John Dorian, J.D. pour les intimes, est un beau garçon amusant qui ne se prend pas au sérieux, un gars adorable qui aurait confiance en lui si seulement il avait conscience de ses atouts. Trois ans d'études médicales l'ont préparé à son premier jour comme interne à l'hôpital du Sacré-Cœur — ce qui ne l'empêche pas de paniquer...

Bien qu'ils soient colocataires, J.D. et Turk sont ravis de se séparer en arrivant à l'hôpital. Après de longues heures de garde auprès d'un patient dans le coma, J.D. et Elliot sont sur le point de se donner leur premier baiser. C'est l'instant que choisit le Dr Cox pour entrer dans la chambre...

L'un des patients d'Elliot, Jared, atteint d'une leucémie, émet un souhait inhabituel, celui de voir les seins d'une femme en chair et en os. Avec l'accord de J.D., Elliot lui montre ses seins, ce qui a pour effet d'améliorer l'état de Jared...

Maintenant que J.D., Turk et Elliot ont pris leurs marques à l'hôpital, ils ont tendance à devenir un peu trop sûrs d'eux. Mais l'arrivée d'un rival, Nick Murdoch, un autre interne, aussi à l'aise qu'ils le sont, va leur apprendre qu'une trop grande assurance cache souvent un terrible manque de confiance en soi...

Durant une rare pause déjeuner, J.D. et Turk vont faire un tour au club de strip-tease du coin. Mais une équipe de télé et une poignée de manifestants réclamant la fermeture de l'établissement les empêchent d'entrer. Alors que les deux compères tentent de se tirer d'affaire en expliquant qu'ils sont de leur côté, le caméraman s'évanouit...

Alors que J.D., Chris et Elliot commencent à prendre de l'assurance, l'arrivée d'un nouvel interne, Nick Murdoch, remet tout en question...

C'est la veille des vacances de Noël et une humeur de fête règne à l'hôpital. Pourtant, au milieu de tout ce bonheur, un être souffre. J.D. vient en effet d'apprendre qu'il doit non seulement passer les fêtes à l'hôpital mais également assister à l'anniversaire du Dr Cox pour réaliser un film souvenir...

La tension est plus que jamais palpable à l'hôpital. Le Dr Cox a en effet décidé de ne plus voir aucun de ses patients décédés durant les dernières heures de sa garde de la journée...

La gêne entre J.D. et Elliot a pris une telle ampleur que leur présence simultanée dans une même pièce tient désormais de l'exploit...

Maintenant qu'ils sont dans le service depuis plusieurs mois, les internes doivent prendre en charge et former leurs propres étudiants...

Les parents de tous les internes sont invités à l'hôpital pour visiter le lieu de travail de leur progéniture. Cette visite n'est pas au goût de J.D. ni d'Elliot... il va pourtant falloir passer toute une journée en leur compagnie...

L'ambition de Turk commence à énerver de plus en plus son colocataire, J.D. Surtout lorsqu'il commence à faire des plaisanteries douteuses sur les patients de J.D...

Le frère de Jordan est admis au Sacré-Cœur après s'être accidentellement blessé avec une arme. Heureux de retrouver son vieil ami, le Dr Cox invite Ben à boire un verre dès sa sortie. Convié à se joindre à eux, J.D. est des plus heureux. Mais lorsque la main de Ben se remet à saigner, ils décident de retourner à l'hôpital pour faire d'autres examens...

Suite aux révélations de Jordan, tout le monde s'ignore. J.D., qui a couché avec l'ex-femme du Dr Cox craint évidemment la réaction de son supérieur. Elliot évite désespérément J.D., elle a du mal à vivre leur rupture et se cache maladroitement dès qu'elle le croise...

Carla et Elliot se découvrent enfin des points communs en préparant une vielle dame à une implantation de prothèse mammaire. Le Dr Kelso, de son côté, lance une compétition au sein de l'hôpital : celui qui rédigera la meilleure étude de cas aura le privilège d'assister à une conférence à Reno. J.D. rédige une étude, sans en informer son mentor, le Dr Cox. Il s'agissait pourtant d'un de ses patients...

