说出金毛狮王下落，无忌不惧其威，守口如瓶。后杨逍突出现解围，无忌顿放下心头大石，将不悔交予其手上。杨逍对无忌大恩大德十分感激，伺机报答。

无忌离开昆仑山后，漫无目的四处流浪，在路上遇上朱九真，被其恶犬咬伤，迫于在朱家养伤。 无忌自邂逅九真后，被其娇媚气质所吸引，初尝男女情滋味。但九真及其表哥卫璧等嫌他身份卑微，将他戏弄殴打一番，朱长龄睹状大表忿怒，要九真替他悉心疗伤。

无忌从九真口中，得知年前长龄一家被仇家逼杀，幸得翠山仗义相救，将敌人击退，朱家一直对其大恩念念不忘。无忌为免被误以为冒充沾恩，绝口不提自己真正身份。

其实长龄早已看穿无忌身份，故意派武烈假扮金毛狮王，试探无忌虚实，无忌不虞有诈，当众拆穿真相后，眼见长龄舍身护己，遂放心向他道出金毛狮王下落。 无忌发现九真近日无故对他嘘寒问暖，令他快慰非常。后无意中发现九真与表哥卫壁幽会，顿明白到长龄与武烈等处处积虑布下诡计，令他晴天霹雳，一怒之下不辞而别。 当长龄四出找到无忌踪迹时，无忌几番挣扎，二人双双堕下悬崖，二人有惊无验。后无忌乱闯乱撞走入「挑源洞」内，被其明媚景色所吸引，而长龄则困在洞外死守。 无忌在洞里遇上一只白猿，发现其肚上附有一套「九阳真经」，有绝处逢生之感，决意留在洞内修练武功。 常遇春重临胡家，发现青牛夫妇己死去，恐事出有因，立向武当派回报。岱岩等惊闻无忌音讯全无，对其性命安危大表忧虑。

何太冲发现魔教有死灰复燃之势，在各地大举残杀武林同道，威胁灭绝师太游说武当与各派联手，彻底铲除明教。 灭绝师太报仇心切，携芷若上武当山以作说客。当远桥子青书遇上芷若时，惊为天人，常藉词与他亲近。

杨逍获悉六大门派正商讨对策围剿明教总部「光明顶」时，始发现原一直被人冒名作奸嫁祸，暗中向芷、青逼问动向。六派头目恐打草惊蛇，宁分别上山以避魔教耳目。 杨逍赶路途中，遇上一藏族少女小昭，正被蒙兵追杀，伤重尚存一丝气息，遂将她救回家中。后无意中发现小昭暗懂武功，并连夜混入后院打探暗格，令杨逍大起疑心，将其双脚加上锁链，令她自由全失。

无忌经年累月勤练「九阳真经」后，武功已臻至境，将身上寒毒全清后出洞。原来长龄多年来一直守在洞外，眼见无忌在洞内练得一身好武功， 欲入洞内探个究竟，怎料身困洞口，变得进退两难。 无忌出洞后，为避免受各派逼问金毛狮王消息，迫于隐姓埋名四处流浪，后遇上殷离，二人话甚投契。离知道九真情骗无忌，一时义愤填胸，亲到朱家将她杀死。

殷离杀死九真后，被武烈等追杀至无忌藏身处，众人认不出容貌大变的无忌。殷离见自己因练「千蛛万毒手」而致面貌奇丑，自卑心起，当众逼无忌娶她为妻，无忌无奈答允，殷离遂连消带打将众人击退。

灭绝师太心中不忿，亲率众徒向雄、忌找晦气，以绝招逼二人就范，灭绝师太以为二人与魔教有关，将二人掳走以免泄露其行踪。 殷离无意中透露对当年无忌芳心暗许，到处打探无忌消息。无忌不敢表露身份，令芷若大表称奇。 杨逍自知明教虽人材鼎盛，但因内哄而四分五裂，未能抵挡六大门派围攻，遂劝四大护法将私人恩怨抛诸脑后，合力维护明教。 无忌久别重逢武当师伯时，竟相见不能相认，内心难受非常。惟独芷若看穿其心事，向他好言相慰，殷离睹状醋意大生。 丐帮八代长老陈友谅从青书口中，获悉六大派合力铲除魔教，遂召集各弟子趁火打劫，令帮主史火龙大为震怒。 青书在路上被天鹰教弟子诸多留难，殷离仗羲相救。魔教弟子发现她竟为殷家小姐，大表称奇之余，立向殷野王报讯。

