Een jonge Alice keert terug naar huis, waar haar vader haar vertelt dat iedereen dacht dat ze dood was. Haar fantasierijke verhalen over een wit konijn dat kan praten en een mysterieuze plaats die Wonderland heet, zorgen ervoor dat ze opgenomen wordt in een gekkenhuis. Daar wil Dr. Lydgate een nieuwe behandeling op haar toepassen. Deze behandeling zal ervoor zorgen dat Alice haar pijn vergeet. Vlak voordat de behandeling plaatsvindt, wordt Alice gered door de Knave of Hearts. Hij brengt haar naar het Witte Konijn, die meent dat Alices geliefde Cyrus, van wie zij dacht dat hij dood was, nog leeft. Het trio springt via een portaal naar Wonderland, waar Alice aan een gevaarlijke zoektocht begint. De kwaadaardige Jafar en de Red Queen hebben echter andere plannen met haar.

Een flashback onthult Cyrus' oorsprong. Alice wil antwoorden van het Witte Konijn. Minachting tussen de Red Queen en Jafar komt tot een hoogtepunt.

Een jonge Alice keert terug naar huis, waar haar vader haar vertelt dat iedereen dacht dat ze dood was. Haar fantasierijke verhalen over een wit konijn dat kan praten en een mysterieuze plaats die Wonderland heet, zorgen ervoor dat ze opgenomen wordt in een gekkenhuis. Daar wil Dr. Lydgate een nieuwe behandeling op haar toepassen. Deze behandeling zal ervoor zorgen dat Alice haar pijn vergeet. Vlak voordat de behandeling plaatsvindt, wordt Alice gered door de Hartenboer. Hij brengt haar naar het Witte Konijn, die meent dat Alices geliefde Cyrus, van wie zij dacht dat hij dood was, nog leeft. Het trio springt via een portaal naar Wonderland, waar Alice aan een gevaarlijke zoektocht begint. De kwaadaardige Jafar en de Rode Koningin hebben echter andere plannen met haar.