J.D. reçoit la visite de son frère aîné Dan. Si la tension est palpable entre eux, Elliot fait de son mieux pour les réconcilier, ce qui n'est pas chose facile. Turk, de son côté, se sent responsable du décès d'un de ses patients. Le Dr Cox tente de le convaincre de ne pas mettre trop de sentiments dans son travail...

Rien ne va plus entre le Dr Cox et Julie Keaton, la représentante la plus sexy de toute l'industrie pharmaceutique. Il a beau être le seul à la rejeter, il pourrait bien tomber sous son charme...

J.D. s'entiche d'une vendeuse très attirante. Ils finissent par sortir ensemble. Tout se déroule à merveille jusqu'au premier baiser... Le Dr Cox est plus que préoccupé par la grossesse de Jordan. Même s'ils finissent par s'installer ensemble, leur relation est de plus en plus tendue...

Eliott et J.D. reprennent leurs ébats amoureux mais ils réalisent que ce n'est pas forcément la meilleure chose pour leur amitié. Ils se rendent compte, néanmoins, qu'ils ne peuvent plus se passer l'un de l'autre. L'amitié prendra-t-elle le dessus sur leur appétit sexuel mutuel ?

Turk parvient finalement à demander Carla en mariage à son retour de Chicago et des funérailles de sa tante. Pour convaincre ses réticences, il invite son frère ainé. Il devra prouver à Carla que Turk est un homme dévoué et apte à fonder un foyer. Mais ce stratagème n'a pas les effets escomptés...

Turk connaît des soucis professionnels. Il a maladroitement soigné un de ses patients qui risque des complications, et, dans la même journée, blessé accidentellement un automobiliste en jouant au mini golf avec J.D...

J.D. découvre les raisons qui ont poussé Dr Cox et Jordan de se séparer la première fois, ou plutôt la personne : le Dr Fisher. Proche de J.D., à son arrivée à l'hôpital, il suscite la méfiance du Dr Cox. J.D. hésite par ailleurs à avouer au Dr Cox qu'il est le père de l'enfant que porte Jordan, ce qu'elle lui a jusqu'alors caché...

Le Dr Cox, pour aider sa fille, fait l'expérience du baby-sitting et Turk est tiraillé chaque nuit par des rêves érotiques, J.D. tente de jongler entre sa vie professionnelle et son idylle avec la veuve qu'il a rencontrée à l'hôpital, elle était encore au chevet de son mari le jour de leur rencontre...

J.D. et Turk reçoivent la visite d'un de leur camarade de lycée, Spence, qui désirait visiter l'hôpital. La venue de ce riche banquier fait prendre conscience à nos deux internes des efforts quotidiens qu'ils doivent fournir dans leur travail. Ont-ils fait le bon choix ?...

Un accident avec sa voiture et une brouille avec Sean, mène Eliott à penser que rien de bon ne lui ait arrivé depuis ces trois années passées au Sacré-Cœur. Entretemps, JD est au prise avec un patient qu'il ne parvient pas à diagnostiquer convenablement, ce qui lui attire les railleries du Dr Cox...

L'amitié entre Tuck et JD est remise en question lorsque Tuck emmène les Todd dans le bar où ils se sont rencontrés. Il hésite à entamer une nouvelle relation avec une autre personne...

Sean est étonné d'apprendre la liaison qu'ont eu Elliott et JD. Son étonnement se transforme en colère lorsqu'il découvre que JD a toujours des sentiments pour Elliot...

Avec le départ de Sean pour un séminaire, Elliott se retrouve célibataire une semaine. JD réalise alors qu'il ne l'a pas oublié...

Dan décide de rester auprès de JD pour un certain temps après que leur nouveau beau-père l'ai mis à la porte. Mais il réalise à quel point son frère est devenu cynique...

