Un horrendo asesinato sin motivo, claro M.O., y un punto de entrada indeterminado marcan resemblanza a un asesino de los expedientes X. Como quiera, el expediente X se sitúa entre 1933 y 1963. Mulder y Scully deben seguir y detener a este asesino de 100 años de edad.

Cuando dos cadaveres muy inusuales aparecen en Philadelphia, Mulder y Scully son requeridos para que los investiguen. La investigación conduce a una secretaria cuyo jefe recientemente se suicidó y una fuerza extraña parece protegerla.

Cuando la última transmisión de el Proyecto Nuclear Polo Artico es la de un científico desquiciado diciendo “No somos quienes somos,” Mulder y Scully se hacen parte de un equipo de investigación que es enviado al lugar en Alaska. Cuando llegan, descubren que el descubrimiento de un parásito extraterrestre podría significar peligro para ellos tambien.

Scully tiene un acercamiento con los fenómenos paranormales cuando su padre recién fallecido se le aparece en una visión. Mientras, Mulder se vuelve escéptico cuando un condenado a muerte al que ayudó a enviar a prisión dice poder ver el futuro y le ofrece a los agentes llevarlos hasta un asesino en serie.

Mulder y Scully reciben información de Garganta Profunda sobre un ovni que fue derribado en Irak y ha sido transportado en secreto a los Estados Unidos.

Eugene Tooms, detenido por Mulder y Scully (capítulo Squeeze (1x03)), es liberado del instituto mental y Mulder se involucra personalmente para asegurarse de que sea atrapado antes de conseguir el último hígado humano que necesita para una hibernación de otros 30 años.

Con los Expedientes X cerrados, Scully ha sido asignada como instructora en la Academia del FBI mientras Mulder hace tediosos trabajos de vigilancia. Después de una reunión con el Senador Matheson, uno de sus informantes y mecenas en lo que concierne a los Expedientes, Mulder desobedece órdenes y se dirige a Arecibo (Puerto Rico), donde un mecanismo de búsqueda de vida alienígena se ha activado inexplicablemente.

Cuando varias muertes en una pequeño pueblo están conectadas con la destrucción de aparatos electrónicos, Mulder cree que la gente está siendo manejada para matar con mensajes subliminales a través de los aparatos.

Mulder, de vuelta en los Expedientes X pero solo, investiga una serie de asesinatos vampíricos en Los Ángeles y acaba enamorándose de la mujer que puede ser la principal sospechosa. Es evidente que extraña a la Dra. Scully.

Scully aparece misteriosamente en un hospital en Washington, viva pero en coma, y Mulder debe luchar para mantenerla viva y saber qué le sucedió. Mientras, Scully lucha su propia batalla personal al decidir si quedarse o pasar a la otra vida.

El asesinato ritual de varios adolescentes atrapa a Mulder y Scully en una práctica oculta dentro de la Asociación de Padres de Alumnos de la escuela local y una maestra sustituta con extraños poderes.

Un bebé es encontrado enterrado vivo en la tierra y parece tener defectos de nacimiento resultantes de generaciones de endogamia, llevando a Mulder y Scully a una familia oculta que tiene una historia de hijos incestuosos.

Mulder y Scully tiene que investigar a la secta del Templo de las Siete Estrellas, sospechosa de tráfico de armas y abusos a menores. Mulder localizará más tarde al líder en un búnker, lavando el cerebro de sus esposas para que suiciden... y una de ellas le resulta familiar a Mulder.

Los Tiradores Solitarios desvelan a Mulder y Scully nuevos descubrimientos sobre la vida y obra de El Fumador, que le implican en asesinatos célebres como los de Kennnedy y Luther King.

Scully vuelve a estar en serio peligro de muerte en una de sus investigaciones. Esta vez, el sospechoso es Ed Jerse, que tiene un tatuaje que, en un momento dado, parece tener vida propia...

Cuando un científico se suicida de repente, Mulder y Scully investigan qué fuerza invisible le puede haber conducido a ello. Lo que descubren es un laboratorio donde la experimentación genética extrema ha estado sucediendo desde hace décadas, criando pacientes que poseen poderes inesperados y peligrosos - y que albergan resentimientos profundos.