Audrey es confrontada por una mujer que dice que ella también es Audrey Parker, compartiendo su nombre y recuerdos. Al mismo tiempo, las diez plagas del Éxodo son visitados por los habitantes de Haven y la muerte de los primogénitos sólo se desvió a través de un cuento infantil. Nathan se ve obligado a dirigir el departamento de policía ahora que su padre se ha ido.

Cuando Audrey se esfuerza por comprender el misterio de su propia identidad y la otra Audrey Parker llega a Haven, una epidemia terrible comienza a extenderse por la ciudad, donde los peores temores de los residentes cobran vida. Nathan descubre que su propio "problema" se ha ido poco a poco y un rompecabezas para niños que podría destruir Haven es robado.

Cuando los muelles de Haven misteriosamente comienzan a atacar y atacar a la gente, Audrey y Nathan tienen que averiguar lo que está pasando antes de que más personas se convierten en víctimas. Mientras que la búsqueda de quién o qué está causando el caos, la otra Audrey Parker pide ayuda a Duke para investigar las pistas dejado por el impostor Agente Howard sobre el misterio de la identidad de Audrey.

Mientras investigan una serie mortal de electrocuciones que se están produciendo en la ciudad, un evento de este tipo mata al extremadamente agradable alcalde de Haven, Audrey y Nathan conocen a un hombre que es experto en mantener en secreto los secretos de Haven. Duke y Evi encuentran una pequeña caja vacía luego que Duke de mala gana acepta la ayuda de su ex-esposa en la búsqueda de una manera de protegerse a sí mismo del hombre tatuado. En este capitulo aparece por primera vez el ex-luchador de WWE Edge.

Una boda en una finca aislada se convierte en una trampa mortal para todos los asistentes - incluyendo a Audrey, Chris, Duke y Evi mientras que afuera algo amenaza con matarlos a todos. Todo tiende a ser potencialmente mortal para los invitados cuando el cuerpo del anfitrión se encuentra.

Audrey se ve obligada a repetir el mismo día horrible, pero no puede detener la catástrofe que viene a ella y sus amigos, ya que poco a poco descubre por qué el día se repite. Al final ella quiere que se repita de nuevo, pero fue en vano.

Mientras investiga un ahogamiento reciente, Audrey y Nathan se encuentra con una enigmática y peligrosa comunidad ubicada en las afueras del refugio donde están desapareciendo misteriosamente niños y un oscuro secreto es protegido. Descubren un viejo misterio sobrenatural , que implica al reverendo, al jefe Wuornos, e incluso Lucy Ripley.

Los crímenes violentos se remontan a un banquero de modales suaves, que parece haber dado lugar a una más oscura, y desquiciada copia de sí mismo que está empeñado en hacer las cosas que el original no va a hacer por sí mismo. Al tratar de determinar la misión final de la copia, Audrey, Nathan y Duke caen en una trampa mortal.

Después de una terrible infección de un oficial de policía en el interior de la estación de policía, el nuevo jefe que fue reemplazado por Nathan cerró el edificio para contener el brote con Audrey, Nathan, Chris, Duke y Evi atrapados dentro. Audrey y Nathan sospechan que algo más que un brote está en juego -, pero su única ayuda en el exterior es Dwight.

Audrey y Nathan crean un grupo de búsqueda luego de reclutar a Dwight Teagues para localizar a un adolescente de la zona que se ha perdido en los bosques de Haven mientras que un asesino anda suelto. Sin embargo, descubren que no están solos cuando el reverendo tiene su propio grupo de búsqueda. Y durante su búsqueda, el grupo descubre pruebas que apoyan la existencia de un ser sobrenatural.

Audrey y Nathan investigan una serie de asesinatos en que los cuerpos de las víctimas son misteriosamente momificados. Pero los acontecimientos giran en torno a Audrey en la estela de lo sucedido con el reverendo amenazan con hacer añicos todo y causar una sorprendente revelación sobre su pasado. Mientras tanto, cuando se cruza con Dwight en una misión encubierta, Duke se entera de un impactante secreto sobre su pasado que amenaza con cambiar el curso de su futuro.

Los muertos regresan al mundo de los vivos con el fin de buscar venganza y resolver asuntos pendientes por completo, y el regreso de los visitantes de otros mundos forzan a Audrey, Nathan y Duke a hacer frente a sus destinos en Haven.

