Polizistin Gwen Cooper kommt einer Geheimorganisation namens Torchwood auf die Spur, deren Mitglieder über mysteriöse Kräfte gebieten. Gwen beschließt, sich ins Hauptquartier von Torchwood einzuschleichen.

Ein sexbessener Alien übernimmt die Kontrolle über den Körper einer jungen Frau. Sie hinterlässt schon bald eine tödliche Spur in Cardiffs Nachtleben.

Die Torchwood-Einheit gelangt in den Besitz eines außerirdischen Artefakts, mit dem kurze Einblicke in die Vergangenheit eines Ortes möglich sind. Dr. Owen Harper kommt so einem Jahrzehnte zurückliegenden Verbrechen auf die Spur.

Vor einiger Zeit wurde Iantos Freundin Lisa von den Cybermen in ein Mischwesen aus Mensch und Maschine verwandelt. Als Ianto versucht, die Metamorphose rückgängig zu machen, hat das schreckliche Konsequenzen.

Jack und Gwen wollen verhindern, dass ein Mädchen von zeitreisenden Feen in ihre Welt entführt wird. Dabei müssen sie mit harten Bandagen kämpfen, denn diese Feen sind weder niedlich noch harmlos.

Innerhalb kurzer Zeit sind 17 Menschen in der Umgebung der Brecon-Beacons-Bergkette in Südwales verschwunden. Das Torchwood-Team fährt in die ländliche Gegend, um die Vorfälle zu untersuchen. Dabei stoßen Jack, Gwen, Owen, Toshiko und Ianto nicht nur sehr schnell auf eine Leiche, sondern auch auf ein menschenleeres Dorf. Im Pub entdecken sie schließlich einen jungen Mann namens Kieran, der sich in Todesangst vor mysteriösen Verfolgern hierher geflüchtet hat.

Owen und Gwen gehen Toshiko und den anderen mit ihrer ständigen Flirterei in der Torchwood-Zentrale gehörig auf die Nerven. Deshalb beschließt Toshiko, sich eine Auszeit in einem Pub zu gönnen. Dort lernt sie eine Frau namens Mary kennen, die von sich behauptet, außerirdische Artefakte zu sammeln. Mary weiß augenscheinlich alles über Toshiko und das Torchwood-Institut. Den Grund dafür präsentiert sie Toshiko in Gestalt eines kleinen Anhängers, der seinem Träger telepathische Kräfte verleiht.

Als am Tatort eines grausamen Doppelmordes das Wort 'Torchwood' an die Zimmerdecke geschmiert wird, ruft das die Spezialisten vom gleichnamigen Institut für Paranormales auf den Plan. Anhand einer Haarprobe finden sie heraus, dass der Mörder offenbar mit der Droge 'Retcon' in Berührung gekommen ist, mit der Torchwood das Gedächtnis unliebsamer Zeugen zu löschen pflegt. Leider kommen damit immer noch über 2000 Menschen als Täter in Frage. Um die Suche nach dem Mörder abzukürzen, schlägt Gwen vor, den Wiederbelebungshandschuh zu verwenden.

Der junge Eugene Jones wird Opfer eines Unfalls mit Fahrerflucht. Danach ist Eugene zwar körperlich tot, doch sein Geist ist noch äußerst lebendig. So kann er vor Ort miterleben, wie das Torchwood-Team am Unfallort eintrifft und mit der Untersuchung beginnt. Da Eugene zeitlebens außerirdische Artefakte gesammelt hat, liegt für Gwen und ihre Kollegen der Schluss nahe, dass Aliens auch bei seinem Tod ihre Finger im Spiel hatten. Im Laufe ihrer Ermittlungen stellt Gwen fest, dass Eugene als Kind ein Objekt geschenkt bekam, bei dem es sich um das Auge eines Außerirdischen gehandelt haben könnte. Die Kette unglücklicher Umstände, die zu Eugenes Tod führte, begann, als der junge Mann sich entschloss, das Auge in einer Internet-Auktion zu versteigern. Dabei erregte Eugene ungewollte Aufmerksamkeit bei der falschen Art von Interessenten.

Ein aus dem Jahr 1953 stammendes Flugzeug wird durch den Riss in die Gegenwart geschleudert. Das Torchwood-Team wird damit betraut, sich um die drei Menschen an Bord zu kümmern und ihnen die Eingewöhnung in der neuen Zeit zu erleichtern.

Jack Harkness verfolgt einen Weevil, ein humanoides, aber nicht besonders intelligentes Wesen mit messerscharfen Zähnen, durch die Straßen von Cardiff. Zu seiner Verblüffung entkommt ihm der Weevil, als einige maskierte Männer das Wesen in einen weißen Transporter scheuchen und mit ihm davonbrausen. Zurück im Torchwood-Institut wird Jack mit weiteren beunruhigenden Nachrichten konfrontiert.

