住在湖畔浮岛地区神社的更衣小夜是私立三荆学园的女高中生。在神主的父亲・唯芳的帮助下，附近的咖啡・Gimobu的七原文人吃了早饭，在学校〓优花和双胞胎的求卫的，委员长浦总逸树，沉默寡言的时候度过着与真慎一郎们的学园生活的每天。回家后，传闻唯芳在吉祥八卦上出现了“古物”。小夜为了完成讨伐‘古老之物’的‘任务’而拿起御神刀——。

手持御神刀与“古物”战斗的小夜里，作为普通的女高中生维持日常生活的文人交给了名为“Gimobu”的点心。触感与什么相似着迷。在学校的午餐时间，被说成是接吻的触觉的小夜，脸红起来。回到家后，唯芳在神社的保管库中翻开旧文献，传闻所谓“古物”就是吃人的东西，小夜的母亲也告诉他，与之战斗而丧命。小夜重新发誓要守护大家，朝着“古老之物”狩猎而奔跑——。

唯芳担心地看着受文人启蒙而制作煎鸡蛋的小夜。那样的微笑的早上，在上学路上看见了小狗的小夜纠缠那个迟到，担任理科室整理的筒鸟香奈子帮忙的事。据说在和等待着小夜的大家一起回家的路上，顺道去了咖啡厅·吉莫布，在那里出现了警察，正在寻找黄莺商店的店主。回到神社，从唯芳那里听说出现了“古老的东西”。向着那个地方走去，一辆旧电车来了——。

位于商业街的黄莺商店店主不见了的传闻静静地在浮岛地区蔓延着。小夜知道真相后，虽然无法对人说，被‘古老的东西’吞噬了的事情，但文人的温柔和关怀鼓励着小夜。然后小夜向着战斗的场所奔跑。新的“古老的东西”在湖畔袭击着人们。小夜为了帮助它而奋斗。但是敌人是复数。并且为了做联合去掉了的运动，小夜成为了防战一方——。

虽然小夜遭受了严重的头痛袭击，但‘古老的东西’并不会选择出现的时候。在雾中，小夜与“古老之物”作战，但却被读出攻击而迎来了危机。小夜虽然受了伤却成功地讨伐了，但还是很在意‘古老的东西’中留下的遗言。在夏天的雨中，在学校的自习时间里，根据猫的提案，鬼故事被进行了。于是，在听香奈子讲述的关于浮岛地区的怪谈中，小夜受到了严重的头痛的袭击，伴随着雷鸣失去了意识——。

担心倒下的小夜而造访了浮岛神社的求卫仪式，在那里出现了‘古老的东西’。小夜打算守护那个……。经过多次战斗，小夜的身体和心灵都受到了伤害，但是大家都担心推着小夜去学校后就失踪了。从学校放学回家的路上，双胞胎的求卫出现了。追问着小夜的翅膀去了哪里，如果是小夜的话应该知道吧，但是那个影子摇晃着，开始无差别的袭击街上的人们——。

与〈古物〉的战斗将小夜亲近的人类卷入其中。激烈的战争后，小夜出现在消沉受伤的小夜面前，小狗这样说道。约好要保护大家的是谁呢，让我想起这些。然后直到实现愿望的那一刻为止。小夜一听到这句话，就失去了意识。是梦还是现实醒来发现小狗不见了。清晨，面对学校的小夜唯芳递交了御神刀。在这样的小夜前，‘古老的东西’出现了——。

从学校回家的路上，小夜与“古老的东西”作战，艰苦战斗，却取得了胜利。但是，在那个场合时真慎一郎出现。在被伤口和血沾满污秽的小夜里，慎一郎抱着希望他能诉说一切，宣告自己是特别的存在。并且小夜所说的‘古老的东西’的存在也相信着。回到家的小夜发现唯芳倒在神社里，唯芳说，不用担心。三天后，在休学开放的三荆学园的校园里，出现了“古老的东西”的身影——。

突然出现，袭击了三荆学园二年B班的，一个接一个地吃着逃跑迷惑的小夜的同班同学们。小夜独自奋斗，无法阻止“古老之物”，目击到同班同学死去的样子。虽然想方设法阻止了‘古老的东西’，但那凄惨的结果只能只是大声疾呼。那样的中，把那个做为扳机在小夜中什么打算觉醒。那天晚上，时真慎一郎出现在浮岛神社。

失去同班同学的夜晚，唯芳告诉唯芳不知道母亲的名字。走投无路的小夜前，突然出现了“古物”，向小夜袭击。但是，听到那个声音赶来的时候真慎一郎却遭到了“古老的东西”的袭击。小夜总算是打倒了“古老的东西”，但却被剧烈的头痛袭击而倒下了。第二天，筒鸟香奈子拜访了小夜的身影。香奈子拜托小夜给浮岛神社看保管的旧书。

小夜眼前出现的令人意外的人物。那是本应被‘古老之物’吞噬的，去求卫吧。二人与香奈子一起，迫近小夜打算停止茶番。无法理解事态的小夜只是一片混乱，然后又遭受了剧烈的头痛。甚至时真慎一郎也出现了，开始讲述浮岛地区和小夜相关的真相。现在，主人公·更衣小夜被封印的记忆，包围她的临时世界的谜被揭开——。

当所有的谜团解开时，出现在小夜面前的是咖啡厅吉莫布的店主七原文人。害怕文人的香奈子们，主要分配角色。小夜喘息于记忆的冲击之大。在这样的小夜旁边，香奈子等人受到文人呼唤的巨大“古物”的袭击。小夜为了保护她们而奋斗。但是小夜的愿望被虚幻夺走的生命。而阻挡在小夜面前的最后一首“古物”，就是深爱的父亲——更衣唯芳。更衣小夜最后的战斗开始——。

东京冬天，由于青少年保护条例对未成年人的夜间外出与网络使用的限制，少年们为了追求自由，在背地里持续战斗着。在这其中，有一个名为“萨拉特”的组织存在着。他们的目的是，要挑战在政治财经界拥有巨大势力、事实上支配着整个东京的人物——七原文人。在以网络为武器，收集有关于文人的情报的途中。

他们发现了文人背后的秘密组织“塔”，正实行着对人体做试验的罪行这个事实。为了曝光“塔”的黑幕，“萨拉特”的成员正在地铁里布下陷阱之时，突如其来的异形之物出现，并且袭击了乘客。在这一危机中，手持日本刀与“古物”战斗的少女——小夜现身了。这是在浮岛地区所发生的可怖的事件中，失去了一切的小夜。而另一方面，文人与“塔”采用“古物”正在作一种“实验”。最后因复仇，小夜与文人展开了最终的战斗。

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