Audrey comienza a ver las decoraciones de Navidad misteriosamente surgiendo por todo Haven en mitad de julio pero nadie más, incluyendo a Nathan, parece sentir algo inusual. Sin embargo, cuando los residentes de Haven empiezan a desaparecer en el aire, Audrey convence a Nathan que deben encontrar una manera de detenerlo.

Nathan y Duke tratan de encontrar Audrey y rescatarla detrás de su secuestro misterioso, pero los problemas surgen cuando en Haven comienzan a enloquecer pasando por los más extraños acontecimientos de la ciudad que se ha visto hasta ahora.

Cuando un número de bárbaros delirantes empiezan a causar estragos en las calles de Haven, Audrey y Nathan deben descubrir los orígenes de los locos temerarios, para que puedan ser detenidos antes de que puedan causar más problemas.

La víspera de Halloween trae el terror a Haven cuando Audrey, Nathan, Duke y los otros están atrapados y deben pasar la noche de Halloween en una de las construcciones más famosas de Haven, una casa embrujada a la que todos estaban misteriosamente destinados a ir.

Audrey y Duke han encontrado finalmente una pista sobre la identidad real del chico de Colorado, y deciden formar un equipo y viajar hacia el oeste a seguir la pista y tal vez descubrir de una vez por todas quién es exactamente el misterioso chico de Colorado.

Tras el regreso de Audrey y Duke a Haven de Colorado, se unen a Tommy en un intento por encontrar a la mujer con el toque de resurrección antes de que sea demasiado tarde, mientras él trata de mantener su secreto escondido saboteando su búsqueda.

La escuela de Haven debe ser un lugar para el aprendizaje. Pero ahora, después de una serie de asesinatos, es un lugar para la muerte. Nathan y Duke deciden regresar a su antigua escuela para ayudar a Audrey a encontrar a quien sea responsable.

Audrey, Nathan y Duke deberán enfrentarse contra el asesino de la pistola neumatica una vez por todas, y hacer todo lo posible para detener el inminente destino de Audrey, o por lo menos, llegar a un acuerdo con el hecho de que ella podría desaparecer para siempre.

Seis meses después de la desaparición del granero, Duke reaparece misteriosamente en Boston, donde se encuentra con una mujer que asegura escuchar voces procedentes del granero.

Nathan prosigue con la búsqueda de Audrey y al mismo tiempo debe investigar, junto a Duke, el caso de una persona que se dedica a convertir a la gente en cenizas.

Nathan y Dwight investigan una serie de asesinatos en los que los cadáveres han aparecido completamente desangrados. Entre tanto, Dave y Vince realizan un viaje a New Hampshire.

Mientras Nathan y Dwight investigan una serie de secuestros de niños sin aparente explicación, Duke ayuda a Jennifer a averiguar más detalles sobre la localización de Audrey.

Duke y Vince llegan a un acuerdo para matar a Nathan y terminar con los problemas, coincidiendo con el regreso de Audrey, que parece haber perdido la memoria.

Varias personas comienzan a sufrir heridas, algunas de ellas mortales, provocadas mientras soñaban. Entre tanto, Duke continúa buscando a su hermano Duke.

Audrey descubre que los misteriosos matones del Granero han seguido a Lexie hasta Haven llevando con ellos a William como rehén.

De repente, Audrey se encuentra en un Haven diferente, en el que los problemas de la localidad original no existen.

Mientras Audrey y Nathan intentan encontrar alguna forma de detener a William, Duke comienza a sufrir un misterioso mal.

Tras vencer a William, Nathan y Duke están destrozados al averiguar que la Audrey que aman ha desaparecido. En su lugar, con su rostro y cuerpo, está Mara, la malvada creadora de la maldición de las personas de Haven hace muchos cientos de años.

Con Duke luchando por aceptar la muerte de Jennifer y Nathan buscando algún vestigio de Audrey en la cruel personalidad de Mara, Dwight debe llevar sobre sus hombros la pesada carga de mantener unido a Haven.

Con Mara como prisionera, Nathan huye a un escondite secreto donde trata de descubrir la personalidad de Audrey enterrada dentro de Mara. Por otra parte, Duke y Dwight deben luchar contra un nuevo problema que amenaza con poner la ciudad patas arriba.

Como Dwight ahora lidera La Guardia, él y Nathan se encuentran en una encrucijada sobre qué hacer con Mara. Dwight quiere que ella termine con los problemas --a toda costa-- pero Nathan está convencido de que Audrey todavía está allí.

