Graham Wilson, ancien membre des commandos de marine, fuit l'endroit où gît sa femme morte, poursuivi par la police. Il se réfugie à bord de l'«USS Missouri», un navire musée, prenant en otage un groupe de touristes. Il affirme être innocent et demande aux autorités de retrouver le vrai meurtrier. L'assistant du gouverneur Jameson charge l'unité de McGarrett de résoudre la prise d'otages et de vérifier les affirmations de Wilson. Pendant qu'une partie de l'équipe mène l'enquête, McGarrett, assisté par Ed McKay, un marin à la retraite, s'introduit à bord du navire et tente de négocier avec le preneur d'otages...

En enquêtant sur le meurtre d'un ancien partenaire de Danny au sein de la police d'Honolulu, McGarrett et ses équipiers se retrouvent au coeur d'une affaire mêlant la police des polices, des agents corrompus et des criminels. Danny cherche à découvrir la vérité pour laver l'honneur de son ami...