当灭绝师太率众派上光明顶，以倚天剑制服魔教。无忌眼见魔教弟子宁死不屈，仗义心起，宁受灭绝三掌以换取魔教弟子自由。怎料灭绝毫不留情，无忌灵机一触，以「九阳神功」护体，令灭绝羞怒而去。 殷野王见殷离后，怨由心起，欲将她杀死。怎料临急突被明教四大天王之一韦一笑带走。后无忌从说不得口中，得知韦一笑练功走火入魔，专吸人血以防寒气攻心而死，令无忌大为担心。 其实韦一笑欲藉殷离与殷天正的关系，要胁天鹰教合力对抗六大派。怎料金花婆婆突出现抢走殷离，令韦一笑大失所望。 金花婆婆对殷离为寻旧爱私自离开灵蛇岛大表震怒。殷离为平息其怒火，带金花逼武烈说出金毛狮王下落，然后以「千蛛万毒手」重创其父 ，殷离于心不忍。 韦一笑等五散人见明教大敌当前，顿化干戈为玉帛，决联手对付各大派，却突被成昆袭击，众人两败俱伤。

成昆激愤之余，向明教弟子陈述当年惨事。原来成昆与师妹相爱多年，后其师妹被迫嫁予明教教主阳顶天，二人仍暗中幽会，被教主发现，气绝身亡，师妹有愧于心，亦相继自尽。 成昆自此痛恨明教，誓死消灭魔教，无奈孤掌难鸣，遂施计从中挑拨，令魔教成为武林大敌，后更设计陷害金毛独狮王，恶性循退下，明教顿声名狼藉。 无忌随韦一笑上光明顶后，发现成昆为义父深仇之人，向他展开追杀。后遇上小昭时，双双被成昆陷害，被困祕道石窟内，呼救无援。

无忌无意中在洞内发现明教护教教功，勤练下速成，施法离洞而出，发现六大派已冲上光明顶，向伤亡惨重的明教弟子围攻。

无忌见明教处境危殆，进挺身而出，直言明教与六大派的恩怨，乃成昆从中施诡计挑拨，但少林派顿获成昆圆寂消息，以为无忌乘死无对证，将一切罪状推在其身上，立触各派众怒。 灭绝师太以为芷若与无忌存私情，令她杀死无忌。芷若无奈如命，将无忌击至重伤，但内心充满歉意。青书目睹芷若对无忌心存爱意，自告奋勇将他铲除。 当无忌再被青书所伤，临危向梨亭等吐露其身份，众人仿如晴天霹雳，立运功助其疗伤。 梨亭遇上杨逍时，怒上心头，欲杀他以报晓芙含恨九泉之仇，怎料不悔突出面指证，原来当年晓芙因拒命杀杨逍而被灭绝师太灭口，灭绝无奈招供，令梨亭悲忿不已。 远桥不忍六大派乘人之危，劝各派暂且放过魔教，并着无忌留在光明顶助明教改邪归正。怎料当众派离去时，陈友谅乘明教气数已尽围攻光明顶，明教众人立抛除旧怨，举无忌为教主，领众藏身秘道暂避。丐帮以为明教头目宁死不屈自焚火海。

史火龙见陈友谅擅自指挥丐帮弟子围攻光明顶，有损丐帮声名。遂以帮规处罚，友谅心中不忿。 无忌根据前教主遗示，要为教主之位传予金毛狮王，遂与杨逍去海外迎他接掌门之位。怎料途中发现六大派中人被以少林「大力金刚指」所伤，令他大惑不解。 梨亭被打断全身关节，伤重精神错乱时，竟误当不悔为晓芙，向她尽吐心声。不悔怜心大起，众人大为称奇。