JD fait la connaissance de la mystérieuse Danni dans un ascenseur. La jeune femme lui confie rapidement ses déboires amoureux et JD ne peut s'empêcher de lui parler de sa relation complexe avec Elliott. Marc, le frère de Carla, qui passe quelques jours avec sa sœur, n'a toujours pas pardonné à Turk de l'avoir pris pour un voiturier. Turk voudrait bien se faire pardonner mais Marc parle exclusivement espagnol.

Elliott éprouve des difficultés à utiliser des termes qu'un médecin doit pourtant dire plus d'une fois par jour...

Eprouvant des difficultés à former ses internes, JD fait appel à Elliot pour l'aider. De son côté, le Dr Cox trouve un pédiatre idéal pour son fils et qui lui ressemble en tous points : le Dr Norris...

JD tente de rompre avec Danni, mais elle le devance quand elle réalise qu'elle passera toujours après Elliott...

Turk demande à JD d'être son témoin. Quoi de plus normal pour les deux meilleurs amis. Mais une malheureuse conversation téléphonique vient tout remettre en cause...

Ben, le demi-frère du Dr Cox est atteint d'un cancer depuis deux ans. Lorsqu'il revoit Cox, il lui apprend qu'il n'a jamais consulté de médecin depuis l'annonce de la terrible nouvelle...

JD doit garder secret ce que Carla lui a confié. Mais cela va lui être très difficile...

JD ne parvient pas à oublier sa nuit passionnée avec Elliott.. Même lorsqu'il revoit Danni...

JD sait qu'il a fait une erreur en avouant à Elliot qu'il était amoureux d'elle...

L'hôpital du Sacré-Cœur accueille un nouveau médecin, la psychologue Molly Clock, sujette à des moments d'égarement. JD, que le Dr Clock appelle Johnny, entame sa dernière semaine d'internat et doit s'habituer à diagnostiquer seul ses patients quand il sera officiellement médecin. Turk et Carla, revenus de lune de miel, se rendent compte que le mariage est fait de concessions.

Apprendre soudain qu'ils sont toujours mariés sème la discorde entre Perry et Jordan, filant le parfait amour divorcés. Après une opération ratée, Turk perd confiance en lui. A l'inverse, JD, promu co-chef des internes, jouit pleinement de son statut de responsable. Pendant ce temps, Molly continue de distiller ses conseils psy à tout l'hôpital...

Elliot découvre que la vie de Molly est loin d'être aussi parfaite qu'on pourrait le supposer. Quant à Carla, réveillée toutes les nuits par Turk, elle tente de trouver un arrangement avec lui...

A peine remis de la mort de son père, JD surprend son frère Dan flirter avec Elliott. Pour briser le couple, Turk lui conseille de jouer l'homme au cœur blessé. Le docteur Kelso ne parvenant pas à soutirer illégalement des antidépresseurs au psychiatre, qui arpente les couloirs arborant un optimiste désarmant le docteur Cox à chaque passage ; l'un et l'autre s'allient pour miner le moral de Molly.

Neena Broderick, dont la réputation d'avocate requin précède le personnage autoritaire et sexy, fait pression sur JD pour que son père, hospitalisé, bénéficie des meilleurs soins. Et pendant que Turk met tout en œuvre pour éviter un patient hypocondriaque, Elliott tente de trouver une nouvelle orientation professionnelle pour Doug...

J.D. prend les choses en main pour retrouver un parent de son patient favori. Pendant ce temps, Elliot en a marre de ne pas être prise au sérieux. Elle découvre alors qu'elle peut obtenir ce qu'elle veut grâce à sa féminité et à l'aide de Carla et de Jordan...

Elliot commence à présenter J.D. comme le médecin le plus calme et le plus compétent. Pendant ce temps, une rencontre entre le concierge et Ted finit par un concours de chant a capella. Quant à Turk, il finit par prendre plus au sérieux son diabète lorsqu'il prend conscience des conséquences de sa maladie...

Un homme, blessé au cours d'une bagarre dans un bar, donne une leçon à Turk et J.D. sur la façon de vivre sa vie le plus intensément possible...

