Ein Mitarbeiter der CIA hat brisante Informationen über bestimmte Chemikalien nach außen gegeben: Man kann aus den Stoffen entweder ein Pestizid oder ein Nervengift herstellen. Wie sich herausstellt, hat der Analyst Leonard die Daten an die Frau, die er liebt, weitergeleitet. Sie behauptet, mit den Chemikalien armenischen Bauern helfen zu wollen. Doch in Wahrheit ist sie eine Spionin. Team Scorpion muss sie schnellstmöglich stoppen.

Die Regierungschefs von Weißrussland, Litauen und Lettland werden für ein geheimes Treffen in die USA geflogen, um einen drohenden Krieg zwischen den Ländern abzuwenden. Team Scorpion soll mithilfe einer Visualisierungs-Software dafür sorgen, dass es so aussieht, als wären die Staatsoberhäupter noch in ihren Ländern. Als bei dem Treffen jedoch etwas schief geht, und der litauische Präsident durch das Gift einer Schlange umkommt, ruft dies Team Scorpion erneut auf den Plan.

Hacker haben die Systeme eines Labors geknackt, in dem an toxischen Stoffen geforscht wird. Einen Teil der Belegschaft töteten sie bereits durch Seringas und sie drohen, noch mehr Leute umzubringen. Team Scorpion findet bald heraus, dass der Hackerangriff von einem der Angestellten durchgeführt worden sein muss. In Verdacht gerät der Neurobiologe Dr. Simon Boyd, der bei einem Bombenangriff in Bagdad seine Verlobte verlor. Das lässt bei Walter alle Alarmglocken schrillen.