天才外科医生大门未知子造访纽约的中华料理店时，碰到店中一位孕妇顾客突发急病。未知子经诊察判断病人必须立即进行手术。另一个顾客久保东子说她担任清洁工的医院就在附近。病人被送到医院，经过未知子快速精准的处置，终于转危为安。看到未知子处置病患的过程后，东子对她的医术十分感兴趣。而未知子也与对日本大学医院的各种腐败现象深恶痛绝的东子意气相投。不久，未知子接到日本医学界最高峰——东帝大学医院的邀请。实际上，因为各种丑闻和医疗事故、内部斗争，如今的东帝大学医院名声一落千丈。为了重新确立医院的品牌形象，未知子的宿敌蛭间重胜用诡计赶走了院长久保茂，坐上了院长宝座。未知子虽不情愿，却不得不深入腐败横行的东帝大医院。然而，她在那里意外地与东子重逢。原来，东子借她哥哥、前任院长久保茂之力，成为东帝大学医院的新任副院长。力主聘请未知子的铁腕人物正是她。东子诚恳地请求未知子和她一起扫清大学医院的“污秽”。而未知子却觉得此事有些可疑。正在这时，患有很难摘除的脊椎癌的IT公司社长一木淳决定在东帝大学医院接受手术。主刀医生就是从纽约聘来的超级医生北野亨。未知子提出异议，而自信满满的北野寸步不让，他要进行日本第一场使用3D打印技术的脊椎手术。但是，就在手术前夕，无论是对于东帝大还是患者一木本人来说都不愿看到的紧急情况发生了。

东帝大学医院院长蛭间打出了以富有阶层对目标进行特殊化服务的品牌战略，指示医生们仔细挑选病人。这时，拿着介绍信的二冈日出夫和妻子千代子来到医院。内科部长黄川田高之见二人看起来很穷，就以介绍他们到下属分院为借口拒绝收治。正巧此时国会议员金本洋二为了检查身体秘密入院。蛭间意气风发地率众迎接这位请都请不来的富贵患者。然而，不久后，传出了金本在政治资金上有问题的流言。蛭间害怕惹祸上身、影响医院形象，于是，按他的指示，黄川田委婉地请金本转到分院去，却被对方断然拒绝。就在这个时候，只关心救治患者的大门未知子诊断出二冈患有多发大肠癌，如果不马上手术就有生命危险。然而，二冈坚持要回家，不做手术。实际上，二冈是虹川村的村长。他一心一意为村民服务，带领村子登上了全国市町村幸福度排行榜第一名，而其本人却是“日本最穷村长”，因而备受注目。一个是拒绝手术执意出院的“清贫政治家”，一个是无论如何都要赖在医院的“黑金政治家”。处在两个极端的患者都落到了“东帝大学医院”。蛭间听说了二冈的真实身份后，决定由黄川田率领的内科负责其治疗。与此同时，为避风头才入院的金本也被诊断出有严重的大肠癌。结果，金本的手术由未知子负责。而未知子接受了二冈“最后的愿望”的委托，开始在医院私自为二冈进行手术。然而，在有切除可能的肿瘤的一部分还残留在患者体内的情况下，手术就结束了。

未知子捡到一个钱包并交给了警察。失主须山三佐江来到东帝大医院致谢。送过谢礼后，三佐江又决定预约最高级别的体检。但是，东帝大医院最高级的体检是超VIP待遇的三日综合体检，价格非常昂贵。副院长久保东子恼恨未知子随便给素昧平生的三佐江预约高级体检。考虑到三佐江可能会不付钱，她命令未知子负责监督三佐江。颇觉麻烦的未知子与外科部长西园寺猛司一起来到三佐江的病房。不料，一看到三佐江，西园寺就脸色大变。原来，西园寺在20年前曾为三佐江做过胃溃疡手术，而且他俩曾经是情人关系。这时，更令人惊讶的事发生了。根据检查结果，三佐江体内发现了疑似为大型肿瘤的阴影。这是一个即便是像未知子这样的天才医生，如果不做开腹手术也连正式病名都不知道的前所未有的大型肿瘤。万幸的是，开腹手术证明了此阴影并非肿瘤。然而，发现了所谓大型阴影的真相后，蛭间却慌了神。他确信那是西园寺过去的医疗失误，于是命令中止手术。最终，手术被强行取消。未知子不接受这样的结果，不顾医院方面的意见，把真相告诉了三佐江。万没想到的是，三佐江听后不但没有生气，反而笑了起来，她的心思让人猜不透。而就在重新仔细检查患者的片子时，未知子的脸上忽然浮现出惊恐的表情。

