Sarah helyzete kilátástalan: menekülnie kell veszélyes üldözői elől, ráadásul lánya, Kira is nyomtalanul eltűnt.

Alison továbbra is szenved az Aynsley halálát követő gyásztól és bűntudattól. Cosima egyre jobban küzd rejtélyes betegségének tüneteivel, miközben Sarah Art segítségét kéri Kira megtalálásához.

Miután megpróbál minél messzebbre szökni Felix-szel, Sarah a múltjának egy fontos szereplőjével, egykori szerelmével, Cal Morisonnal fut össze véletlenül.

Sarah túlél egy autóbalesetet, és Kirát is sikerül megtalálnia. Ezt követően visszatér a városba, hogy válaszokat keressen.

Rachel felkészült a harcra, hiszen a Sarah számára legfontosabb embert bántotta. Ennek ellenére mégsem tudja megakadályozni Rosen halálát...

Sarah egy nem éppen megbízható szövetségesre lel, akivel közösen követik a nyomokat, melyek talán elvezethetnek a klónkísérletek forrásához.

Az egyik, a drogelvonón megismert bizalmasa elárulja Alisont és megfenyegeti a lányt azzal, hogy leleplezi Aynsley halálának valódi okát, Alison beleveti magát a kanadai nemzeti ünnepet követő éjszakába.

A klón-összeesküvés egy újabb rejtélyes alakja jelenik meg Felixnél, őrületbe kergetve a férfit. Miután Cosima kifogyott a lehetőségekből, Sarah mérlegeli, hogy feladja-e fontos hatalmi előnyét és megállapodjon-e a DYAD-dal.

Cosima egyre rosszabbul van, Sarah így szorult helyzetbe kerül, minden döntése és tette a szerettei életét sodorhatja veszélybe.

A DYAD-dal vívott háború hiábavalónak tűnik, amikor Rachel újabb aljas húzása megadásra kényszeríti a megtört Sarah-t.

Sarah az eltűnt Helena után kutat a Topside halálos fenyegetése árnyékában, eközben Castor is újra feltűnik.

Sarah arra kényszerül, hogy egy életre szóló áldozatot hozzon, hogy Castor ne juthasson hozzá az eredeti szövetmintákhoz.

Mindenki az eredeti klón-DNS után kutat, amíg fény nem derül a Castor és Leda közti kapcsolatra, ami mindenkit sokként ér.

Sarah és Helena feszült hangulatban találkoznak újra, és ha ez még nem volna elég, néhány furcsa tünet Gracie és Patty-n is előjön, amihez Castornak is köze lehet.

Sarah és Helena feszült hangulatban találkoznak újra, és ha ez még nem volna elég, néhány furcsa tünet Gracie és Patty-n is előjön, amihez Castornak is köze lehet. Eközben Paul keményen leszidja Sarah-t, és míg a kapcsolatuk kezd egyre feszültebbé válni, a Leda család egyre inkább aggódik Sarah távolléte miatt, Cosima pedig nagyon hamar gyengéd érzelmeket kezd táplálni az internetes randija, Shay iránt.

Amikor Paul rájön, hogy Coady valójában mit tervez Castorral, nincs más választása, mint kockáztatni. De vajon lesz elég ideje, hogy Sarah-t is megmentse?

Alison megpróbálja megmenteni anyja szappanboltját, hogy Donnie-val komolyabban űzhessék a kábítószer kereskedelmet, azonban a makacs Connie inkább csak hátráltatja őket, ahelyett, hogy hasznukra lenne.

Rachel megígéri Sarah-nak, hogy megfejti apja titkos könyvét, de cserébe a szabadságát kéri, úgyhogy egy másik klónt kell találni, aki átveheti a helyét.

Sarah, Felix, és Mrs. S visszatér Londonba, Mrs. S szülőföldjére abban a reményben, hogy nyomára bukkanhatnak az eredeti Castornak. Azonban nincsenek egyedül, Ferdinand is az eredeti után kutat. Otthon Donnie próbálja megmenteni a családi vállalkozást, miután Pouchy súlyos hibát vét. Cosima elkezd gyanakodni Shay-re, Delphine pedig a saját kezébe veszi az ügyet. Azonban minden megváltozik, miután Lede szemtől-szembe kerül az eredeti Castorral egy váratlan csavar után.

Rachel sikeres műtéten esik át, azonban egy új, megváltozott valóságban ébred fel.

Kéthónapnyi pihenés után Sarah, Siobhan, Kendall és Kira visszatérnek.

A Klónok óvatosak Sarah különös hazatérését illetően, de Sarah hajthatatlan a saját tervét illetően, azaz mindenáron igyekszik megtalálni a titokzatos M.K.-t, hogy végre válaszokat szerezzen. A kéthónapnyi pihenés alatt a "nővérek" és Felix továbbléptek és nem akarják feladni a normalitás látszatát. Cosima görcsösen igyekszik optimista maradni Delphine eltűnését követően, miközben közösen dolgozik Scott-tal, hogy gyógymódot találjanak.

