Дзирайя уговаривает Цунадэ разрешить Наруто и Сакуре отправится с ним на задание - отыскать логово Оротимару. В первой же попавшейся деревне Дзирайя, также известный как Извращённый Отшельник, попадает в передрягу. На Наруто и Сакуру нападает рыжеволосая девушка, но та почти сразу сбегает.

В другом городе на Дзирайю нападают её жители, члены клана Фуума, однако тот без проблем их побеждает они признают в ниндзя одного из Легендарных Саннинов. Наруто и Сакура встречают раненой рыжеволосую девушку, которая напала на них ранее, Сасамэ, цель которой отыскать своего брата Араси, покинувшего клан Фуума чтобы служить Оротимару. На троицу нападают ниндзя Деревни Звука.

В бой вмешивается Дзирайя и ниндзя Деревни Звука отступают. Дзирайя, Наруто, Сакура и Сасамэ устраивают привал. Сасамэ подсыпает в чай троицы из Конохи снотворное, и после того, как они уснули, вызывает ниндзя Звука. Однако это оказывается ловушкой - Дзирайя разгадал замыслы Сасамэ и спящие оказались лишь теневыми клонами. Один из напавших ниндзя Звука, Кагэро, погибает, двое его товарищей, Дзигумо и Камикири, обращаются за помощью к Оротимару, однако тот убивает и их.

Раскаявшаяся Сасамэ показывает путь к логову Оротимару. Разделившись, каждый из ниндзя Конохи попадает в ловушку: на Дзирайю нападает прелестного вида женщина, Наруто оказывается в яме, наполняющейся водой, а Сакура сталкивается лицом к лицу с Кабуто, приспешником Оротимару.

Сакура сражается с Кабуто, на помощь ей приходит Наруто и помогшая ему Сасамэ. Используя нити чакры Кабуто связывает своё сердце с сердцем Наруто: смерть одного означает и смерть другого. Сасамэ, владеющая данной техникой, исконно используемой кланом Фуума, помогает разорвать связь. Однако оказывается, что под маской Кабуто скрывается Кагэро, оживлённый Оротимару. Появляется Араси, также жертва запрещённых техник Оротимару, и нападает на Наруто и Сакуру.

Появляется Дзирайя и на вызванной им жабе эвакуирует всех из разваливающегося после боя логова Оротимару. Сакура изъявляет желание обучаться у Цунадэ и та с радостью её принимает.

Куросуки объявляют о похоронах вернувшегося в деревню Рокускэ, однако в дело вмешивается команда Нэдзи и они спасают заживо похороненного человека буквально из гроба. Среди одного из Куросуки Рок Ли узнаёт своего друга Караси. Внезапно на кладбище спускается густой туман.

Оставшиеся члены Куросуки устраивают засаду для команды Нэдзи, однако синоби без труда их одолевают. Караси, Ранмару и команда Нэдзи возвращаются к бабушке Сансё, однако ночью Караши относит Ранмару к телу едва живого Райги. Надвигается сильная буря.

На место битвы прибывает Сансё с порцией своего «живительного» карри, при приготовлении которого Караси случайно добавляет в блюдо вино. Рок Ли съедает почти всю кастрюлю и начинает использовать то, что Гай описал как «стиль Пьяного Кулака». В итоге синоби Конохи побеждают Райгу, а Ранмару и Караси остаются помогать бабушке Сансё.

Нэдзи, назначенный капитаном на время миссии, Наруто и Тэн-Тэн отправляются в Страну Птиц чтобы расследовать сообщения о появлении там призрака - Белого Нороимуси. Они узнают, что даймё умер, и вместо него феодалом стал Саги, чья сестра Токи погибла. Подозревают, что к Белому Нороимуси имеет отношение Коумэй, бывший стратег феодала, противившийся вступлению Саги в должность из-за его молодости. Стоило прибыть троице в Страну Птицы, как появился Нороимуся, однако когда ниндзя атакуют его кунаями, доспехи призрака разваливаются и обнаруживается, что внутри них никого нет.

Троицу из Конохи принимает у себя Лорд Мозо, чиновник. На Саги нападают, но ниндзя Конохи спасают его. Команда Нэдзи следит за Коумэем и обнаруживается, что тот ночью встретился с Нороимуси. Коумэя арестовывают.

Мозо объявляет, что миссия синоби закончилась, однако Наруто настроен скептически - он исследует место боя с Нороимуси и находит тайный проход к дому Мозо. Наруто схватывают и помещают в темницу. К нему в камеру проникает Нороимуси, однако оказывается, что под его маской скрывается Саги. К Нэдзи и Тэн-Тэн, также продолжающих расследование, присоединяется посланный Цунадэ Какаси.

Наруто, переодетый в Нороимуси, спасает приговорённого к смерти Коумэя. На Какаси нападает другой копирующий ниндзя.

Какаси побеждает своего противника. Выясняется, что Саги - это переодетая Токи - настоящий Саги погиб, а под личиной Мозо скрывается другой копирующий ниндзя - Хоку. Хоку нападает на команду Нэдзи.