Vince y Dave van a Carolina del Norte para saber más sobre el pasado secreto de Dave, pero esta búsqueda puede causar nuevos problemas en Haven: la gente está cambiando sus cuerpos.

Nathan y Duke están desesperados por consiguir el retorno de Audrey y por esa razón se ven obligados a tomar una peligrosa decisión.

Dwight se hace amigo de Charlotte Cross, la doctora del CDC enviada a Haven para analizar la muestra de la biopsia realizada a Dave. Mientras tanto, Mara convence a Duke de que sus amigos se están volviendo en su contra.

A medida que empeora la salud de Audrey, Nathan se da prisa por encontrar una cura pera la misteriosa enfermedad antes de que sea demasiado tarde. Dwight lucha por contener el contagio pero se enfrenta a las interferencias del Dr. Cruz, que esconde varios secretos.

Los problemas de Duke y un nuevo peligro para Audrey los obligan a cada uno a buscar ayuda de aliados potencialmente peligrosos.

Cuando un problema hace que los habitantes de Haven persigan sus deseos más primarios, todos deben trabajar para evitar que Haven se desmorone, lo que los distrae de la peligrosa tormenta que se avecina.

Una vez que el juego de Mara queda revelado, Audrey y Nathan buscan un plan para pararla de una vez por todas.

Dwight trata de coordinar los esfuerzos para suprimir el nuevo estallido de Problemas, mientras Dave y Vince se enteran de la verdad sobre las visiones de Dave. Entretanto, Nathan y Duke tratan de calmar a una niña Problemática, y Audrey y Charlotte buscan la fuente del muro de niebla.

El asesino que no deja marcas ataca de nuevo, y Vince y Dwight encubren el asesinato. Entretanto, un Problema basado en la oscuridad está matando gente, y Nathan lleva a un equipo a la central eléctrica para restablecer el suministro de electricidad antes de que sea demasiado tarde. En Halifax, Duke se encuentra con la hija de un viejo amigo que quiere saber si es Problemática.

Nathan no es culpable de la muerte de Kira, pero no puede revelar su paradero sin poner en evidencia el escondite del éter. Mientras Charlotte y Dwight van a rescatar a la mujer, Nathan se somete a un juicio para darles el tiempo que necesitan. Entretanto, la oscuridad se cierne sobre ellos cuando Audrey descubre la persona Problemática responsable de las muertes.

Audrey está atrapada en el mundo del Arenero y obligada a casarse con él, sin recordar nada de su vida real. Entretanto, Duke se encuentra con Seth, uno de los Buscadores del Lado Oscuro, en Halifax y descubre que no se acuerda de Haven ni de los Problemas.

Mientras Charlotte y Audrey tratan de recolectar el éter oculto, descubren que hay un nuevo Problema que las está atacando a ellas y a Nathan y Dwight. Entretanto, Duke y Seth viajan a Carolina del Norte y se contactan con un hombre que, supuestamente, es capaz de expulsar los Problemas.

Las cosas parecen demasiado buenas para ser verdad cuando Nathan y Audrey se topan con un Problema que puede resucitar a los muertos. Pronto traen de vuelta a Charlotte, pero descubren que la resurrección tiene un costo terrible. Entretanto, Dave y Vince salen a cazar al Croatoan.

Nathan se encuentra con un viejo adversario luego de entrar al terrible Vacío. Audrey y Duke lidian con el peligro de una persona recién convertida en Problemática que quiere vengarse. Al mismo tiempo, Dwight trata de ayudar a Vince a liberar a Dave de las garras del Croatoan.

Audrey y Dave tratan a salvar a Nathan del Vacío. Dave lucha por liberarse de las garras mortales del Croatoan.

Después de que Nathan y Dwight capturan a Duke, Nathan trata de llegar a su amigo atravesando el control de Croatoan para que revele dónde está Audrey. Entretanto, Croatoan le explica a Audrey, a quien tiene cautiva, por qué ella es tan importante para sus planes con respecto a los habitantes de Haven.

 Audrey y los otros tratan de utilizar a Vickie para restaurar el núcleo del éter, pero Croatoan envía a Duke para detenerlos. Mientras tanto, Dwight debe elegir si desea ayudar a Croatoan y mantener a su hija Lizzie a su lado... o perderla para siempre.

Mientras Nathan trata de encontrar el camino de regreso a Haven, el plan de Croatoan para hacerse con el cristal falla. Sin embargo, el intento del grupo para atrapar a Croatoan en el nuevo granero no sale bien, forzando a Audrey a tomar medidas desesperadas.