以美貌著称于世的美人姐妹组合“四叶姐妹”来到东帝大学医院。虽然她们是秘密入院，但是流言很快在医院中散播开来。不知详情的医们全都开始坐立不安。这时，到四叶姐妹所在的特别病房窥探的大门未知子却简直不敢相信自己看到的情景。在病房里的是美丽的姐姐四叶美丽和胖得不成样子的妹妹四叶美音。实际上，姐妹俩住院的目的就是治疗美音的肥胖症。然而，副院长久保东子独断专行，把外科医生原守从金泽叫到总院，让他进行外科手术。被东子的花言巧语打动的原守充满干劲儿，想展示一下拿手的技艺。不料，他遭到老相识未知子、加地秀树和做实习医生时的同期北野等人的轻视。与此同时，未知子碰到从病房里跑出来的美音，确认她的情况有异常。经过紧急检查，美音肥胖的原因终于找到了。而未知子发现美丽也患有癌症。得知了美丽心中隐藏着的想法后，未知子宣布自己要负责姐妹二人的手术。院长蛭间想借四叶姐妹的人气炒热医院，所以决定两台手术同时进行。未知子强烈反对，因为她无法分身同时进行手术。但蛭间却坚持哪个都不能放弃。最后，决定由北野和原守为四叶姐妹主刀，未知子只得申请做北野的助手。

一篇出自降级的大学医院的研究论文在美国的医学杂志上发现，顿时吸引了全世界的关注。东帝大学医院的院长蛭间重胜非常不甘心，于是激情洋溢地鼓动医生们，还强行要求大家写论文。然而，写论文必须有足够的病例报告。为此，医生们被要求多做手术，连休息的时间都没有了。在这种情况下，比起三餐来更喜欢做手术的大门未知子神采奕奕如鱼得水，但是其他的医生和护士们却疲惫不堪。这时，内科部长黄川田高试图在论文方面压倒外科，因此十分积极。他的部下赤井富夫又提出了崭新的方案，即以内科为主导，向联合应用新抗癌药和免疫疗法的新外科术式发起挑战。这一想法让黄川田兴奋不已。但是，一旦实施这个方案，有没有外科医生肯协助手术却还是个问题。幸而北野同意相助。很快，接受这种新术式的胰脏癌患者五岛哲夫从静冈分院转到了总院。赌上了内科起死回生的希望的手术日终于到来了。手术顺利完成，论文也得以发表。但是，随即发生了很可能让东帝大的品牌跌入无底深渊的危险事件——赤井的论文被指涉嫌剽窃。与此同时，未知子发觉了令她无比愤怒的不应该存在的疏忽。另一方面，蛭间加速独裁化的举动招致医局的反对，在久保副院长操纵下，论文剽窃事件令蛭间陷入孤立的境地。为了拯救蛭间，他曾经的心腹海老名敬从金泽赶来。

在东帝大学医院，由于院长蛭间重胜苛求医生们写论文，导致内科医生赤井冈山富夫剽窃了美国教授约翰·斯塔基的论文，引起社会上一片哗然。副院长久保东子乘机发难，众医生反水，在东子带领下逼蛭间辞职。第二天，蛭间召集媒体举行记者会。众医生以为山穷水尽的蛭间将在记者会上发表辞职声明，都兴奋地赶到会场。岂料，蛭间远比人们想像更顽强，经过私下运作，来日本访问的斯塔基教授以及从金泽赶来的蛭间的心腹海老名敬登场了。涉嫌被东帝大剽窃的论文，是他俩和斯塔基的部下洛克·斯林普教授共同执笔的，而他们坚决否认论文被盗用。海老名更借机宣布，他将与斯塔基联袂开发世界上前所未有的新术式。那就是在不使用人工心肺，也不将手术刀伸入心脏的情况下，切除侵入心脏内的肝藏肿瘤。这么高难度的手术究竟能否成功，大门未知子对此表现出了强烈的关心。

不知是谁给神原名医介绍所送来了钢琴家七尾贵志的演奏会门票。贵志19岁时因患脑膜炎导致双耳朵失聪。但经过千辛万苦，他终于成为钢琴家，用自己听不到的音乐令观众倾倒，收获极高人气。所长神原晶虽然有些疑神疑鬼，但仍邀未知子一起去听音乐会。在那里，他们得知送票的人是贵志的助手七濑由香。与别人对话时，贵志用读唇术弄不清楚的部分便由她用手语解释。由香在高中时因患腮腺炎而导致左耳失聪，是曾从贵志的钢琴演奏中得到鼓舞的人之一。她相信，如果贵志治好了耳朵一定能演奏出更美的音乐，所以平常都在留心寻找能治疗耳疾的方法和名医。由香希望未知子能治好贵志的耳朵，未知子也爽快地同意为他主刀。神原晶马上以由未知子主刀为条件把患者送到东帝大学医院。但是，贵志是举世瞩目的钢琴家，一心想让手术获得关注的蛭间安排由超级医生北野为贵志主刀。这时，未知子看到由香的行动，总有种挥之不去的违和感。另一方面，北野向贵志提议使用最新的人工听觉机器以成就具有划时代意义的手术，而贵志却拒绝接受手术。