Une alerte au virus diffusée dans les médias pousse de nombreuses personnes à consulter au Sacré-Cœur. En rencontrant son auteur de série préférée parmi les patients, JD laisse Elliot seule à la tâche et s'imagine sa vie à l'hôpital à travers les caméras d'une sitcom ; un monde idéal sans mauvaises nouvelles...

Alors que JD est jeté hors de l'appartement, Turk et Carla essayent de raviver la romance dans leur couple. De son côté, Cox a des raisons de croire que le fils d'un de ses amis est autiste.

J.D. se tourne vers le docteur Clock à la suite du désintérêt de Kylie. De son côté, Carla enrage de voir Turk appeler si souvent une ancienne petite amie.

J.D. sort Carla pour lui changer les idées, mais ils boivent trop et finissent par s'embrasser. Alors que le docteur Cox reçoit un marteau par accident, Elliot a des problèmes avec un patient qui a pris des pilules pour la forme.

Entreprendre une thérapie de couple avec Carla n'est visiblement pas la solution pour Turk ; par conséquent, JD décide de déménager pour les laisser tranquille. Ce dernier prend d'ailleurs une véritable leçon d'humanité auprès d'une patiente âgée en fin de vie et de son voisin de pallier qui fait craquer Elliott...

L'internat s'achève et d'importants changements se profilent pour les médecins du Sacré-Cœur. Ainsi, JD déménage pour s'installer seul dans un appartement et Elliott passe un entretien pour changer d'hôpital...

JD est maintenant médecin titulaire et goûte à ses nouvelles responsabilités en accueillant ses internes en chef sympa, mais le docteur Cox encourage ces derniers à lui désobéir. Dans un autre hôpital, Elliott tente de s'acclimater mais ne peut s'empêcher de revenir au Sacré-Cœur. Pendant ce temps, Carla essaie d'avoir un enfant avec Turk...

En préparant son anniversaire, J.D. retrouve une liste de choses qu'il voulait faire avant ses trente ans. Il commence par s'inscrire à un triathlon. Pendant ce temps, Elliot découvre un nouvel aspect de Jake qui l'inquiète. Quant à Turk, il accepte d'opérer un patient hypnotisé plutôt qu'anesthésié dans le but d'impressionner ses supérieurs...

J.D. se méprend sur la cause de la joie d'une vieille femme, croyant qu'elle veut arrêter son traitement. De leur côté, Turk et Elliot tentent de découvrir la cause des douleurs d'un patient. Quant à Carla, elle a bien du mal à organiser la photo de groupe annuelle

Comme dans le magicien d'Oz, J.D. tente de retourner chez lui et Turk est à la recherche d'un nouveau cœur pour un patient. Pendant ce temps, Carla a peur de ne pas avoir le courage de devenir mère, tandis qu'Elliot pense qu'elle n'a pas assez de cervelle pour mener une session de questions-réponses à l'hôpital. Le concierge, quant à lui, tente de rendre la circulation dans l'hôpital plus aisée

Lorsque J.D. rencontre Julie et tombe sous son charme, Elliot tente de l'aider grâce à quelques conseils. De son côté, Carla cherche à faire ressortir le côté doux du docteur Cox lorsque celui-ci refuse d'embrasser son fils. Pendant ce temps, Turk et le concierge montent un groupe pour gagner un concours, mais Kelso leur met des bâtons dans les roues

J.D., qui n'a pas encore surmonté sa récente rupture, a une folle envie de tuer Keith, soudainement devenu l'interne parfait et donc parfaitement détestable. De plus, l'un des patients favoris de l'équipe est dans le coma. Alors que le concierge et le docteur Cox gèrent la nouvelle en allant boire au bar, Turk suggère à J.D. et à Elliot de se trouver des connaissances pour éviter les nuits solitaires...