无忌等欲上少林查个究竟，途中遇上蒙古郡主赵敏女扮男装，发现其身怀倚天剑，并引众至其山庄。

无忌等不虞有诈，不幸被赵敏毒晕，将无忌困在秘密机关内，以探无忌武功虚实。无忌人急智生，将她制服逃离庄外，而六大派头目则被擒着。

无忌赶替杨逍等解毒时，赵敏派人将头上珠花赠予他示爱，可惜无忌不解温柔，将珠花转赠小昭，令她受宠若惊。 无忌领杨逍等上少林寺时，发现被人假冒明教身份，在寺内大肆屠杀，并声言将少林与武当诛灭后独霸武林，遂赶快向武当通风。 当无忌抵达武当山时，发现少林派空相向张三丰声称少林派空性被魔教中人挟持回寺，乘其措手不及，将寺中各人击得一败涂地。 张三丰信以为真，欲出面澄清事情因果时，突被空相以「般若掌」所伤，令张三丰当场重创。后赵敏领手下围攻武当，迫其归顺蒙古王朝。并声言拉拢得玄冥二老，多年来暗以西域少林派身份，向岱岩及梨亭施毒手，以报武当不肯透露屠龙刀下落之仇。令众恍然大悟。 无忌知道梨亭与岱岩之伤与赵敏有关，求她交出药膏，可惜赵敏生性凶蛮，加上目睹无忌与小昭的密切关系，一时醋意大生，拒其所求而去。

无忌救师叔心切，不惜四出追寻赵敏下落，以为得到药膏，便可将岱、亭起死回生。怎料赵敏有此一着，事前已将另一毒膏相表混，令二人病情加重，无忌内疚不堪。 赵敏心有内疚，亲往向无忌陪罪，无忌义愤填胸，以死迫赵敏交出解药。赵敏大为感动，要无忌以其答应她做三件事，始将解药交出，无忌无奈答允。 梨亭自得到不悔悉心照料下，终能行动自如。无忌目睹二人情投意合，向杨逍提亲，撮合二人婚事，令梨亭大表快慰。 无忌获悉六大头目被赵敏擒着，特在蝴蝶谷召集明教各路首领，齐心追查六大探头目下落。

原来六大派头目离开光明顶后，纷纷被赵敏下毒，如瓮中之鳌，被囚在蒙古派汝阳王府内，更到处散布谣言嫁祸明教，以图令各大派自相残杀，以收渔人之利。 另一方面，其实成昆一直处心积虑铲除明教，可惜身份败露，迫于装死归顺蒙古王朝以避风头。后乘少林群龙无首时重返少林寺，向众残余弟子假传方丈等已遭毒手，将一切罪状推在无忌身上，而自己却夺取方丈之位以控制少林。 赵敏自囚禁六大派头目后，以软硬兼施迫其投诚效力蒙古王朝，六大派宁死不屈，汝阳王主张杀死灭绝师太等免除后患。但赵敏觉六大派头目武功深不可测，欲藉此机会从中学到各人长处，始将他们处置。

常遇春向主持一小寨，专门劫富济贫，被蒙兵视为大敌，向其伏击，幸无忌及时相救，立誓合谋抗元。 正当无忌为担心六大派头目生死而茶饭不思之际，朱元璋突从蒙兵囚中逃脱，向无忌通风。无忌等连夜探个究竟。 赵敏向何太冲等羞辱，数派掌门宁死不屈，遂硬逼芷若就范，无忌看不过眼，立以赵敏所赠信物阻止。赵敏惊喜之余，醋意大生，命无忌将芷若毁容，韦一笑乘机制服赵敏，令她羞怒非常。 韦一笑、杨逍等上路途中，重遇当年明教右使范遥，原来范遥接获阳教主死讯后，不敢轻信，遂四处调查真相，无意中发现成昆背明投元，遂不惜自毁容貌混入王府，以求有朝一日作内应。

无忌从范遥口中，得知六大派头目被赵敏施以「十香软骨散」所伤，遂潜入王府，向玄冥二老设下陷阱，逼其交出解药。 赵敏见无忌冒生命危险救走芷若，大感气结。后发现无忌毕竟为一忠直重情义的人，对他更添深情。 原来当年郭靖与黄蓉为国殉难之前，铸成了屠龙刀与倚天剑，将「九阴真经」与「降龙十八掌」的兵法与武功秘笈收藏其中，希望后人驱除鞑子，替天行道。 灭绝师太见无忌虽被芷若刺伤，反冒死相救，以为他不怀好意，逼芷若立下毒誓，斩断情丝，将掌门之位交予她，然后以美色引无忌交出屠龙刀与倚天剑，以图光复汉室，中兴峨嵋，令芷若顿不知所措。 汝阳府小王爷以为玄冥二老串通六大派反元，以火烧万安寺，幸得无忌及时抢救，众掌门幸免于难，但灭绝师太救徒心切，危难中堕下身亡。 汝阳王自遭无忌反击后，对他恨之刺骨。后发现爱女对他芳心暗许，制止二人来往，但赵敏个性反叛，决不要其父阻止，要无忌带她找金毛狮王一睹屠龙刀真貌，小昭亦宁长伴无忌身旁侍奉。

