Après avoir passé 13 mois dans l'espace en mission solo, l'astronaute Molly Woods tente de reprendre une vie normale auprès de son mari John, un brillant scientifique, et de leur fils Ethan, un petit garçon androïde. Suite à la découverte de la stérilité de Molly, John a créé ce prototype de robot humanisé et cherche maintenant à financer la suite de ses travaux. Alors que son amie et docteur Sam Barton lui fait passer une série de tests à son retour sur Terre, Molly découvre qu'elle est enceinte…

Après que Molly s'effondre et expérimente une vision de sa rencontre avec les Séraphins, Sam accepte de lui faire passer une échographie afin qu'elle puisse en savoir plus sur sa grossesse mystérieuse. Parallèlement, Molly traque Kryger et il révèle les détails troublants de sa propre mission solo que l'Agence Internationale de l'Exploration Spatiale (ISEA) garde secrète.

Ethan intègre une nouvelle école où certains parents d'élèves ont du mal à accepter le garçon androïde, craignant pour leurs enfants. Alan Sparks annonce à Molly que sa grossesse est due à des expérimentations médicales pratiquées sur les astronautes, ce dont Sam Barton doute. Lors de sa soirée d'anniversaire, Molly retrouve le frère de Marcus, Tim, mais lorsqu'elle comprend qu'il s'agit d'une nouvelle hallucination, elle accepte d'être admise au centre médical de l'ISEA…

Après que Sparks tente de mettre en quarantaine Molly, elle et sa famille se réfugient sur une île lointaine avec son père, Quinn. Lorsque l'agence se rapproche de la vérité sur leurs allées et venues, Ethan est exposé à un grave danger. Pendant ce temps, Yasumoto expérimente une substance étrange et mortelle.

Lorsque la validité de la grossesse de Molly est remise en question, John commence à douter de son état mental. Pendant ce temps, Ethan subit un sérieux revers, et John et Julie s'affrontent sur ​​la façon de prendre soin de lui.

Molly découvre des images susceptibles de révéler la véritable raison pour laquelle l'ISEA l'a choisie pour la mission solo. Pendant ce temps, Ethan vit son premier rêve, une évolution imprévue pour laquelle il n'a pas été programmé, et Julie se détourne du travail avec un homme mystérieux qu'elle rencontre à la salle de gym.

Convaincue que l'agence a son bébé, Molly est déterminée à savoir où il est. Pendant ce temps, John découvre des avancées nouvelles et surprenantes dans la programmation d'Ethan, et Kern retient Kryger en otage dans une tentative pour récupérer la vidéo incriminante qu'il a volée à l'ISEA.

Molly apprend que son bébé est encore en vie et s'allie avec Kryger et Kern pour retrouver l'entité avant qu'elle ne soit déplacée par Sparks et Yasumoto. Inquiet par l'activité indépendante dont fait preuve Ethan, John envisage de ralentir le développement de son enfant androïde, contre l'avis de Julie…

Lorsque Sparks tombe sous l'influence de la vision de sa fille décédée, il s'enfuit avec le bébé de Molly à un emplacement distant. Maintenant, Yasumoto et Molly doivent compter les uns sur les autres pour traquer la progéniture.

Accompagnée d'un homme de Yasumoto, Molly est submergée par les souvenirs du bébé qu'elle a perdu après son accident avec Marcus à mesure qu'elle s'approche de son enfant. Sparks présente sa fille ressuscitée à son ex-épouse et veille à nourrir l'entité pour maintenir les visions de sa petite Katie…

Pendant que les pouvoirs de la progéniture grandissent, Molly apprend le chemin douloureux de Yasumoto vers l'immortalité. Lorsque Sparks commence à avoir des doutes sur la mission, Anya la prend en charge. Pendant ce temps, Odin tente d'accéder secrètement aux circuits d'Ethan.

Quand Molly arrive enfin en face-à-face avec sa progéniture, elle se rend compte qu'elle est peut-être la seule qui peut arrêter le danger à venir. Pendant ce temps, Julie découvre de graves secrets sur Odin.

Molly retourne dans l'espace dans le but d'éloigner les Séraphins de la Terre et de protéger la population mondiale des spores mortelles. En outre, John découvre que le plan d'Odin a mis Ethan dans un terrible danger.