人称“最后的单身大明星”的超级巨星八乙女悠太在女性中拥有极高人气，连续五年登上“最想拥抱的男人”和“最想嫁的男人”排行榜榜首。然而，某天演出结束后，他却突然离开了人们的视线。有传言说他在海外秘密结婚，与他有关的报道都成了热门话题。然而，真实的情况是，八乙女得了肝癌，而且手术难度非常大，所以秘密到东帝大学医院住院治疗。他的入院是顶级机密，院内只有极少一部分人知道此事，而且医院布置了严密的安保措施。负责为八乙女手术的是超级医生北野亨。北野宣布，他会以采用了全息投影技术的最新医疗机器打造一场精密、完美的手术。对于这种即使是纽约也只有一台的新机器，未知子兴趣盎然。她要求让自己做手术，却被以没有使用经验为由拒绝了。未知子并不气馁，直接去找患者八乙女谈判。这时，发生了一件本不应该发生的事情。虽然院方做了百分百的保密措施，但是八乙女入院的情报还是被泄露给了新闻界。更让事态雪上加霜的是，由于内科部长黄川的失误，医院的部分电脑中了病毒，北野的电脑也在其中，而此时，八乙女的手术已经开始了。

东帝大医院的老对手庆林大学医院，在最新的医院排行榜上获得第一名。东帝大院长蛭间重胜当着医生们的面喊出了“打倒庆林”的口号，医生们都热血沸腾。另一方面，蛭间的妻子华子率领的“东帝妇女会”和庆林大学医院院长的妻子鲛岛律子率领的“庆林妇女会”也势如水火。神原晶想在庆林大学医院开展业务，把大门未知子带去参加庆林与东帝两个妇女团体的联谊会。在会上，未知子看到华子与律子勾心斗角，不禁哑然失笑。就在这时，联谊会上发生了意外事件。在赌上两家威信的交谊舞比赛中代表庆林妇女会出场的九条映美突然昏倒。未知子要把映美送到东帝急救，但是华子强烈反对收治敌对医院的外科医生的夫人，想把人赶到庆林，然而，不知为何，映美执意在留在东帝，而且说想让未知子为她做手术。结果，蛭间为了向庆林卖个人情，同意收治映美。然而，不久后，东帝大医院方面发现接到的是个烫手山芋。映美的病情既严重又复杂，手术难度极高，庆林大学医院正是害怕损害医院名誉才把她推到其他医院治疗。即使如此， 未知子仍要求让自己做手术，而蛭间坚决不允许。

某日，正在神社参拜的未知子目睹了一幕惊人的情景。东帝大学医院外科部长西园寺在陪一个怎么看都不像他妻子的孕妇买祈祷安产的护身符。未知子怀疑是西园寺搞外遇出弄出了“人命”。不久后，中国大富翁王超的妻子十希子为了生孩子住进东帝大学医院，她正是和西园寺一起去神社的孕妇。经过检查，医生发现十希子有严重心脏病，如果在这种状况下继续怀孕，母子都有生命危险。西园寺等人十分慌张，未知子却主动请命做主刀。但是，十希子态度坚决，不肯做治疗，声称孩子的生命最重要。身为单亲妈妈的城之内博美表示理解十希子的想法，而未知子却无论如何不认可。副院长外保东子也主张优先治疗十希子。未知子拼命寻找能两全其美的手术方法。然而就在此时，事情又遇到巨大阻力，十希子和未知子都要面临更加殊酷的真相。

自由麻醉师城之内博美明知身患局部进行性胰脏癌却未告知任何人，但是这个刚强的女人终于还是倒下了。未知子一心一意要救博美，提出做她的主刀医生。但是，就算是以未知子的技术，也未必能完全切除博美的肿瘤。博美自知病情严重，断然拒绝由未知子主刀，反而请未知子帮自己向女儿小舞隐瞒病情。另一方面，正计划在上海设立新医院的中国财阀王超想把以超级医生北野亨和博美为首的优秀医生从东帝大学医院挖走。经王超介绍，患病的下届总统候选人莱昂纳·斯科普及其怀孕的妻子戴安娜秘密住进东帝大医院。北野负戴安娜责的手术，对于这个手术未知子毫无兴趣。然而，当听到这次手术的方式时，未知子立刻来了精神。她决定作为第三助手参加手术。然后，未知子再次向博美提出为她主刀，并且强调自己绝对不会失败。博美同意终于把一切交托给未知子处理。带着背水一战的觉悟，未知子开始进行手术。但是，正当手术进行进，她的手突然停住了。