Während einer Routineuntersuchung in einem verlassenen Tanzlokal geraten Jack und Toshiko in einen Riss im Raum-Zeit-Kontinuum und werden ins Jahr 1941 geschleudert. Großbritannien befindet sich mitten im Krieg, und das Lokal dient als Soldatenunterkunft. Hier treffen die Besucher aus der Zukunft auf den echten Captain Jack Harkness - den Mann, dessen Identität Jack nach dessen Tod angenommen hat.

In aller Welt häufen sich UFO-Sichtungen und andere paranormale Phänomene und versetzen das Torchwood-Team in helle Aufregung. Schnell wird klar, dass die Störungen im Gefüge der Realität von einem bestimmten Ort ausgehen: nämlich vom Cardiff-Wurmloch, das begonnen hat, sich unkontrolliert auszudehnen.

Captain Jack Harkness taucht in letzter Sekunde wieder auf, um sein Team bei einer Geiselnahme zu retten. Kurze Zeit später taucht allerdings ein weiterer Captain auf - Captain John Hart, ein ehemaliger Partner von Jack. Der bittet seinen Kollegen um Hilfe. Drei Behälter mit gefährlichem Inhalt sind auf die Erde gelangt, die John aufspüren muss. Das Team hilft ihm, doch ist alles wirklich so, wie es scheint? Oder spielt John ein falsches Spiel?

Bei einem Einbruch ins Haus eines Ehepaars wendet sich plötzlich das Blatt und die Einbrecher werden auf schreckliche Weise umgebracht. Nur die Ehefrau Beth scheint keinerlei Verletzungen davongetragen zu haben, was das Torchwood-Team sofort auf den Schirm ruft. Sie vermuten, bei der Frau handele es sich um eine Außerirdische. Bald darauf finden überall in Cardiff weitere Anschläge statt. Kann Beth ihnen helfen?

Der britische Soldat Tommy Brockles ist der Schlüssel. Allerdings weiß keiner genau, wofür eigentlich. Im Jahr 1918 wurde Tommy von Torchwood eingefroren, mit dem einzigen Hinweis, dass er irgendwann ins Jahr 1918 zurückgeschickt werden müsse, um die Welt zu retten. Während der jährlich stattfindenden Routineuntersuchung von Tommy scheint plötzlich seine Zeit gekommen zu sein. Jack kennt jedoch das grausige Schicksal, das Tommy bei seiner Rückkehr erwartet.

Ein LKW von Rhys Williams' Firma verunglückt auf der Straße. Bei der Untersuchung der Unglücksstelle sieht Rhys seine Freundin Gwen unter den anderen Torchwood-Mitgliedern. Da er ihren wahren Beruf nicht kennt, ist er verwirrt und hängt sich an ihre Fersen. Bei dieser Aktion wird er allerdings von zwei Männern geschnappt und in eine Lagerhalle gebracht. Dort wartet ein riesiger außerirdischer "Wal" auf ihn, den die Männer als unerschöpflichen Fleischproduzenten missbrauchen. Schneiden sie ein Stück ab, wächst es wieder nach. Eine grausame Goldgrube.

Durch den Cardiff-Riss gerät das Alien Adam auf die Erde. Adam besitzt die Macht, Erinnerungen zu verändern, was das Torchwood-Team sogleich am eigenen Leib erfahren muss. Adam pflanzt ihnen ein, dass er schon lange zum Team gehört. Als Ianto misstrauisch wird, sorgt Adam dafür, dass sich Ianto für einen Mörder hält. Der verzweifelt fast an seinen Erinnerungen, aber Jack steht ihm bei und versucht, der Wahrheit auf die Spur zu kommen.

Martha Jones, eine alte Freundin von Jack und ehemalige Begleiterin des Doktors, taucht bei Torchwood auf. Mittlerweile arbeitet sie als Ärztin für die internationale Organisation UNIT, die derzeit eine Reihe eigenartiger Todesfälle untersucht: Ein neues Medikament auf dem Markt verspricht, bislang unheilbare Krankheiten zu kurieren, doch wer das Medikament zu sich nimmt, stirbt auffällig oft eines unnatürlichen Todes.

Nach Owens Tod will sich das trauernde Team bei seinem Kollegen verabschieden. Jack besorgt dafür einen weiteren Auferstehungshandschuh von den Weevils. Doch bei der Auferstehung scheint etwas schief gelaufen zu sein und Owen erscheint wieder quicklebendig. Allen Körpersignalen nach ist er aber tot. Als lebender Toter hat er zudem das Gefühl, dass etwas in der Dunkelheit auf ihn wartet. Auch die Weevils scheinen plötzlich voller Ehrfurcht vor ihm zu sein.