青书见芷若饱受丧师之痛，向她倍添关怀，反被冷言相待。令他难过不堪。陈友谅睹状，立施诡计安排他迷奸芷若，终被莫声谷揭发，声称要以武当派派训处理。青书畏罪乱性，一怒之下杀声谷灭口， 被陈友谅视为把柄。 敏君等不服芷若被封为掌门，诬告她假传灭绝师太遗言，自封为掌门。并当众冤枉她与魔教有不轨行为，令场面混乱不堪。 金花婆婆原早与灭绝师太有比武之约，当她获悉其死讯后，大失所望，决将芷若带走，以图他朝芷若练成峨嵋武功后，与她一较高下。无忌与赵敏见事有跷蹊，立跟踪金花婆婆看个究竟。 空闻、空智等安然回少林寺时，发现成昆尚在人间，大感怀疑。成昆机警美言相骗，未致阴谋败露。 金花婆婆见赵敏手持倚天剑，感到「倚天不出，谁与争锋」，连一遍金毛狮王交出屠龙刀。原来年前金花婆婆藉词替其找出无忌下落，劝他栖身灵蛇岛，以便骗取宝刀。

当无忌与金毛狮王久别重逢之时，突被一班波斯明教使袭击，幸得赵敏冒死相救，无忌大为感动，令二人间感情大跃进。 原来当年金花婆婆本为一波斯善使者之女，号称武林第一美人，其父去世后受托中土明教，成为众弟子追求目标。

后韩千叶独上光明顶向阳教主报父仇，金、韩苦战一轮后，韩千叶落败，二人反情根暗种，随即共谐连理。

金花婆婆原被选为波斯教圣女，象征明教神圣贞洁，可惜凡心末了与千叶结婚，立被教主追杀。金花为将功赎罪，不惜偷入秘道偷取中土明教「干坤大挪移」，被范遥发现，将她逐出明教。 金毛狮王见金花身世可怜，着无忌出手相助退敌，金花婆婆大表谢意之时，坦言小昭乃其亲生女，原一直为逃避波斯教追杀，忍心抛下小昭不理，如今身份已露，遂带她返回波斯明教总部。

小昭被带回波斯明教总部后，随即代替金花充当圣女之位，从此驻守总部。小昭对无忌依依不舍，临别坦言爱意，令无忌倍感神伤。

无忌赶回岛上时，发现赵敏不知所踪，芷若与殷离被「十香软筋散」所伤，殷离终告不治。无忌满腔忿怒，一口咬定赵敏因妒嫉二女而萌杀机，誓死杀她报仇。 金毛狮王见芷若身受毒伤之苦，着无忌替她迫出毒，但碍于男女礼节之嫌，遂乘机劝二人尽快订亲，芷若顿进退两难。后经无忌立誓爱她，才答允婚事。 成昆为巩固元朝实力，藉陈友谅之助，威逼丐帮帮主史火龙归顺，不果。后成昆灵机一触，着陈友谅以莫声谷之死，威胁青书协助阴谋，青书无奈就范。

无忌发现陈友谅召集丐帮弟子，当众声言李、郑两位因追寻屠龙刀时，被无忌恃人多势众杀害，乘机挑起众怒，誓死向无忌报仇。

后赵敏赶至，替无忌疾言呼冤，反被丐帮围攻。无忌于心不忍，立带赵敏而去。友谅等乘机诬告无忌与元朝勾结，更激起众怒。

无忌重遇赵敏后，大表惊喜之余，碍于立誓杀赵敏报仇在前，大感矛盾非常，另一方面，赵敏获悉无忌以为她杀害殷离，百词莫辩，当众立誓以表清白，更欲觅金毛狮王与芷若对证。可惜二人不知去向，惟四出找寻其下落。

无忌、赵敏被引至莫声谷身亡之地，顿惊惶不已。刚巧宋远桥等赶至，眼见无忌手抱声谷尸首，以为他勾结鞑子杀害同门，立向二人围攻。无忌眼见形势不妙，宁日后水落石出后始向武当解释，立带赵敏逃去。

