Cada miembro de la UAC es parte de una investigación interna sobre los eventos que ya han ocurrido, y en los que la actuación de Hotch está siendo cuestionada. La historia del caso es contada a través de cada uno en sus entrevistas. Cuando El zorrp dijo a Hotch que las cartas que recibió en prisión provenían de George Foyet, el equipo centró su atención en la investigación a Foyet.

En Kansas ha habido una serie de tornados donde han sido encontrados cuerpos de adolescentes desmembrados. La UAC es llamada para investigar. Mientras, JJ está preocupada, ya que su hijo Henry había estado enfermo y quería estar con él

Cuando una banda de ladrones de bancos inicia su último robo en un banco de Washington D.C., la UAC intenta negociar los rehenes con los ladrones, pero las apuestas comienzan a elevarse cuando uno de los suyos se convierte en rehén.

Mientras la UAC continua persiguiendo a los ladrones, el equipo determina que los sospechosos tienen un objetivo más grande en D.C., y con uno del equipo como rehén, tienen que trabajar rápidamente para desactivar una situación explosiva. Además, campanas de boda suenan para JJ, Strauss agradece a Morgan su ayuda y Prentiss toma una decisión sobre su futuro.

Cuando cuatro hombres desaparecen en zonas rurales de Oregón, la UAC busca un vínculo común entre ellos con el fin de localizarlos. Además, JJ se preocupa cuando su hijo Henry le dice que no quiere celebrar Halloween este año.

Cuando varias prostitutas en Miami aparecen asesinadas con un estilo similar al de animales muertos encontrados allí, la UAC debe trabajar con rapidez para encontrar a un sujeto cuya confianza aumenta rápidamente. Además, Morgan intenta aumentar las habilidades atléticas de Reid y le convence para unirse al equipo de softball del FBI. De regreso a Virginia, Hotch recibe la noticia de que ha aparecido en Dallas un hombre con la boca cosida, lo que les lleva a pensar en un imitador de El silenciador.

La UAC viaja a Los Ángeles en busca de un sujeto desconocido que está secuestrando niñeras y a los niños que atienden, en el mismo día cada año.

Cuando JJ y Jefe de Sección de Cruz son secuestrados, el BAU se adentra en la época de JJ en el Departamento de Estado para encontrar pistas sobre su desaparición y descubrir una misión secreta que ahora pone sus vidas en peligro. Cuando el Departamento se niega a dejar que el BAU a investigar más a fondo, se dirigen a la única persona que puede obtener la información necesaria: el ex agente de BAU Emily Prentiss.

El equipo pasa un momento difícil para encontrar un denominador común entre varias víctimas en Montana. Tras la muerte de su hermana, JJ lucha con sus sentimientos.

En el final de la temporada 11 de Mentes Criminales, el equipo es impactado cuando Hotch es capturado por un equipo SWAT y sospechoso de conspiracion. El equipo lucha para probar su inocencia, y sospechan de un complot mayor en el horizonte.

La investigación del secuestro de dos niños perturba profundamente a J.J, que habla con su marido sobre el caso.

El equipo investiga una historia de leyendas fantasmales. Esto sucede cuando dos personas desaparecen en los bosques del Conservatorio del Hombre Muerto de East Allegheny, y un tercero aparece misteriosamente al día siguiente con detalles limitados sobre lo que sucedió sus amigos. Para ayudar con el caso, JJ regresa a regañadientes a su ciudad natal.

Cuando no hay pistas en un caso, el F.B.I. Acude a la Unidad de Análisis de la Conducta.

Las luchas internas de Voit consigo mismo le llevan a un secuestro desesperado. Pero la obsesión de Rossi provoca que el equipo esté más cerca de la verdad que nunca.