J.D. et le docteur Cox passent par les cinq stades de la tristesse lorsque l'un de leurs patients préférés va de plus en plus mal. De son côté, Carla oblige Turk à venir à des soirées entre couples. Quant à Ted, il a finalement un moyen de renverser la situation et de se venger du docteur Kelso après que celui-ci l'a renversé avec sa voiture

J.D. propose aux médecins de faire des choses spéciales pour leurs patients, mais lui-même n'est plus sûr de pouvoir se raser la tête pour une personne qui est sous chimiothérapie après avoir rencontré une femme qui aime bien ses cheveux. De leur côté, Carla et Turk tentent d'être moins stressés pour avoir de meilleures chances de devenir parents, mais leur travail les en empêche...

Turk découvre que Carla attend un bébé avant qu'elle-même ne s'en aperçoive. J.D. lui conseille d'avertir tout le personnel de l'hôpital pour faire la surprise à Carla. Mais quand il découvre que Carla veut annoncer la nouvelle elle-même, Turk doit rattraper sa gaffe...

Dan, le frère de J.D., vient faire une visite surprise à l'hôpital, et Elliot découvre que J.D. lui a dit qu'elle l'appréciait toujours. De leur côté, Carla et Turk paniquent lorsqu'ils commencent à évoquer des noms de bébés. Quant au docteur Cox, qui a insulté le fils du docteur Kelso, il est obligé d'aider Ted dans son travail d'avocat de l'hôpital...

JD essaie d'inviter à déjeuner le docteur Cox, mais en vain ; celui-ci est davantage préoccupé par ses trois patients en attente de greffe. Dans le service, Elliot et Carla découvrent que Todd a menti au sujet de ses conquêtes féminines...

Le docteur Cox déprime et se met à boire suite au décès de ses trois patients greffés. Carla mobilise ses collègues pour le soutenir. Étonnamment, JD est le seul à s'y soustraire. En chirurgie, Turk a des difficultés à se faire au sentimentalisme du docteur Stone...

JD fait un drôle de pari avec une femme urologue, Kim Briggs. L'enjeu ? Un patient qui a besoin d'une intervention chirurgicale risquée... Loin de ces préoccupations Elliott songe sérieusement à se séparer de Keith mais Carla, très sensible depuis qu'elle est enceinte, refuse cette possibilité

J.D. dit à tout le monde qu'il va être papa. Quant au Dr Cox, il se prépare pour un second bébé. Turk et Carla attendent eux aussi un enfant, alors qu'Elliott se lamente car elle est la seule de l'hôpital à ne pas en avoir

Carla est en plein travail et Turk est très excité car son bébé va naître. Mais manque de rater la naissance... Pendant ce temps, J.D. et Kim imaginent leur avenir et celui de leur futur bébé...

Elliot délègue de plus en plus souvent le soin de s'occuper de ses patients à d'autres car elle veut gagner plus d'argent en travaillant à son compte.

Une patiente a un grave problème : elle entend les gens chanter. Tous vont se mettre alors à pousser la chansonette ! Carla chante son envie de reprendre le travail, J.D. et Turk chantent leur amitié...

Un docteur Croate débarque au Sacré-Cœur pour y faire son internat. J.D. développe une syncope vagale et Turk et Elliott se battent pour savoir lequel des deux va s'occuper de lui...

Alors que le soldat Dancer quitte l'hopital, les militaires l'informent que son comportement a été trop injurieux pour qu'il soit réintégré dans le service. Il tombe alors en dépression.

Suite à un accident de la route, l'infirmière Laverne tombe dans le coma.

Jordan se mêle de l'histoire que vivent Elliott et Keith. Ted tente de règler un conflit sur une question de salaire entre le Dr Kelso et les infirmières. Quant à Todd, il pense avoir trouvé sa voie dans la chirurgie esthétique.

J.D. sort avec l'amie d'Elliot. Mais pour elle, il s'agit d'un simple flirt sans importance. Elliott et Carla n'arrivent pas à trouver ce qu'ont deux femmes âgées présentant les mêmes symptômes et qui n'ont pourtant aucun lien.

Kim se remet avec J.D. afin qu'ils puissent élever ensemble leur enfant. J.D. se rend alors compte que la paternité change sa vision de la vie.