无忌四出侦查金毛狮王与芷若踪迹，终发现芷若被丐帮所困，软硬兼施逼她供出有关屠龙刀下落，遂乘机胁持帮主，令丐帮释放芷若，丐帮弟子不忿。 后丐帮发现帮主非史火龙本人，连揭发陈友谅暗施诡计安排，使成昆杀害帮主，陈友谅立畏罪而逃。无忌无意中发现青书被友谅威胁，向武当弟子下毒，以图侵占武当势力，立向不悔告密。另一方面，其实远桥等一直以为声谷被无忌所害，对他早有戒心。故当不悔欲揭发青书罪状时，青书却犹豫不决不敢下手。武当弟子以为不悔被无忌蒙骗，对无忌误解更深。

张三丰眼见无忌在翠山夫妇坟前泣诉，发现他含冤莫白，立允替他调查真相。

宋远桥找着忌、敏时，向二人大事理论，刚巧友谅与青书至，数人匿在一旁，揭发青书恶行，令远桥晴天霹雳，决向青书追杀。武当弟子发现忌、敏为无辜，主动与二人和解。

赵敏自觉拖累无忌，不辞而别，令无忌忐忑不安。但赵敏亦禁不住两地相思，常找机会见无忌一面。后二人正面相遇，仿如隔世，尽诉别离情。 当芷若撞见二人时，以为二人藕断丝连，大受刺激，竟萌轻生之念。无忌大为感动，立答允与芷若成亲，赵敏惟黯然而退。 青书自逃离武当山后，走投无路，过着潦倒落寞的生活。后遇上何太冲夫妇时，获悉芷若即将与无忌成亲，顿呆若木鸡。终受友谅挑拨唆摆，咬紧牙根向无忌算账。

当各派掌门友好纷纷送贺礼予无忌与芷若时，突获青书战书，令芷若大感担心。无忌依约赴会，欲向青书解释一切，可惜青书怒掩心头，强要与无忌决一死战。无忌忍无可忍下向他施硬功，青书不敌羞愧而去。

赵敏伤心过度，心力交瘁，汝阳王担心之际，劝赵敏应以国事为重，极力反对她与汉人发生感情，令赵敏苦恼非常。

原来金毛狮王被少林派指为杀害空见大师的凶手，被成昆制服后一直受困于少林寺内 ，派渡危、渡难、渡劫三高僧日夜看守，逼其交出屠龙刀，并伺机向无忌显威力。

当无忌与芷若成婚之日，赵敏突赶至喝止，并向无忌暗道金毛狮王惨况。无忌救人心切，不理武林英雄唾骂，宁将婚事搁置，跟随赵敏而去。芷若激忿之余，重掌击伤赵敏后，声言与无忌断绝婚约，令无忌有口难言。 无忌眼见赵敏为自己身中剧毒，不假思索替她吸出毒血，令赵敏甜在心头。但无忌对芷若居然能使出邪门怪招，大感疑惑不解。 芷若自受到婚礼上的耻辱后，内心仇恨日益增加，亦变成一个凄泠阴沉的掌门人，各人均投以怜惜。成昆恐杀害金毛狮王后，会触怒无忌，对少林不利，遂乘他仇家众多之处，发起一个「屠狮大会」，广邀武林中人参与，合力商讨对抗金毛狮王之策。

武当弟子对无忌成婚之日不顾而去，大感不满，惟独张松溪对他义薄云天性格甚为信任，理解到他此举乃是不得已。

汝阳王发现赵敏与无忌继续来往后，逼二人分手，无奈赵敏爱意已坚，宁与无忌出走，誓死跟随左右，令王府中人大叹无奈。 青书获悉芷若惨况后，大表心痛，日夜苦候，欲打动她回心转意，但芷若却不领情，令青书大失所望。

