Sarah realisiert, dass die Arbeit der Polizei nicht ausreicht, um das Überleben der Orphans zu sichern. Die Verfolgung des Mörders gefährdet dabei allerdings die lange herbeigesehnte Wiedervereinigung mit ihrer Tochter Kira. Je näher Sarah dem Mörder kommt, desto dichter kommt dieser der Wahrheit. Der unvermeidbare Showdown droht, ihren Schwindel bei der Polizei auffliegen zu lassen.

Sarah's Jagd nach Antworten wird durch einen Ausflug in die Vorstadt unterbrochen. Alison's Paranoia erreicht einen neuen Höhepunkt, der das Wohlbefinden aller Orphans in Gefahr bringt. Als dann die Welten von Sarah, Alison und Beth mit einander kollidieren, muss Sarah entscheiden, wem sie ihr Geheimnis anvertrauen kann.

Nachdem Kira's Leben bedroht wird, begibt sich Sarah auf den Kriegspfad. Allerdings legt ihr Dr. Leekie nahe, sich ihre Rachepläne noch einmal durch den Kopf gehen zu lassen. In der Zwischenzeit wird Cosima mit der Wahrheit über Delphine konfrontiert, und sie muss sich für eine Seite entscheiden. Es liegt nun an Sarah, über das Schicksal des Mörders zu entscheiden - doch die Wahrheit über ihre Herkunft verändert alles.

Sarah bittet Art um Hilfe auf der Suche nach ihrer Tochter Kira und ist dann zutiefst entsetzt, wohin die Spur die beiden führt. Während Alison immer noch Aynsleys Tod schwer zu schaffen macht, muss sich Cosima mit den immer heftiger werdenden Symptomen ihrer mysteriösen Krankheit herumplagen.

Sarah kehrt für Antworten nach Hause zurück und mit Cosimas Hilfe taucht sie tiefer in die Geheimnisse hinter dem Klonexperiment ein. Ihre Nachforschungen bringen sie alsbald zur Wurzel allen Übels. Um sich aber wieder aus der prekären Situationen zu befreien, in der sie sich wiederfindet, muss sie eventuell einen höheren Preis bezahlen, als es ihr lieb ist.

Sarah verbündet sich mit einem unerwarteten und vor allem unzuverlässigen Partner, um einer Spur von Hinweisen zu folgen, welche sie wiederum zu den Ursprüngen des Experiments führen könnte. Cosima stößt derweil gemeinsam mit Delphine auf eine Lösung, wie man ihre Krankheit eventuell erfolgreich behandeln könnte. Allison befindet sich unterdessen in seltsamer Gesellschaft, während sie ihre Reha abhält.

Der Krieg mit Dyad ist beinahe verloren, als Rachels jüngster Trick Sarah zur Aufgabe zwingt. Die Klone schließen sich zusammen - in der Hoffnung, Sarah noch retten zu können. Während sie im Kampf für ihre Freiheit stecken, trifft Sarah auf einen neuen Partner und enthüllt eine furchteinflößende neue Dimension der Verschwörung.

Castor verfolgt die Leda-Klone für eine Probe. Helena, die schwanger und inhaftiert ist, wird von einem mysteriösen neuen Bösewicht untersucht. Die Castor-Jungs spielen mit einer verängstigten jungen Frau, Patty.

Leda und Castor sind beide auf der Suche nach dem originalen DNA-Klon. Mark und Gracie finden auf der Flucht neue Hinweise, um die Proben zu finden, die sie befreien können. Unterdessen erfahren Cosima und Scott mehr über Castor's Biologie. Alisons neues Unternehmen zum Geldverdienen boomt. Eine schockierende Offenbarung über die Castor-Leda-Verbindung trifft die Schwestern kurz bevor Sarah ein tödliches Prolethena-Castor-Treffen sieht.

Sarah und Helena erleben eine schwierige Wiedervereinigung. Familie Leda macht sich indes Sorgen wegen Sarah's Abwesenheit.

Alison muss ihre Ladenfront absichern, um ihr Geschäft weiter auszubauen. Cosima sieht indes einer gesundheitlichen Bedrohung entgegen.

Der Klonclub reist nach London, um dort den echten Castor zu finden. Ihre Feinde sind ihnen aber dicht auf der Spur.