Der Alltag eines lebenden Toten erweist sich für Owen als äußert zäh. Als er auf dem Dach eines Gebäudes Maggie trifft, die sich runterstürzen will, berichtet er ihr von seiner Leere. Zudem hat Jack ihn von seinen Aufgaben entbunden und durch Martha ersetzt - was soll er da den ganzen Tag machen? Doch dann scheint Owens lebloser Körper für Torchwood doch noch äußert nützlich zu werden.

Bei der Verfolgung eines Aliens wird Gwen in den Arm gebissen. Die Auswirkung dieser Attacke zeigt sich allerdings erst am Tag ihrer Hochzeit: Plötzlich scheint Gwen hochschwanger. Das Alien hat ihr offenbar einen Embryo eingepflanzt, und Gwen dient nun als Wirt. Rhys verspricht ihr, die Hochzeit trotzdem wie geplant durchzuführen. Doch unter den Gästen lauert die Mutter des Alienbabys - und die will ihr Kind zurück.

Ein altes Kino wird als Museum wieder eröffnet. Das Torchwood-Team ist bei einer Filmvorführung dabei. Doch im Film gehen seltsame Dinge vor sich: Die Szenen scheinen immer wieder von Aufnahmen einer Artistengruppe unterbrochen zu werden. Plötzlich treten zwei der Artisten aus der Leinwand heraus. Bald darauf wandeln die Menschen in Cardiff zwischen Leben und Tod wankend durch die Straßen.

Eine Reihe von Menschen scheint spurlos verschwunden zu sein. Gwen will der Sache auf den Grund gehen und erhält von allen Unterstützung, außer von Jack. Der weigert sich, ihr zu helfen und befiehlt ihr sogar, die Sache ruhen zu lassen. Gwen lässt sich nicht umstimmen und stößt bald darauf auf Hinweise, die Jack mit dem Verschwinden in Verbindung bringen.

Das Team spürt Signale einer unbekannten Lebensform auf und macht sich auf die Suche nach der Quelle. Nur Gwen ist zu spät und bleibt zurück. Das Signal führt sie in ein verlassenes Gebäude. Plötzlich explodiert das Gebäude und verteilt die Mitglieder auf unterschiedliche Räume, ohne die Möglichkeit, sich zu kontaktieren. Gwen und Rhys erreichen das Gebäude und versuchen, jeden einzeln zu befreien. Während der Rettungsaktion lässt jedes Mitglied die Anfänge seiner Zeit bei Torchwood vor dem geistigen Auge Revue passieren.

Gary will sich an seinem Bruder Jack rächen. Jahrelang war er Gefangener einer Alienrasse, wofür er Jack die Schuld gibt. Er lässt überall in Cardiff Bomben hochgehen, woraufhin in der Stadt Chaos auszubrechen droht. Dann lässt er Jack ins Jahr 27 n. Chr. entführen. Hier will er Jack bei lebendigem Leib an dem Ort begraben, an dem später Cardiff entstehen wird.

Um 8:45 Uhr hält plötzlich jedes Kind auf der Welt inne und wiederholt immer wieder die Worte "Wir kommen". Während der Untersuchung stehen das verbliebene Torchwood-Team vor größeren persönlichen und beruflichen Herausforderungen als je zuvor, da sie mit reduzierter Mannschaftsstärke arbeiten müssen.

Torchwood wird gezwungen, unterzutauchen, da die Regierung schnell und brutal vorgeht. Während Mitglieder des Teams gejagt werden, besitzt nur Lois den Schlüssel zur Rettung von Torchwood - doch sie ist machtlos, während ihre Vorgesetzten Pläne für die geheimnisvolle Etage 13 schmieden.

Die Augen der Welt richten sich auf Großbritannien, als die 456 verkünden: "Wir sind hier". Während eine Feuersäule über London niedergeht, müssen die Mitglieder von Torchwood um den Schutz ihrer eigenen Familien kämpfen, da der Kampf persönlich wird. Doch werden Clem's Erinnerungen alles zerstören?

Torchwood erfährt endlich die Wahrheit über die Ereignisse von 1965. Doch Großbritannien ist in Gefahr, zu einem Unrechtsstaat zu werden, und alles dreht sich nun um John Frobisher, während der Botschafter der 456 seine alten Bündnisse zerstört und seine wahren Absichten offenbart.

Torchwood ist wehrlos und Gwen Cooper steht alleine da, als die letzte Maßnahme beginnt. Während Gewalt ausbricht und die Welt in Anarchie versinkt, wird ein gewöhnlicher Wohnblock zum Schlachtfeld, auf dem über die Zukunft der Menschheit entschieden wird.