Hace diez años, en la ciudad de Fuyuki, un joven fue atrapado en un infierno masivo que incineró a sus padres y consumió una gran parte de la ciudad; cuando estaba muriendo, un hombre lo salva. Ahora este chico, Shirou Emiya, es un mecánico aficionado que asiste a la escuela en Homurabara Gakuen. Shirou también parece ser bastante mago, pero sus habilidades no están cerca del nivel de su difunto padre. Mientras tanto, la ciudad está empezando a estar plagada de derrames de gasolina y homicidios, y con el sentido de justicia de Shirou comienza a aparecer, ¿qué podría hacer alguien como él?

Shirou le presenta a Saber a Sakura y al único maestro que dice que es un pariente lejano. La maestra prueba las habilidades de Saber para poder defender a Shirou bastante patéticamente, le permite quedarse en la casa con él. Cuando Rin y Archer hablan, él le pregunta por qué no persigue a Shirou, un objetivo fácil de matar. Ella dice que si apareciera frente a ella sin darse cuenta, lo mataría. En la escuela, algunas chicas faltan a la escuela por segundo día consecutivo. Después de la escuela, Shirou se ha quedado para investigar esta desaparición cuando se encuentra con Rin. Rin se enfrenta a Shirou llamándolo idiota por caminar sin hacer nada sin su sirviente y ella lo ataca. Shirou huye de ella y se encierra en un salón de clases. Shirou hace la única magia que conoce y fortifica un escritorio para protegerse contra un ataque de Rin. Toda la escuela está siendo iluminada por estos acontecimientos, todo esto siendo observado por un personaje misterioso en los árboles y el episodio termina.

La batalla está en el punto de inflexión, donde Rin está a punto de ser aplastada por Beserker y Saber no puede salvarla. Como último recurso, Saber decide usar su Noble Phantasm para derrotar a Beserker, sin importar cómo le afectaría. Al darse cuenta de que Saber podría desaparecer de esto, Shirou la obliga a detenerse y decide tomar cartas en el asunto. El avance del personaje de Shirou a medida que encontramos lo que él realmente puede hacer.

Shirou se despierta después de tener otro sueño más del pasado de Saber y claramente se conmueve por lo que sucedió. Esa mañana, durante el desayuno, Ilya es presentada por Rin como otra persona que permanecerá allí por un tiempo y Taiga parece aceptarla bien. Mientras tanto, ha habido noticias sobre incluso más filtraciones de gas, lo que significa que el Maestro en Ryudouji parece estar escalando sus planes. Mientras Shirou, Rin y Saber están planeando qué hacer al respecto, Ilya entra a la sala con una gran cantidad de información sobre este tema.

Shirou, Saber y Rin están en los escalones del templo. Aparece Assassin, él deja que Shirou y Rin pasen y peleen contra Saber. Shirou y Rin pasan por delante de Assassin y, más allá de él, ven a Sakura, vestida con telas bastante extrañas, que parece estar dolorida, ya que está resplandeciendo de rojo. Ella está en un área de arena de pit y mientras se preparan para ir allí, son atacados por detrás de los cuales Shirou nota y bloquea el ataque con las espadas de Archer. Souichirou aparece y Shirou le dice a Rin que siga adelante mientras él lucha contra Souichirou y ella va a rescatar a Sakura. Mientras tanto, la lucha de Saber y Assassin continúa. Se felicitan mutuamente por ser uno de los mejores espadachines que jamás hayan enfrentado y Assassin le dice a Saber que su identidad, Sasaki Kojirou, realmente no existe. Él es fabricado de las mentes de las personas de ser un gran espadachín, por lo que es un alma heroica ficticia. Él dice que no tiene ningún deseo por el Santo Grial por lo tanto; su verdadero deseo es esto, una pelea con un oponente digno. Nos enteramos más sobre el pasado de Rin y Sakura y cómo alguna vez fueron sus mejores amigos. Caster está viendo esta sonrisa diciendo que solo necesita un mago para el sacrificio. Todo parece ir como ella había planeado.

La pelea de Saber con Assassin y la pelea de Shirou con Souichirou alcanza su clímax. Souichirou rompe las espadas de Shirou nuevamente, enviándolo a volar hacia donde están Rin y Sakura y le toca a Saber vencer a Assassin y llegar a tiempo para salvar a todos. Con Sabre todavía afectado por el Noble Phantasm Rule Breaker de Caster, no puede vencer a Caster cuando de repente su lucha es interrumpida por un Servidor desconocido. Parece que Saber está familiarizado con este Sirviente, pero resulta que él es el octavo Sirviente en esta Guerra del Santo Grial. A la luz de la aparición del octavo Sirviente, Saber finalmente revela a Shirou los impactantes eventos de la anterior Guerra del Santo Grial.