Elliott et J.D. se demandent s'ils ne font pas une erreur en ne vivant pas l'un avec l'autre.

Elliot réalise qu'elle ne veut pas rester avec Keith et J.D décide de ne plus se saborder lui-même. Dans le même temps, le docteur Cox et Turk s'occupent d'un patient qu'il aime tous les deux mais qui va devoir s'en aller car sans assurance maladie.

Dan, le frère de J.D, est de retour et énerve J.D car il a mieux réussi que lui. Les filles sont embêtées en ce moment car il y a une balance dans l'hôpital. Elliot critique le Dr Cox car il n'applique pas les conseils qu'il donne aux patients, ce qui le rend hypocrite. Ted conseille au concierge d'être plus écologique.

Elliot tient à organiser une fête d'anniversaire pour le Dr Kelso, mais elle ne connait pas son âge. Le Dr Cox diagnostique une leucémie chez son jeune patient Josh, mais ses parents ne veulent pas le mettre au courant. J.D décide de ne plus se comporter comme un enfant, au grand dam de Turk...

Pour le sixième anniversaire de leur première rencontre, Turk veut annoncer à Carla qu'il apprend l'espagnol, mais il se demande s'il ne pourrait pas en profiter pour écouter discrètement sa femme. De son côté, J.D cherche un moyen pour que son patient Emery puisse se rendre à sa remise de diplôme malgré ses brûlures aux jambes. Le Dr Cox décide de voler la nourriture du Dr Kelso pour le mettre à la diète.

Après le départ du Dr Kelso, c'est désormais le Dr Cox qui prend momentanément sa place de chef des médecins. De plus, le concierge conseille à Ted d'en profiter pour prendre un nouveau départ en agissant avec plus de fermeté. Carla souhaite avoir un autre bébé. Pendant ce temps, J.D et Elliot sont à la recherche d'un ancien patient.

Un journée au Sacré-Cœur racontée par le docteur Cox à son fils, sous forme d'un conte de fée : J.D est l'idiot du village, Elliot est une princesse, Turk et Carla sont une sorcière à deux têtes... Ensemble, ils tentent de guérir une servante souffrant d'un mal inconnu.

J.D et Turk changent leur plan pour la soirée afin de rester aux côtés d'un patient mourant.

JD et Elliot aident le Dr Kelso à trouver sa vraie place au sein de l'hôpital, se qui leur permet de renouer des liens.

JD, le Dr. Cox et Elliot doivent tous choisir un interne dont ils devront s'occuper. JD choisit donc Denise afin de lui apprendre à avoir plus de compassion envers ses patients. De son côté le Dr. Cox devra faire face à Ed, un interne extrêmement feignant et bien trop sûr de lui. Quant à Elliot, elle va vite regretter d'avoir pris Katie sous son aile.

Le Dr Cox a des difficultés à s'adapter à son nouvel poste de Chef des Médecins et Carla a un problème avec les autres infirmières lié à son rapport avec les docteurs.

Tandis que Cox a du mal à gérer son nouvel emploi du temps, Ted tombe amoureux de la joueuse de yukulele du service pédiatrie.

Elliot se rend compte que l'absence de JD lui pèse. Turk annonce que Carla ET LUI vont avoir un deuxième bébé, mais personne ne semble s'en soucier. Dr. Cox trouve que l'attitude de Carla envers ses patients a changé.

L'épisode se passe du point de vue de trois internes : Denise, qui tente de convaincre Elliot qu'elle a fait un bon diagnostic. Sunny, qui affronte le concierge. Et Derek, un nouvel interne en chirurgie, qui fait tout pour ne pas se faire remarquer.

C'est la pleine Lune. Turk et Elliot sont de garde et tentent d'effrayer les internes, qui ont trop pris confiance en eux. Elliot s'interroge sur sa véritable vocation. Est-elle faite pour être médecin ?

C'est la dernière journée de J.D. au Sacré-Cœur. Le docteur Dorian fait ses adieux au personnel et rêve du futur qu'il voudrait avoir