Sarah próbál magához térni, miután felfedezte a Neolution nevű biotechnológiai szerkezetet, amelyet az állkapcsába építettek. A rejtély felgöngyölítése érdekében Dizzy-től próbál válaszokat szerezni, aki vonakodva ugyan, de segít. Susan Duncan visszatér, hogy hosszú távollétét követően meglátogassa Rachel-t és elkezdjék újraépíteni a kapcsolatukat.

Sarah kényelmetlen szövetséget köt Ferdinanddal, mivel azt hiszi, közös a céljuk: megtalálni és kiiktatni a Neolution vezetőjét, Susan Duncant. Egyesítve erőiket Sarah beleegyezik, hogy felkeresse M.K.-t a Ferdinand-nak küldött üzenet lenyomozása érdekében. M.K.-nél azonban nem jár sikerrel, így Sarah visszatér Dizzy-hez, aki visszautasítja vissza a lányt tolakodó viselkedése és titkolózása miatt. Eközben Alison veszélyes küldetést indít: a korábban Beth által átvizsgált Neolutionist-klinikára küldi el Donnie-t és Felixet inkognitóban.

Sarah betartja az ígéretét, és Kirával tölt egy kis szabadidőt, ám a játékos kikapcsolódás hamar macska-egér játékba torkollik, amikor Sarah megtudja, hogy Adele és Felix egy a Neolution-höz köthető weboldalon keresztül kapcsolatban állnak egymással. Sarah nyomozni kezd és megszerzi Felix és Adele DNS-ét, hogy összevethesse a mintákat, és kiderüljön, hogy Adele tényleg Felix testvére-e, vagy a Neolution ténykedése van a háttérben.

Cosima beismeri, hogy Sarah-nak nem lesz elég ideje arra, hogy saját maga találjon gyógymódot, ezzel pedig arra sarkallja a lányt, hogy egy veszélyes üzletet kössön Susan Duncannel és Evie Choval. Sajnos azonban a gyógymód megtalálásához elengedhetetlen, hogy a Neolúció újrakezdje a klónozással kapcsolatos kísérleteket. Eközben Krystal is feltűnik, aki a saját összeesküvés-elméletét akarja bizonyítani.

Siobhan Sarah-t vádolja Kendall halála miatt, ezért Sarah meghátrál, és visszatér korábbi életviteléhez: meggondolatlanná, és a felelősséget folyamatosan hárító kívülállóvá válik. A laborban Cosimát Kendall halálával és Delphine meggyilkolásával kapcsolatos emlékek kísértik. Scott eközben, a kimerülő erőforrások ellenére is eltökélten keresi a gyógymódot, Cosima viszont egy még veszélyesebb módot választ a gyógyító anyag megtalálására.

Sarah meggyőzi M.K.-t, hogy a lány kösse össze őket a számkivetett Susan Duncannel, ezzel esélyt adva Cosimának és Susannak arra, hogy együtt találhassák meg a gyógymódot. Amíg Sarah figyelmét elterelik, Siobhan ellopja a lány puskáját, Sarah pedig rájön, hogy Siobhan Duko nyomába eredt és bosszút forral a nyomozó ellen. Felixnek eközben sikerül jogi segítséget kérnie Adele-től, ami lehetőséget nyújthat arra, hogy megoldják Alison és Donnie "szappankapszula" ügyét.

Susan Duncan tanúskodásával a két esküdt ellenség, Sarah és Rachel egy közös ellenfél, Evie Cho legyőzése érdekében lép egymással szövetségre. Bár Sarah egyelőre nem igazán bízik Rachelben, és ez fordítva is igaz, a két lány megegyezik, hogy kiiktatják Evie-t és visszajuttatják Susant a Neolúció igazgatói székébe. Eközben Cosima megérkezik Susan szigetére és ők ketten el is kezdenek dolgozni a gyógymódon. Susan elmeséli Cosimának a Neolúció történetét, és nem tudják kikerülni a Susan kísérleteivel kapcsolatos etikai kérdések ügyét sem. Alison pedig kiszabadítja Donnie-t a börtönből, ám a menekülés nehezebb a vártnál, hiszen a Neolúció és a gyanakvó szomszédok miatt is nehézségekbe ütköznek.

Cosima elárulja Sarah-nak, hogy megtalálták a gyógymódot, de nem tart sokáig örömük, ugyanis Cosima állapota hirtelen súlyosbodni kezd. Rachelt felkeresi egy régi, veszélyes szövetséges, ezzel ismét előhozva belőle kegyetlen énjét. A Krystaltól kapott információknak hála Sarah rájön, hogy Rachel át akarja venni Susan helyét az emberek klónozásában, ami azért is aggasztó, mert Rachel gonosz és egyben sokkal ambiciózusabb is, mint Susan valaha volt. Mivel Cosima segítségére nem számíthat, Sarah a Neolution szívébe utazik, melyről közben Rachel megtudja, hogy sokkal ősibb, mint azt eddig gondolták.