Le Nathan James part à la recherche d'un navire-hôpital qui croise à proximité et à bord duquel se trouvent médecins, matériel et des pirates.

Le Nathan James traque le sous-marin des pirates qui ont pris d'assaut le Solace. Une furieuse bataille navale s'engage quand il le retrouve.

À bord de l'USS Nathan Jame, une enquête est ouverte sur la mort suspecte de Niels et une autre afin de savoir à quoi servent les téléphones retrouvés sur les immunisés, puisque les réseaux de communication sont hors-service.

Pendant ce temps, le navire continue de faire route vers la Nouvelle-Orléans. Le docteur Scott poursuit ses tests pour élaborer un remède contagieux.

Après l'assaut vécu sur la plateforme pétrolière, Chandler est plus décidé que jamais à en finir avec les frères Ramsey. Afin de retrouver et couler le sous-marin, il ordonne qu'un sonar de fortune soit reconstitué et Valerie réussit à se reconnecter au réseau Valkyrie. Suite à cela, avec son équipe, il élabore un plan.

Au même moment, le Président, le docteur Scott, les enfants-soldats et le vaccin sont débarqués pour leur sécurité...

Tom Chandler doit retrouver son ancien équipage et enquêter sur un dangereux nouvel ennemi.

Chandler doit affronter son nouvel ennemi. Slattery en apprend plus sur la mutation du virus alors que la situation se détériore, la pression commence à monter sur le président Michener.

Alors que la position de Chandler se détériore, sa mission devient de plus en plus compliquée. Le Président Michener fait face à la pression des dirigeants de la région.

La mission de Chandler est sur le point de se conclure, lorsqu'il prépare la dernière partie de son plan.

Le président Michener s'interroge sur le destin de sa présidence.

Le Nathan James doit échapper à une écrasante menace. Une révélation à Saint-Louis met le président Michener dans une terrible position.

L'Amérique fait face à la tragédie tandis que Chandler enquête sur la possible mutation du virus.

Chandler fait face à son puissant ennemi dans un affrontement final. Kara rejoint quelqu'un qui peut l'aider dans sa mission.

Chandler retourne en Amérique pour trouver ce qu'il s'est réellement passé.

Le combat pour l'Amérique arrive à son terme. Chandler se retrouve face à un challenge qui pourrait bien changer sa vie pour toujours.

Alors que la famine s'étend, le Nathan James se dirige vers le Maroc pour récupérer les graines quand il est pris dans un filet de pêche au niveau de colonnes d'Hercules. Pendant ce temps, Chandler découvre l'organisation de Giorgio et fait la connaissance de sa soeur Lucia. Remportant un combat contre un challenger, il se voit affublé du surnom d'Hercule...

L'équipage se rend à Oran pour enquêter sur la famille de Mahmoud, mais Omar est arrivé avant lui. De son côté, Tom Chandler travaille désormais pour Giorgio et enquête pour lui-même sur un certain nombre d'agissements qu'il trouve étranges. Chandler et son ancien équipage se retrouvent en Sardaigne dans de drôles de circonstances : un combat à mains nues dans une arène...

Slattery récupère doucement tandis que l'équipage se pose des questions sur le retour de Tom Chandler. L'objectif principal est de ramener les graines aux Etats-Unis. Mais Vellek et ses navires grecs posent un problème. Le Nathan James reçoit un appel de détresse d'un chalutier rempli de personnes affamées. Parmi les réfugiés, Fletcher reconnaît Harry, travaillant comme lui pour le Royaume Uni. Celui-ci lui annonce que leur collaboration avec les Etats-Unis prend fin et que l’Angleterre fait désormais cavalier seul. Meylan et Chandler sont en désaccord sur la marche à suivre...

Vellek a tendu un piège au Nathan James et plusieurs navires le forcent à se diriger vers l'île d'Astéris où une embuscade semble avoir été prévue. Sentant le piège se refermer, Chandler décide de s'engouffrer dans une tempête afin d'échapper aux navires grecs. De son côté, Fletcher tente de s'emparer des graines afin de les remettre à Giorgio...

Afin de retrouver les graines volées par Fletcher, Chandler propose d'aller chez Giorgio pour trouver des indices qui leur permettraient de découvrir où est situé le labo de Vellek. De son côté, Vellek commence à chercher un remède contre la Rouille grâce aux graines apportées par Fletcher, mais l'amiral Demetrius ne voit pas cette alliance d'un bon oeil...

Le Nathan James est toujours à la recherche de Vellek et des graines. Décidés à en finir une bonne fois pour toutes, américains et grecs se préparent à l'affrontement. Tandis que chacun élabore sa stratégie, Vellek est furieux de ce contretemps. Mais quand il se retrouve à court de Nostos, il n'a plus que son obsession en tête : arriver à Malte le plus vite possible...

Privé de flotte, Vellek cherche à rejoindre Malte pour obtenir des avions et disperser son produit aux quatre coins du monde. Slattery charge Green et Burk de les détruire avant qu'ils ne partent, mais sur place, la situation dégénère. Lucia cherche toujours à éliminer le Nathan James. Heureusement, Chandler et Sasha réussissent à l'aborder et à mettre son système d'armement hors d'usage. Les deux équipages s'affrontent alors d'homme à homme...

Pendant que Sasha, Wolf, Danny et Azima tentent de convaincre le président du Panama de s'allier aux Etats-Unis afin de garder une forme de contrôle sur le canal, la flotte américaine fait route vers la base navale de Mayport. La présentation de la flotte est une première et l'évènement attire beaucoup de monde...

Après les bombardements de Mayport et la destruction de la flotte, l'Etat-major est paralysé, manquant d'effectifs et de moyens de communications, mais Chandler est convaincu que le Nathan James a survécu et qu'il ne tardera pas à reprendre contact...

Après la destruction de la moitié de leur stock d'explosifs, Sasha et les rebelles cherchent un nouveau plan pour détruire le pont qui permettrait à Gustavo de faire passer ses troupes au Panama...

Allié au Mexique et à Cuba, le Nathan James prépare l'offensive contre la flotte de Gustavo. L'issue de cette bataille sera décisive sur les rapports de force du conflit opposant la Grande Colombie et les Etats-Unis...

Les informations de Montano indiquent qu'il faut absolument s'emparer de l'île de Cuba et soutenir la rébellion locale dirigée par El Gallo. L'Etat-Major prépare une mission avec les Marines que Chandler commandera depuis l'avion, mais alors que les hommes ont sauté en parachute, l'avion est frappé par un missile, malgré le brouillage des radars...

L'équipage du Nathan James prépare sa mission la plus ambitieuse à ce jour...

Alors que Chandler doit affronter ses peurs, il doit également faire face à la plus grande menace jamais rencontrée...