Ниндзя Конохи побеждают Хоку, и Токи становится даймё.

Благодаря призыву Анко гигантской змеи, команде в последний момент удаётся выбраться из убежища. Исариби под руководством Амати нападает на торговые суда. Амати, также как и девушка, принимает форму морского чудища, после чего призывает Морского Босса, гигантское водяное существо, которое берет Наруто в плен, но Наруто благодаря чакре Девятихвостого лиса освобождается и продолжает сражение. А Исариби узнает от Анко, что в Наруто заключен Девятихвостый лис и что к нему долгое время в деревне относились как к чудовищу.

Наруто призывает Гамабунту и вдвоём они одолевают Морского Босса. Амати берут в плен.

Наруто, Рок Ли, Нэдзи и Тэн-Тэн отправляются на миссию по защите звезды, главной ценности Деревни Скрытой Звезды. По пути они встречают Сумару, с помощью чакры странного пурпурного цвета, помогшего им избежать попадания в ядовитый газ, окружающий со всех сторон селение. Гэнины Конохи встречаются с неофициальным лидером Деревни Звезды, Хосикагэ - Акахоси, который высказывает им своё желание, чтобы Деревня Звезды заняла место в числе пяти крупнейших селений ниндзя. Сумару и Наруто становятся свидетелями похищения звезды, и, судя по специфической пурпурной чакре, понимают, что похитивший её - также из этой Деревни.

Наруто узнаёт, что родители Сумару погибли, защищая звезду от чужеземных ниндзя. Рок Ли и Тэн-Тэн пытаются проследить за двумя подручными Акахоси, однако теряют их след. Ниндзя, похожий на ранее укравшего звезду, похищает Сумару.

Выясняется, что тренировки со звездой были очень опасны для ниндзя, и из-за этого предыдущий, Третий Хосикагэ, запретил их. Рок Ли и Тэн-Тэн проникают в жилище Акахоси и, обнаружив там Сумару, спасают его. Акахоси предлагает Нацухи, похитившей звезду, Сумару в обмен на звезду. Между ними завязывается бой; прибывшие Наруто и Нэдзи вмешиваются, однако Акахоси сталкивает Нацухи и Наруто в ядовитый газ.

Нацухи спасает Наруто и выясняется, что она - мать Сумару. Нацухи рассказывает Удзумаки историю её и мужа взаимоотношений с предыдущим и нынешним Хосикагэ. Как оказывается Акахоси убил предыдущего лидера Деревни Звезды. Акахоси выслеживает Нацухи.

Акахоси берёт Сумару в заложники и заставляет Нацухи отдать ему звезду, после чего официально объявляет себя новым, Четвёртым Хосикагэ и отдаёт приказ убить ниндзя Конохи и Сумару.

Жители Деревни узнают полную правду о вреде тренировок со звездой. Наруто уничтожает звезду Расэнганом. Акахоси и его двух подручных ловят.

Майто Гай берёт вернувшегося в деревню синоби, Ягуро, с собой на миссию, однако в Конохе обнаруживается, что это не настоящий Ягуро.

Поддельный Ягуро оказывается сыном когда-то побеждённого Гаем синоби, мечтающим отомстить за своего отца.

Наруто встречает странную девушку по имени Якумо. Курэнай объявляет, что покидает команду №8.

Неизвестные пробираются в поместье, в котором живёт Якумо. Туда же направляется Курэнай.

В поместье для подмоги добирается команда под руководством Гая. Оказывается, что за Якумо охотятся члены её же клана, а её учителем является назначенная ещё Третьим Хокагэ Курэнай.

Наруто, Курэнай и команда №8 становятся заложниками техники иллюзий Якумо.

Осознав, что Курэнай всегда заботилась о ней, Якумо уничтожает монстра Идо, живущего внутри неё.

Тэмари оповещает Коноху о том, что в Деревне Песка также сформирована своя школа ниндзя: инструкторами в ней являются сама Тэмари, Канкуро и Гаара. Группа четырёх ниндзя, называющих себя «Ситэнсёунин», бросают вызов Гааре и похищают его ученицу, Мацури. Цель группировки — Сюкаку, однохвостый бидзю, живущий в Гааре. Деревня Песка просит помощи у Конохи; Сикамару собирает команду, включающую Наруто, Кибу, Тёдзи, Ино и Рок Ли, параллельно с ними отправляются в путь Сино, Сакура, Нэджи и Хината.

Четвёртый член «Ситэнсёунин» пробуждает основателя деревни Такуми, родины «Ситэнсёунин» — Сэймэя, Совершенного Оружия, чья мечта — победа над Пятью Великими Селениями Ниндзя. Сюкаку начинает пробуждаться.

На место боя прибывает команда Сикамару. Гаара силой воли подавляет Сюкаку и побеждает Сэймэя. Возвращается Дзирайя для того, чтобы тренировать Наруто.