Jill Morelli, journaliste, possède un article sur un accident d'avion organisé par la Division afin de camoufler un trafic. Très vite, des agents de la Division la prennent en chasse, exécutant son patron. Nikita intervient in extremis avant que Jill ne soit tuée à son tour. Ensemble elles vont oeuvrer pour faire publier cet article. Elle doivent récupérer la vidéo de l'accident auprès de la source de Jill : Benjamin Prentice. Mais Michael et une équipe d'agents les capturent. Nikita et Jill s'en sortent grâce à l'intervention d'Alex qui parvient à prévenir la police. Pendant ce temps, Michael et Percy découvrent que Birkhoff est le traître qui transmet à Nikita des informations sur les missions en cours. Un traceur, mis en place par Nikita, est retrouvé dans une de ses dents...

Ancien agent de la Division, Owen Elliot s'échappe après le vol d'informations sur les crimes commis par l'organisation, enregistrées sur un disque dur caché dans une banque. Percy veut absolument récupérer les documents. Ce vol est une aubaine pour Nikita, elle cherche donc à retrouver Owen, par l'intermédiaire de sa petite amie, Emily. Quand celle-ci est abattue sous ses yeux, Owen n'a plus qu'un idée en tête, se venger. Pendant ce temps, Alex entre dans le bureau de Percy pour transmettre des informations à Nikita, mais elle est repérée par Thom et doit se montrer convaincante. Nikita retrouve Owen, qui cherche à éliminer Percy...

Conahan, un agent de la CIA, a été assassiné à Berlin par un tireur inconnu, au moment où il s'apprêtait à rencontrer un de ses contacts, un certain Jurgen. Ryan Fletcher contacte Nikita à l'aide d'un code secret, un coeur dessiné à des endroits stratégiques. Il lui révèle que le meurtre de son agent est sans doute lié à une arme redoutable que des terroristes veulent faire entrer sur le territoire américain. Il lui demande de l'aider à neutraliser les terroristes. Bientôt, Nikita découvre que l'acheteur de l'arme n'est autre que Voss, avec qui elle avait travaillé lorsqu'elle était membre de la Division...