无忌与赵敏上少林调查真相，路上乔装兄妹借宿「中岳神庙」，发现庙内师傅为少林寺叛徒，通通被成昆与陈友谅支配。无忌计上心头，假装与寺中人志同道合，以打探内情。

无忌获悉少林寺已发出英雄帖，召集各派于端阳节展开「屠狮大会」，不惜混入寺内充当厨僧以探内情。原来成昆自囚禁金毛狮王后，在各弟子面前恶意中伤无忌，声言他勾结元朝与六大派为难，众信以为真。 无忌深入虎穴，身陷险境，终与义父重聚，感慨万千。金毛狮王自知罪孽深重，宁自受报应，硬要无忌舍他而去。 无忌难舍难离下，凄然向渡难等叙述当年成昆因求爱不遂，将一切罪状嫁祸在金毛狮王与明教身上，并解释谢逊只因一时错手误杀空见大师，酿成彼此多年深怨。渡难等恍然大悟，无奈重誓在前，未能轻易让无忌带走其义父，无忌失望而去。 明教中人获悉金毛狮王被囚少林，决联手上山救出他。空闻知道成昆丑事后，欲释放金毛狮王，以息干戈。怎料成昆为使明教与少林两败俱伤，以火烧少林重地「达摩院」，威胁空闻逼无忌攻破渡难等三高僧的「金刚伏魔圈」阵后，始将金毛狮王放走。

金毛狮王不忍无忌受损，以死相迫无忌离去。殷天正不值少林所为，与神僧恶斗，终力竭而逝。

各大派头目为打探屠龙刀下落，纷纷应约上少林寺。后发现屠龙刀根本不在寺内，大失所望。丐帮心存不服，遂当众指证其帮主乃被成昆所杀，令空智面目无光。各派决比武分胜负，决定那一派与少林三僧较量夺谢逊。

无忌眼见芷若大受刺激后，峨嵋派倒行逆施，内咎非常，遂向芷若苦苦求谅，反被她冷言相向，并声言已与青书成亲，令无忌万箭穿心。 远桥发现青书竟为儿女私情，不惜背弃武当投入峨媚，自甘作芷若推使，顿痛心疾首，当众与青书脱离父子关系，令青书难过非常。 芷若不甘受辱，欲杀远桥，不果，心深不岔，竟诬告无忌有心杀害后嫁祸青书身上，令无忌难过不堪。各派经过一番苦斗，青书被武当整至重伤，终芷若以狠毒招式取胜，可直接与少林三高僧比武。

无忌见青书身受重伤，自动请缨替他疗伤，以为藉此可打动芷若与他合力找出金毛狮王。怎料芷若对无忌余情未了，对青书生死反置若罔闻，令无忌如梦初醒。 当芷若与少林三僧比武时，当众奚落无忌一番，并要他合力迎战。无忌救义父心切，不惜吞声忍辱。二人用尽毕生功力，终能救出金毛狮王。

成昆心深不忿，硬要与金毛狮王决一死战。谢逊自知已到山穷水尽，拚命苦战成昆，后乘虚击盲其双眼，然后自毁成昆所授武功，众人大叹可惜。

金毛狮王自觉作恶多端，渐愧内疚，况且大仇已报，要长留在少林寺上接受各派仇家批判后，皈依我佛了却此残生，令无忌大为痛心。

金毛狮王临出家前，为了却心事，向无忌暗示杀殷离的凶手为芷若，令无忌不敢相信，遂向芷若求证。芷若坦承一切罪状，并声言实为报复无忌负情而去，故当时假传与青书婚讯，以图刺激无忌。 其实当时殷离身受重伤，芷若夺倚天剑屠龙刀，乘无忌在岛上四处找药时，下毒害死殷离，还迫赵敏离岛，间接将罪状嫁祸赵敏身上，令无忌恍然大悟。 芷若觉得无忌对负情之事稍有悔意，故意制造赵敏弃爱而去，迫无忌在自己与赵敏间取舍。无忌顿感进退两难之际，终下决心誓死找回赵敏。芷若顿心灰意冷，将赵敏交回无忌后，悄然而去。

成昆自知不容于各大派，走投无路之际，遂通知元朝围攻少林寺。六大派决合力迎战，纷纷推举无忌为统领，无忌战战兢兢答允。

各派见赵敏身为蒙王之女，女扮男装长伴无忌身旁，以为她心怀不轨，合力囚禁赵敏，威胁汝阳王退兵。怎料汝阳王以为赵敏私通汉人，背叛朝廷，早与她脱离父女关系，决不念骨肉情，继续出兵将六大派一网打尽。 芷若对自己所作所为大感内疚，向无忌坦示屠龙刀与倚天剑内藏的武林秘笈，以供退敌，无忌依其指示，与六大派合力退敌，令元兵一败涂地。

芷若见大事已了，对武林恩怨爱恨已无所恋，决离无忌飘然而去。另一方面，六大派对赵敏心存芥蒂，认为她有碍明教名声，赵敏甚为难受，终提起勇气不辞而别。